三天後，北海水師日夜不停終於把船隊上的物資卸到南社，給南社帶來了六千陝西、河南的流民，隨後就開始北歸。
此時的台灣島南社，已有數萬屯墾的百姓，主要是福建、廣東百姓居多，有少部分浙江和南直隸百姓，現在袁樞又開始運送北方的百姓過來，現有的土地空間已日漸不足。
鄭芝龍和熊文燦商量後，決定向北開拓，暫時先不招惹南麵的荷蘭人。
南社北麵是台灣島原住民的聚落，共有二十七個村落，被台灣島上的人合稱為“大肚王國”。
鄭芝龍派遣使者到大肚王國麵見原住民首領，宣讀皇帝旨意，要求原住民接受官府的管理。原住民首領不僅不接受，還殘忍殺害了明廷使者。
鄭芝龍大怒，派軍攻打大肚王國，摧毀他們的村寨，占領沿海平原地帶，將他們驅離到山中。鄭芝龍命人沿著屯墾的邊界建造寨牆，建設了望台，來防備原住民的襲擾。並給屯民配發武器裝備，讓他們組織鄉勇、自行訓練備戰，無須依賴南海水師的保護。
安排好台灣島上的事情後，鄭芝龍遵循朱由校的指令，命鄭芝莞和甘輝留守金門島水寨，自己親率水師主力南下會合鄭芝豹、鄭芝鳳和施大瑄，在香港休整補充之後到達廣東瓊州府。
在瓊州府宣讀了皇帝聖旨，任命李若星為瓊州府知府，李若星帶來數十名官員，全麵接手瓊州府政務。
在瓊州府崖州東南海岸選址建立水寨，命施大瑄主持崖州水寨的建設後，鄭芝龍率船隊南下，跨過南海，到達舊港。
在舊港，鄭芝龍的隊伍受到當地民眾的熱烈歡迎。舊港當地居住著為數眾多的華人，他們聚集在海邊。
鄭芝龍當眾宣讀了朱由校的聖旨，宣布重開“舊港宣慰使司”，從當地華人中選舉宣慰使，並任命顧錫疇為舊港宣慰使司副使。
“感謝上天！感謝大明！吾皇終於回來了！”
“俄卒之又翻到祖國嘎懷抱啦！”
“嗚嗚嗚……瓦終衣又使軸郭弟疊命料！”
“崖兜有德望衣！”
……
這些黑頭發、黃皮膚的平頭百姓，操著廣東、閩南等各地口音，向北跪拜。
大明在南洋中斷了兩百多年的統治管理，在天啟九年終於恢複。
鄭芝龍先在舊港選定了一名當地有威望的人為舊港宣慰使，然後率部北上淡馬錫，選址建立水寨，控製滿刺加一帶海域。
安定下來後，鄭芝龍遣人手持大明使節和官印，通告南洋各地方、各國王，商議建交和通商事宜。
一時之間，南洋地區各國王紛紛遣使來覲見，不少國家表示請求恢複朝貢關係，重新成為大明的藩屬國。
鄭芝龍一一接見了這些使者，並代皇帝接受他們的請求，然後大肆在這些國家和地區收購糧食。這邊的糧食產量非常高，稻穀一年兩熟是常態，一年三熟也比比皆是，糧食價格也是非常低廉。
前兩年在蘇州府一帶白米的售價大約是一至一點五兩每石，今年由於有人惡意哄抬價格，漲到二點五至三點五兩。這個離譜的價格在南洋一些國家大批量收購可以買到十倍的量。
鄭芝龍這次來南洋帶來了五十艘新式運輸船，是膠州造船廠的船匠通過改造漕運船而來。原來的內河漕運船，最大的運載量大約也隻是三百石左右，現在新式的運輸船是平底沙船，每艘最大運載量在三千石左右。
山東登萊船務工程第一期已經全部完工，二期工程也已經接近尾聲。整個膠州灣熱火朝天，不斷製造、改進著各種船隻。由於人力充足、材料豐富、設施完備，且工藝流程已經非常優化和熟練，膠州灣各個造船廠每個月都有新船隻下水試航。隻要材料充足，大約每半年膠州灣就能產出一支中小規模的船隊，如此快的生產下水速度，也被船工船匠們戲稱為“下餃子”。
同時，浙江、福建一帶也在進行著更大規模的船務工程，建設更多造船廠和船塢，未來大明的造船業規模必然世界領先，商船隊和艦隊也必將航行全球。
為了保護大明的商船和運輸船，鄭芝龍在南洋一帶展開了大規模的海盜清剿行動。首先發布招安通告，勒令限時投降，然後再進軍圍剿。
在南洋這邊的海盜，實力比較強的海盜集團大部分都是華人主導的，這些海盜基本上都是因為大明禁海，又有大明水師的圍剿，在大明實在生存不下去才來到南洋這異國他鄉求生的。隻是不曾料到反而在這人生地不熟的地方遍地開花，越活越滋潤，有人甚至發展壯大到獨立建國當國王。
鄭家以前就時常活躍於南洋，在南洋也有很大的勢力，這給南海水師的行動了極大的便利。南海水師中原本就有不少南洋土生土長的人，之前因為商貿等事務也認識結交了許多有錢有勢的當地人，所以南海水師在南洋的人脈非常廣。
原本鄭芝龍在福建、廣東等地摳摳搜搜，又從東海水師借調了大量船隻，才集結了五百艘戰船和兩百艘各式貨船。結果南海水師在南洋一發布招安通告，大量海盜紛紛來，短短兩個月，南海水師的船隻就突破了一千艘。
鄭芝龍要把從南洋收購的糧食運回台灣，再轉運到京師，原計劃也就隻有一百艘運糧船可以用，在南洋幾個月，可用運糧船的數量就增加到超過了三百艘，使得實際漕運量大大提升。
在開始建設舊港水寨的同時，鄭芝龍遵照朱由校旨意，設立“南洋軍指揮使司”，招募當地人組建“南洋軍”，又設立“南洋水師指揮使司”，組建“南洋水師”。
鄭芝龍深深感覺到，當今聖上不是要恢複永樂年間那種淺薄的“三宣六慰”的羈縻製度，而是想要在南洋建立永久性的經營管理，把南洋逐步融合、建設成為大明真正的領土。
皇帝有這樣開疆拓土的雄心壯誌，使得鄭芝龍內心深深癡迷，“建功立業、光宗耀祖、馳騁邊疆、環球巡航”，也許不是一句空話。
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