淡出了主線劇情的許扶搖隱匿在暗處，就像失去了翅膀的蝴蝶，不再乾涉和影響這個世界的大勢發展，甚至和貞德的聯絡都完全斷絕了，畢竟他現在的身份是分離勢力份子，叛軍通緝犯，所以他雖然有著貞德的通訊頻道，但他不敢接通任何通訊索性永久關閉了自己的通訊頻道。外界以為他和杜庫仍然是分離勢力叛軍的中流砥柱，而他們自己知道，共和國軍也好，叛軍也好，隻不過是達斯西迪厄斯的左手和右手罷了，一旦他們的行蹤暴露，無論是共和國軍還是叛軍都將置他們於死地。
他在蟄伏，他在等待，他也在賭！
曆史，不，劇情的車輪再次滾滾前行。
阿納金和歐比旺營救了帕爾帕庭，期間大戰格裡弗斯將軍和他的機器人衛隊，終於奪得了艦船的控製權，趕走了格裡弗斯將軍，然後阿納金發揮他的天賦操縱著百孔千瘡的“無形之手號”迫降在科洛桑表麵。最高議長的獲救極大鼓舞了共和國軍隊和人民的士氣，戰爭的天平開始傾斜。獨立星係聯邦艦隊退守外環星域，在格裡弗斯將軍的領導下苦苦支撐，叛軍的末日似乎就要到來。英明果決的最高議長帕爾帕廷命令絕地委員會和將軍們加強進攻，拒絕分離勢力提出的任何談判請求。整個銀河共和國上下齊心，以“宜將剩勇追窮寇”的無畏精神誓將一切分裂主義分子趕出銀河！
叛軍將軍格裡弗斯的下落被銀河議會偵知，最高議長帕爾帕庭將這一情報通報給了絕地委員會並要求絕地委員會派出武士前往緝拿，他甚至指名道姓地要求將這一光榮而艱巨的任務交予天行者阿納金執行。但絕地委員會經過考慮卻派出了歐比旺，是的，最高議長閣下對這個解救了自家性命的年輕絕地武士不遺餘力的栽培讓絕地委員會感到不安。就在前不久，這位最高議長閣下甚至推薦天行者阿納金進入絕地委員會！要知道千年來絕地委員成員更替都是絕地聖殿自己的事情，從來沒有外人乾涉過。然而最高議長權威日重，在共和國內部享有崇高的聲譽，連絕地委員會也不得不妥協並虛與委蛇。但絕地委員會雖然迫於壓力增補年輕的天行者阿納金為委員，卻拒絕授予他絕地大師的稱號，這使得阿納金成為千年來第一個以普通絕地武士身份進入絕地委員會的人。對此，最高議長和阿納金顯然並不滿意，阿納金甚至當場發作，認為這是一種羞辱。
歐比旺秘密抵達尤塔帕星球，完美地執行了斬首任務。曾經在科洛桑凶名赫赫能令嬰兒止哭的格裡弗斯將軍被歐比旺刺殺，成為了銀河曆史中的一粒塵埃。日暮西山的獨立星係邦聯的高層不得不秘密遷移到更安全的火山星穆斯塔法星。
這期間，阿納金在絕地委員會和帕爾帕庭之間動蕩搖擺，他漸漸察覺了帕爾帕庭可能就是西斯尊主達斯西迪厄斯的秘密，也在遊疑搖擺間將這一情報報告了絕地委員會的溫杜大師。卻最終在溫杜和帕爾帕庭的武力對決中再次搖擺，最終還是背叛了絕地議會，倒向了他的摯友，最高議長帕爾帕庭那邊，甚至幫助帕爾帕庭斬殺了溫杜大師。阿納金拜倒在達斯西迪厄斯腳下，成為西斯尊者的徒弟，賜名達斯維達！
正擔任克隆人大軍指揮官在各個星係戰爭第一線奮戰的絕地武士們忽然在同一時間遭到了來自己方部隊的清洗殺戮！最高議長帕爾帕庭或者是西斯大帝達斯西迪厄斯啟動了“66號令”判定所有的絕地武士為叛國者，必須立即消滅。所謂66號令，是在卡米諾星生產克隆人士兵時，在生產環節就被物理植入克隆人體內的一枚生物芯片，這枚芯片和其他眾多芯片一樣被流水線植入克隆人體內，表麵上的作用是協助和提升克隆人的平衡能力，但實際作用是讓克隆人們能接收超遠程指令啟動並無條件執行指令命令。除了提供芯片的已故絕地大師西弗迪亞斯，連生產克隆人的卡米諾人都不知道這個秘密。而這一秘密的源頭，正是達斯西迪厄斯！
因為66號令的突然發動，大批被投入戰場的絕地武士被己方軍隊圍殲，本來節節敗退的獨立邦聯叛軍得以苟延喘息。他們顯然也被這一變故驚呆了，並不敢乘機反攻。整個戰爭陷入了詭異的停火狀態，倒也帶來了短暫的和平。
達索米爾星一處秘密基地內，一副光幕正在直播著科洛桑的一場慶典。這是一場盛大而匆忙的慶典，之所以匆忙，一來因為銀河共和國和分離勢力的戰爭還在對峙，二來因為銀河議會宣布絕地聖殿背叛了共和國，雖然在銀河議會的領導下迅速撲滅了絕地武士的叛亂但共和國損失重大，所以這場慶典十分簡樸；之所以說盛大，因為這場慶典本身注定會被載入史冊，在這場慶典之前，統治這片宇宙的是銀河共和國，它的最高權力機構是銀河議會，而在這場慶典之後，統治這片宇宙的不再是一個繁冗的議事決策機構，而是一個具體的人，最高議長，不，是皇帝陛下帕爾帕庭！銀河共和國將改成——銀河第一帝國！
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