朱天明又說道：“改組的事說完了，我還有點彆的事想跟你商量。
我建議在海軍中再建立一支海軍陸戰隊，專門負責搶灘登陸或是島礁爭奪。
這次我坐船回來，發現隨行的陸軍士兵大部分都會暈船。如果搶來發起登陸戰，靠陸軍士兵坐船渡海搶灘登陸，滿船的士兵都暈船了，那幾乎就沒什麼戰鬥力了。
組建了海軍陸戰隊後，可以針對性地進行訓練，也時常讓他們隨海軍艦船出海，以適應海上航行。”
崇禎道：“此議甚好，可以先組建一個師的海軍陸戰隊進行試點，然後再根據需要擴編。
新研發的半自動步槍可以優先配給海軍陸戰隊使用，以增強登陸部隊的火力。
還有讓軍工研究院那邊研製一些，適合海軍陸戰隊搶灘登陸時攜帶和使用的火力壓製武器。還有就是船舶所那邊要研製專門用於登陸作戰的登陸艦艇。”
朱天明道：“好的。我回去安排。另外，我這次去科學院那邊，畢大人提出科研所消耗的資金太大，
擔心長此以往會給國家財政造成很大壓力，所以我們想了個主意，就是把所有科研成果中能民用的部分，都轉化為商業用途，用獲得的利潤補貼科研。”
崇禎道：“這倒是個好辦法，說不定盈利還有富餘可以反哺國庫呢。”
朱天明道：“是的，不過這就涉及到專利保護問題了，我建議在科工部下設立專利注冊局。
以後無論是科學院還是民間，所有的新技術都可以注冊專利，注冊後得到國家保護。但有侵權一律嚴懲。”
崇禎表示認可，二人商量已畢，崇禎開始召見改組所涉及的相關官員，逐一遊說。
二十八日，大朝會上。朱天明上殿之時，崇禎皇帝破例高規格的降階相迎，並親自宣旨對朱天明在關外及朝鮮的戰功大加褒獎。
但正如二人之前商量的並沒有封公爵，而是加封了食祿500石。犒賞參戰全軍白銀20萬兩，其餘有功將領各有升賞。
之後崇禎當朝宣布了改兵部、五軍都督府等軍事部門為帝國最高統帥部，並宣布了主要官員任命。
撤銷東廠及錦衣衛，增設帝國安全部。由於事先已經做好了工作，此次改組基本上沒有任何阻力。
待最高統帥部的事情議定之後，崇禎皇帝突然傳喻：“傳禦馬監掌印方正化上殿。”
王承恩趕忙讓小宦官前去傳召方正化，少頃方正化匆忙上殿，跪倒叩首道：“內臣方正化參見陛下。”