朱載坖認為，可以借此事加強朝廷對於烏斯藏的控製，要使得朝廷重視有關活佛選拔的事情，在烏斯藏的政治生活中，宗教是很重要的一件事情，這些活佛在當地有非常大的影響力，這點即便是朱載坖這個皇帝也不得不重視，烏斯藏的政治和宗教聯係是極為緊密的，所以朱載坖對於活佛的選任也要加強控製，以保證大明對於烏斯藏的控製。
這點朱載坖是很清楚的，所以朱載坖專門召見了禮部尚書陳經邦和大學士羅萬化，他們都是善於處理外交和藩屬問題的臣子，這次朱載坖要以索南加措的身後事為抓手，介入烏斯藏，理藩院要發揮應有的作用。要製定相應的規矩，重點在於朝廷直接參與對於活佛的擇立，這點是朱載坖的意圖。
羅萬化等人當然也明白這個意思，朝廷要通過對於活佛選擇的乾預，加強對烏斯藏的控製，不過朝廷的乾涉也要有度的，畢竟這些活佛和他們背後的宗教、土司勢力在當地勢力強勁，所以朝廷要達到一個平衡。
朝廷的目的是使得烏斯藏和內外蒙古的喇嘛教互不統屬，而都轄於朝廷，猶江漢朝宗於海，加強對於蒙古和烏斯藏的控製，同時對於地方勢力加以抑製，在羈縻的基礎上逐漸增加朝廷的影響力。
說白了，就是要在喇嘛教內部建立起一套在國家控製之下的選拔宗教首領繼承人的領導人選拔製度。說白了就是一種集權，朱載坖認為，要實施金瓶掣簽製度，其實就是加強集權，將原本依附於地方勢力的宗教集團，以金瓶掣簽製度為紐帶，集中到了朝廷的掌控之下，羅萬化等人也充分理解了朱載坖的意圖，不管是朱載坖提出的金瓶掣簽還是之前朝廷所設想的一係列方案，都是方式的不同罷了，本質上都是加強朝廷的控製力罷了。
朱載坖所提出了金瓶掣簽製度，其實也就是對於這些地方宗教勢力加以管理的手段罷了，按照朱載坖的想法，金瓶掣簽的第一步一樣是尋訪轉世靈童，朱載坖在和理藩院以及相關的重臣們商量之後認為，在這一步應該重視尊重當地的風俗，朝廷不過多的乾涉，這樣的話，可以儘可能的減少當地對於朝廷政策的抗拒。
而在具體的選擇轉世靈童的候選人中，朝廷不多加以乾涉，而是充分尊重烏斯藏本地的風俗，一般由當地的髙僧通過誦經禱祝觀察天象等等宗教儀式，得到一個神諭，指示出轉世靈童所在地的方位。然後再通過對所指示的方位某一自然景觀，建築物等進行進一步的觀察，得出轉世靈童所在地的具體信息。而在尋到轉世靈童的候選人之後，必須讓靈童對轉世活佛生前所用法器等物進行辨認以確認是否有靈性參加掣簽。
具體到金瓶掣簽本身，由內官監製造以用於選擇轉世靈童的金瓶，由朱載坖賜予理藩院，而理藩院則是負責進行金瓶掣簽的主要部分，按照羅萬化等人所製定的規則，參與金瓶掣簽的有理藩院官員、當地的朝廷最高軍政長官、土司頭人、還有宗教領袖，在所有人的見證之下經過宗教儀式選出相應的轉世靈童。
按照羅萬化等人所設計的辦法，所有人到齊之後，先將尋訪出的靈童生辰分彆用蒙、漢、藏文寫在特製的象牙簽片上，並用黃紙包好放入金瓶內蓋好，然後開始做掣簽之前的宗教儀式。由當地的高僧大德進行幾晝夜不停的宗教禱祝儀式後，儀式的主持者當眾用抽出一簽，以確定轉世靈童。整個過程都是為了體現宗教的權威性，同時也在客觀上杜絕了徇私舞弊的可能，保證了抽簽的公正性。
而掣簽的結果由在場的所有人簽字具名確認之後，上奏朝廷，經由理藩院審核之後，上奏朱載坖，由皇帝禦批之後才能夠正式成為被朝廷認可了的轉世靈童，隻有在皇帝禦批同意了之後，在朝廷批準之後才可以按照佛教儀式，正式給轉世靈童舉行受戒儀式。
而從轉世靈童到活佛，還需要一個重要的宗教儀式，就是坐床，隻有經過坐床之後，轉世靈童才能夠變成真正意義上的活佛，對於對於活佛的教育，朝廷也要插手，不僅僅要接受宗教教育，還要求到京師來朝見天子，接受教育，大明派駐相應地方的官員也要負責對於活佛的教育，使得他們能夠忠君愛國，坐床儀式也要在理藩院和當地最高軍政長官的見證之下進行，從而成為真正的活佛。
朱載坖命令理藩院製定相關的條例，同時要確定那些活佛是要有金瓶掣簽來決定的，同時在特殊情況下，可以免予通過金瓶掣簽來決定，免於掣簽一般必須得到地方最高軍政長官與地方宗教首領、土司頭人的一致同意，上報理藩院，轉報皇帝最後決定，是否舉行掣簽儀式。
同時也要加強對於這些活佛們的管理，根據其影響力大小，分彆由朝廷或者韋帝直接賜予國師、禪師等各種享有不同特權的封號，並賜予印信。對於職掌一方政教大權、在政治上有極大影響力的宗教首領，如統領烏斯藏和蒙古各部的四大活佛，則加封國師稱號，授予金冊金印。而其他的活佛，也要分門彆類予以管理，保證宗教秩序和朝廷對於宗教的管理。
對於這些僧人，也要予以安撫，最重要的安撫措施就是賞撫，實行按職定祿的措施，與朝廷官吏領取俸祿一樣,活佛職銜越高，俸祿越多,當然這樣的話，俸祿大部分都集中在上層喇嘛手裡,因為他們既是宗教領袖,又是行政長官,而且是大地主，是朝廷的重點安撫對象。
而敕建寺廟的定額喇嘛的錢糧從內帑中領取,地方寺院中,凡獲得朝廷官方認可等級在冊的喇嘛,每月可從地方政府領得錢糧,如果遇到講經,法會等大型宗教活動,朝廷額外賞給銀兩，作為對於活佛和宗教的支持。
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