因漢尼斯被當年吃掉媽媽的那個巨人吃掉，艾倫幾近精神崩潰陷入絕望，同樣求生無望的三笠對艾倫淒美告白，感謝艾倫為其所做的一切，並露出幸福的笑容，深受感動的艾倫回憶起媽媽的話，重新振作決意保護三笠，並立下紅巾之約。最終艾倫為保護三笠而爆發出強大的意誌力，接著，他獲得“坐標”之力疑似能用意念控製其他無垢巨人的能力）。
受到支配的無垢巨人們對曾吃掉其母親的巨人群起而攻將其啃蝕殆儘。之後因為對鎧之巨人表露敵意，而使大批無垢巨人轉而攻擊鎧之巨人與超大型巨人，在擺脫了巨人們的糾纏之後，艾倫背起受傷的三笠與調查團同伴們一起逃離險地。實際上，艾倫之所以能夠發動“坐標”之力，是因為他是始祖巨人的宿主，而吃掉艾倫母親和漢尼斯的巨人戴娜·弗裡茨擁有弗裡茨王室血統。當非王室血統的始祖巨人宿主和擁有王室血統的巨人接觸時，便會發動“坐標”之力。
艾倫與幸存的調查兵團同伴們一起撤回羅塞之牆，原本出動救援艾倫的聯軍調查團主力與憲兵團主力）人數有一百人左右，撤回牆壁時有六成士兵陣亡，艾倫深感內疚。讓·基爾希斯坦在艾倫迷茫時用“艾倫式說教”幫助艾倫重新確立目標：用自己“坐標”的能力驅使巨人堵上瑪利亞之牆以及手刃萊納等人。一周之後，傷愈的利威爾在聽完韓吉·佐耶與康尼·斯普林格關於巨人的情報後，與正在養傷的艾爾文·史密斯商議確定組建新利威爾班。艾倫與三笠、阿明等訓練兵團104期出身的同伴們一起加入了新利威爾班。
對戰萊納第一次帕拉迪島內亂艾倫和調查兵團暫時藏身在山中的木屋裡，在韓吉和利威爾的安排下進行探究巨人化特質的研究和實驗。掌握了有關艾倫巨人化次數極限，變身後知能程度等等情報，同時失望地得知艾倫尚且對如何硬質化毫無頭緒，使得阿爾敏設想的“利用硬質化的殘留巨人之軀封堵城門”的計劃無法實施。另一邊，同期生的克麗絲塔·連茲向眾人坦白了身份：原來她真名為希斯特莉亞·雷伊斯，是偽裝成普通貴族的牆內真實王族——雷伊斯家的私生女。
此時韓吉和利維接到身處中央的埃爾文通報，中央有人要強取艾倫和希斯特莉亞。縱然韓吉等人想儘辦法掩護，艾，希二人還是落入了中央憲兵之手。在雷伊斯家莊園的秘密地下洞窟中，艾倫被鎖鏈綁在高台上，而希斯特莉亞則和生父羅德·雷伊斯重逢。通過和雷伊斯父女的身體接觸，艾倫體內潛藏的部分記憶被喚醒：原來艾倫的父親格裡沙是巨人之力的持有者。在瑪利亞之牆陷落的當晚，格裡沙來到雷伊斯家的地窖，將羅德的長女弗麗達·雷伊斯變身的巨人打敗並吞食了本體，由此奪得了雷伊斯家傳的，能支配一切巨人的“始祖巨人”之力，並將羅德的在場的其他孩子也全部殺死。
之後格裡沙找到了難民營中的艾倫，將艾倫帶到樹林中，將藏著秘密的地下室的鑰匙留給艾倫後給艾倫注射了巨人化的針劑，自己則被巨人化的艾倫吞食，得以將自己身負的二種巨人之力和記憶寄宿到艾倫身上。之後艾倫被訓練兵團的教官長基斯·夏迪斯抱回難民營。得知了真相的艾倫精神崩潰，認為自己和父親才是一切災難的根源，哭喊著要求希斯特莉亞吃掉自己取回始祖巨人之力，憑借王族之血發動始祖之力，支配巨人，終結戰爭。
希斯特莉亞意識到百多年來雷伊斯家族雖能支配巨人卻對拯救人類毫無作為，拒絕了父親要其吞食艾倫巨人之力的要求，打碎了針劑並試圖將艾倫解放。此時調查軍團趕來救援二人。窮途末路的羅德舔舐灑在地上的巨人化針劑，變身成了殘缺不全，隻能爬行的超大型巨人，同時也撐壞了地窖使之趨於崩潰。
眼看兵團眾人即將葬身於坍塌的洞窟，艾倫發現了羅德連同巨人化針劑一同拿來的寫有“鎧甲”標簽的瓶子，放手一搏下咬破瓶子的同時變身巨人，成功使出了全身硬質化以支撐洞體，令眾人得救。
之後艾倫同兵團在前往奧爾福德區去阻止即將爬行而至的巨人化羅德。艾倫變身巨人將大量炸藥扔入羅德巨人體內將其炸碎，最後由希斯特莉亞親手給父親最後一擊，以此為將登基的新女王立威。
新女王登基，調查軍團排除了背後的不確定因素。艾倫掌握了硬質化能力，並借此完成了韓吉設計的“巨人斷頭台”，在托洛斯特區實驗並殺死了大量巨人。這一切為進行下一步奪回人類領地——瑪利亞之牆的計劃奠定了基礎。
另一邊艾倫通過更多地與希斯特莉亞接觸，喚醒了父親傳遞的更多的記憶片段。從記憶片段中艾倫發現訓練兵團教官，也是原調查兵團團長的基斯·夏迪斯和過去的格裡沙熟識，可能知道部分格裡沙的秘密，便和眾人拜訪了基斯。然而基斯對格裡沙的來曆所知也極其有限。但艾倫從基斯口中知道了母親卡爾拉對他的期望：縱使平凡，隻要能降生在這個世界上，便已經十分偉大了。令艾倫對自己“不特彆”的執念得到了釋懷。
其後，瑪利亞奪還作戰實施。艾倫隨兵團星夜趕到希甘希納區，開場便成功按計劃利用巨人化和硬質化能力封住了希甘希納外側的破洞。但始終按兵不動，不知藏身何處的萊納和貝爾托特令眾人感到十分不安。阿爾敏察覺到了敵人藏在牆體內部的可能，成功逼出了萊納。
城牆另一邊，從萊納等人的“故鄉”前來的戰士長也變身成獸之巨人，和受其操控的大量無垢巨人一同封住了調查軍團的退路。艾倫和萊納，埃爾文，利維和戰士長分彆在瑪利亞之牆的內外展開博弈。希甘希納區內，艾倫施展出來長期訓練的局部硬質化——將硬質化集中在拳頭上以大大提升硬度，輕易地擊潰了萊納覆蓋全身的鎧甲。配合調查軍團持有的新式兵器——雷槍，很快將萊納逼入絕境。
此時貝爾托特現身並變身超大型巨人，在其無可匹敵的破壞力麵前局勢瞬間逆轉。阿爾敏舍命發動佯攻吸引貝爾托特的注意力，艾倫則留下硬質化巨人之軀，本體脫離後直取超大型巨人後頸出的貝爾托特本體並成功將其生擒。
然而阿爾敏在佯攻過程中承受了大量高熱蒸汽燒灼，全身高度燒傷而生命垂危；另一邊的埃爾文團長親率兵團做誘餌亦被野獸巨人打成重傷瀕死。而利維士兵長身上的最後一管巨人化針劑則是決定誰可以活命的關鍵。失去理智艾倫拚儘全力請求利維救阿爾敏。利維經過一番內心掙紮後決定讓埃爾文從這個世界解脫，給阿爾敏注射了針劑。
巨人化的阿爾敏吞食了貝爾托特變回人類並取得了超大型巨人之力。另一邊被利維打敗的野獸巨人的本體，吉克和萊納一同被友方的巨人救走，臨走前吉克特地與艾倫見麵並告訴艾倫“我們都被你爸爸洗腦了”。雖然成功奪回了瑪利亞之牆，但經此一役，調查兵團僅九人生還。
艾倫和兵團終於得以進入格裡沙留下的地下室，得知了記載在裡麵的格裡沙的過去和世界的真相。回歸的艾倫，三笠和阿爾敏因違反軍紀而被關了禁閉。禁閉期間艾倫喚醒了更多父親的記憶，得知了諸多更加殘酷的過去。並在授勳儀式上和希斯特利亞的接觸時看到了未來的部分記憶，知曉了自己在未來開啟了“天與地之戰”發動地鳴屠殺了世上八成的生命，最終會被同伴們所阻止。
又一年後，牆內牆外的巨人終於被消滅殆儘。艾倫等人得以來到夢寐以求的海邊，然而他們已經得知，戰鬥遠未結束，海的對麵儘是敵人，艾倫疑惑如果將敵人全部殺光是否就能得到自由。
在艾倫等人抵達海邊後不久，馬萊向帕拉迪島派出了第一支調查艦隊，被艾倫，阿爾敏兩體巨人輕易擊敗。馬萊海軍中的以一名女軍人葉蓮娜為首的部分戰士突然叛變，事實上他們聽命於吉克·耶格爾，是吉克為執行他的解放艾爾迪亞人的計劃而派來島上的聯絡人。
葉蓮娜等人向島內領導層提出吉克的合作意向時，艾倫確認，並向領導坦白了過去隱瞞的部分訊息：沒有王族血統的他若能與王族血統的持有者變成的巨人發生接觸，就能運用體內始祖巨人的力量，喚醒三道城牆牆體內部沉眠的大量超大型巨人作為武力，是為“地鳴”，有足以踏平世界的威力。這是科技落後世界數十至上百年的帕拉迪島麵對世界敵意的王牌。
然而，艾倫先前因不希望希斯特莉亞被迫成為巨人而隱瞞了這一消息。葉蓮娜及其率領的“義勇軍”為帕拉迪島帶來了外界先進技術，還協助帕拉迪島建立起了火車，港口等與外界交流所需的現代化設施。港口建成後接待的第一位外賓則是來自過去與艾爾迪亞帝國世代交好的，東洋日出國的東人清美又音譯奇優宓·亞茲瑪比特）女士。清美提出可以幫助帕拉迪島麵對外部世界，而所求的也是帕拉迪島上的冰爆石資源的開發資格，同時也在尋找著過去日出國將軍血脈在島上的傳承者——三笠。
再三年之後，艾倫同調查兵團眾人一道，在葉蓮娜等人掩護和清美的資助下得以隱瞞身份渡海造訪了馬萊大陸。艾倫遇到了在即將被他救過一次但也會被他發動的地鳴所殺死的男孩拉姆吉，想要反抗未來記憶不去救他，但依然不由自主的救了他，從而明白自己看到的未來注定無法改變，半生追逐自由的艾倫陡然發現一切從最初就已經注定，自己生來就是自己一直最討厭的不自由的家畜而崩潰痛哭。
兵團眾人眼界大開的同時，一個殘酷的現實也擺在了他們眼前：哪怕是願意為保護島外尤米爾子民的人權發聲的人士,也將帕拉迪島人指為除之後快的惡魔。世人對帕拉迪島的仇恨已然無可消弭。
確定未來已然注定的艾倫獨自離開了眾人。
大鬨馬萊
和調查兵團分離後，艾倫取“克魯格”為假名，扮作一個失去了記憶和一條小腿的艾爾迪亞傷兵潛入了馬萊的雷貝裡歐艾爾迪亞人收容區。期間結識了善良的少年法爾克·格萊斯，給予在戰士候補生訓練中受挫的法爾科鼓勵而受到了他的尊敬，得以讓法爾科替艾倫寄出了數封信件，一方麵向調查兵團傳達自己的計劃，另一方麵試圖和異母兄長吉克取得聯絡。在此期間，他也巧遇了一位老醫生正是格裡沙的父親，也就是自己的親祖父，仍以“克魯格”的假名和他座談，但最終祖孫並未相認。
之後，兄弟二人見麵時，艾倫假意接受了吉克的“艾爾迪亞人安樂死計劃”。在馬萊國實際統治者，“戰錘巨人”持有家族的威利·戴巴集結世界各國政要，號召合力剿滅帕拉迪島的演講當晚，艾倫讓法爾科將萊納請到演講會場旁一棟居民樓的地下室中談心。
長期被愧疚和壓力折磨的萊納跪倒在艾倫麵前懺悔，請求艾倫殺掉他。艾倫似有和解原諒之意，但聽著窗外戴巴將艾倫·耶格爾指責為禍亂之源的慷慨演講，艾倫還是決定要戰鬥到底。於是艾倫變身巨人，大鬨演講會場，殺死了威利及在場眾多政要和平民。