為了獲取關於“曉”組織的情報以及追尋宇智波佐助的下落，木葉村決定派遣第七班和第八班前去追捕宇智波鼬。在執行任務的過程中，鳴人的一個影分身意外地與鼬相遇了。
麵對鼬，鳴人毫不退縮，他堅定地表達了自己拯救佐助的決心。鼬在確認了鳴人的決心後，出人意料地將一隻烏鴉送入了鳴人的體內，然後便轉身離去。
不久之後，眾人與“曉”組織的新成員——一個自稱為“宇智波斑”的神秘“麵具男”展開了一場激烈的戰鬥。儘管眾人竭儘全力，但他們的攻擊對這個神秘的敵人似乎完全無效。
就在戰鬥陷入僵局的時候，眾人突然得知佐助已經殺死了鼬。這個消息讓“斑”不再戀戰，他迅速地利用自己的空間忍術，先眾人一步將倒地的佐助帶走了。
與此同時，佩恩入侵了木葉村。鳴人在得知自來也被佩恩殺害的噩耗後，一度陷入了深深的悲傷之中。然而，在伊魯卡和鹿丸的鼓勵下，鳴人最終重新振作了起來。
為了應對佩恩的威脅，鳴人決定前往妙木山修煉“仙術”。在妙木山，鳴人經曆了艱苦的訓練，不斷提升自己的實力。
然而，就在鳴人努力修煉的時候，佩恩六道突然對木葉村發動了突襲。由於鳴人此時並不在村中，佩恩便毫不猶豫地發動了神羅天征，瞬間將整個木葉村摧毀。
鳴人在妙木山經過艱苦的修煉，終於習得了仙人模式，並且還學會了新的術——仙法·風遁·螺旋手裡劍。他的實力得到了極大的提升，今非昔比。
此時，木葉村正遭受佩恩的攻擊，情況十分危急。鳴人緊急趕回木葉，與佩恩展開了一場激烈的戰鬥。
在戰鬥中，鳴人展現出了驚人的實力，不僅能夠熟練運用仙人模式，還能得到多位蛤蟆的協助。然而，佩恩的實力同樣不容小覷，他的各種能力讓鳴人陷入了困境。
經過一番苦戰，鳴人終於打敗了五個佩恩，但就在他準備對付最後一個天道佩恩時，卻被天道佩恩突然抓住。
雛田看到鳴人被抓，心急如焚，她不顧自身安危，衝上前去想要救下鳴人。然而，她的實力遠遠不及天道佩恩，很快就被天道佩恩打傷。
鳴人看到雛田受傷，誤以為她已經死亡，心中的憤怒瞬間爆發。他的身體開始發生變化，九條尾巴逐漸顯現出來，最終爆發出了八條尾巴。
天道佩恩見狀，立刻使用地爆天星來困住鳴人。鳴人在地爆天星的強大力量下，逐漸失去了理智，甚至在九尾的慫恿下，準備揭開自己身上的封印。
就在關鍵時刻，四代封印的查克拉突然現身，阻止了鳴人的行為。四代告訴鳴人他的身世，原來鳴人是四代的兒子。
四代與鳴人交談後，重新封印了九尾，並將自己的查克拉留給了鳴人。鳴人在四代的幫助下，成功脫離了地爆天星的束縛。
恢複理智的鳴人，用螺旋丸打敗了天道佩恩，並通過天道佩恩找到了佩恩的本體——長門。
在與鳴人的交談中，長門逐漸被鳴人那堅定的信念和善良的內心所感化。他開始重新審視自己一直以來所堅持的道路和理念，最終決定放棄原定的計劃。
長門深知自己的生命已經走到儘頭，但他心中仍有一個未完成的夢想。他將這個夢想托付給了鳴人，希望鳴人能夠肩負起幾代人的使命，實現真正的和平。
在做出這個決定後，長門用儘最後一絲力量，施展了一種強大的忍術，將這次突襲中被他殺死的所有人都複活了過來。這一舉動讓所有人都大為震驚，包括鳴人自己。
完成這一切後，長門緩緩閉上了雙眼，結束了他充滿爭議的一生。鳴人默默地看著長門離去，心中感慨萬千。
隨後，鳴人送彆了小南，帶著長門的遺願回到了木葉村。當他踏入村子的那一刻，所有的村民都沸騰了。他們熱烈地歡迎著鳴人的歸來，將他視為英雄一般崇拜。
然而，鳴人並沒有被這些榮耀衝昏頭腦。他知道，還有更重要的事情等待著他去完成。
不久後，五影會談召開。在會議上，鳴人和小櫻得知了一個驚人的消息：佐助竟然與曉組織聯手了！這個消息讓他們驚愕不已，因為他們一直都認為佐助是一個正義的忍者。
鳴人決定不能坐視不管，他要出麵化解這場危機，阻止佐助繼續走入邪道。於是，他毫不猶豫地追上前去，出席五影大會的雷影，希望能夠勸說雷影放過佐助。
然而，雷影對佐助的仇恨已經根深蒂固，他根本聽不進鳴人的勸告，反而怒斥鳴人多管閒事。麵對雷影的憤怒，鳴人並沒有退縮，他堅信自己一定能夠說服雷影。
在一番激烈的爭論後，鳴人暫時離開了會場。他心情沉重地走在街道上，思考著該如何拯救佐助。
就在這時，鳴人在投宿的旅店中意外地遇到了一個神秘人——“斑”。“斑”的出現讓鳴人十分激動，他立刻質問“斑”對佐助到底有什麼企圖。
“斑”看著激動的鳴人，微微一笑，然後緩緩地說出了宇智波滅門的真相。原來，這一切都是木葉高層的陰謀，佐助的父母也是被他們所殺。而如今的佐助，已經被對木葉的仇恨所支配，走上了一條不歸路。
就在鳴人等人正在為如何應對佐助而苦惱時，櫻等人突然來訪。櫻當著眾人的麵，毫不掩飾地對鳴人表達了自己的愛意，這讓在場的所有人都大吃一驚。
然而，鳴人並沒有被這突如其來的告白所打動，他冷漠地回應道：“這種玩笑一點都不好玩，我最討厭對自己說謊的家夥。”他的話語如同一把利劍，直直地刺向櫻的內心。
鳴人原本想要說出宇智波一族被滅門的真相，但卡卡西及時出手阻止了他。卡卡西深知這個真相一旦被揭露，將會給櫻帶來巨大的衝擊，於是他用眼神示意鳴人不要繼續說下去。
鳴人雖然心中有些不滿，但還是聽從了卡卡西的勸告。他告訴櫻，自己幫助佐助並不是因為任何人的逼迫，而是出於自願。他堅信佐助並不是一個十惡不赦的人，一定會將他帶回木葉村。
櫻聽了鳴人的話，心中的希望徹底破滅。她原本以為通過這次告白，能夠讓鳴人放棄帶回佐助的念頭，卻沒想到鳴人如此堅定。失望之餘，櫻轉身離去，留下了一臉錯愕的鳴人。
就在這時，佐井偷偷地用分身告訴鳴人一個驚人的消息：原來與鳴人同期的木葉忍者們都已經決定要刺殺佐助，甚至連櫻也下定決心要與佐助做個了斷。這次櫻的告白，其實是想讓鳴人不要再執意於帶佐助回村。
得知這個真相的鳴人如遭雷擊，他怎麼也想不到，曾經一起並肩作戰的夥伴們竟然會對佐助下此毒手。他的內心充滿了矛盾和痛苦，不知道該如何麵對這樣的局麵。
就在鳴人陷入沉思的時候，我愛羅等人趕到了現場。他們帶來了佐助大鬨會場以及“斑”發動第四次忍界大戰的消息。這些沉重的消息如同一座座大山壓在鳴人身上，讓他幾乎喘不過氣來。
過度的震驚和壓力使得鳴人出現了過度呼吸症，他的身體不受控製地顫抖著，最終昏迷過去。
第七班終於重聚了，但這並不是一次愉快的重逢。佐助在殺死團藏後，與卡卡西展開了一場激烈的戰鬥。在戰鬥中，佐助過度使用寫輪眼，導致他的視力嚴重下降。
與此同時，櫻看到了這個機會，她想要趁機刺殺佐助，以結束他的複仇之路。然而，當她真正麵對佐助時，卻發現自己根本下不了手。就在她猶豫不決的時候，佐助察覺到了她的意圖，並迅速抓住了她的破綻。
就在櫻命懸一線的時候，鳴人及時趕到，救下了她。隨後，鳴人和佐助再次麵對麵，重現了當年終結之穀的對決。這一次，雙方的實力不相上下，誰也無法輕易戰勝對方。
在激烈的戰鬥中，鳴人對佐助表示，他不再阻止佐助複仇，但有一個前提，那就是由他來當佐助的第一個目標。佐助聽後，冷冷地說了一句：“那麼就先從你開始殺吧。”說完，他和“斑”一起使用時空間忍術，瞬間消失在了原地。
龜島試煉結束後，鳴人受到了大蛤蟆仙人的暗示，得知自己需要去尋找八尾人柱力奇拉比。在木葉和同盟國的精心安排下，鳴人終於抵達了一座孤島，與奇拉比成功會合。
然而，所謂的“訓練”實際上是將他們兩人與戰場隔離開來，以免他們被卷入戰爭。在這座孤島上，鳴人在奇拉比的指引下，來到了真實之瀑。在這裡，他將麵對心中的黑暗鳴人，一場真正的對決即將展開……而在聽聞比的過去之後，鳴人心中的同情與理解如同一股清泉，緩緩流淌而過。他用真摯的目光凝視著黑暗鳴人，仿佛能透過那片黑暗，看到他內心深處的痛苦與掙紮。
終於，在鳴人堅持不懈的努力下，黑暗鳴人心中的堅冰開始漸漸融化。他緩緩抬起頭，與鳴人的目光交彙，那一瞬間，兩人之間似乎產生了一種奇妙的共鳴。
比目睹著這一切，心中感慨萬分。他看著鳴人，眼中閃過一絲敬佩，然後鄭重地對鳴人說道：“我願意協助你進行九尾控製訓練。”