此時已是六月，距離第二次關中之戰的爆發已經過去五月有餘。
孫傳庭率軍跨過黃河，來到韓城縣，逐步了解到了之前陝西發生的情況。
馬光玉和孫昂率部到達乾州城下後，發現乾州城上布置了不少火炮，回回炮的拋投射程遠遠遜色於火炮，使得義軍無法對城池進行攻堅，隻能與守城官兵對峙了下來。
天長日久，天氣逐漸轉暖，馬光玉人馬密集的軍營中，人人垃圾亂扔、隨處便溺，使得整個軍營臭氣熏天、蠅蟲滋生、蛇鼠橫行，最終滋生了瘟疫，並大規模地爆發開來。
馬光玉一發現情況，便準備撤回邠州。
孫昂趕緊前來獻策“馬爺，現在正是破敵良機啊！”
馬光玉一臉疑惑“我軍眼下瘟疫橫行，再不班師及時處置，恐怕有全軍覆滅的危險，何來破敵良機？”
孫昂道“屬下曾聽聞三百年前蒙古人遠征西方外夷，曾使用回回炮向敵軍駐守的堅城投擲染病屍首，傳播瘟疫以此來破敵。”
馬光玉聞言眉頭深皺“此種戰法是不是過於……”
“馬爺，以前那些官府老爺就從來沒把我們當人過，我們為什麼要對他們大發慈悲呢？”
馬光玉深深看了孫昂一眼，隨即點點頭道“就依照你的方法，去做吧。”
屍體和石炮比起來要輕得多，回回炮可以安然架設在守城火炮的射程之外將屍體投射入城。
那天漫天屍體被投入乾州城。
乾州守將崔爾達看到那些紫黑腐爛的屍體時，已經大概猜到了義軍的意圖，便立刻組織人馬在城中遍灑石灰消毒，收斂屍體集中火化，以遏製瘟疫傳播。
但結果不儘如人意，守城官兵還是遭到感染，很快就有人開始發病。
馬光玉和孫昂便守在城外，坐等城中官兵大規模發病死亡，他們就可以兵不血刃拿下乾州城。
然而，惡人自有天收，還沒等到城中守軍撐不下去，孫昂自己就先感染發病了，發病僅三天時間就吐血而亡。
馬光玉軍中死亡人數越來越多，士卒屍首堆疊，燒都燒不過來。
無奈之下，馬光玉下令撤軍，離開前將所有患病士卒和屍體鎖在營寨之中，直接放了一把火。
而在鳳翔府方向的馬守應義軍主力，通過與馬光玉部之間的斥候和傳令兵傳播，也染上了瘟疫。
原本堅守在五裡坡的周遇吉一見這情況，立刻帶著人馬撤退到鳳翔府治鳳翔縣據城堅守。
馬守應便帶著大軍包圍了城池。
但軍中瘟疫蔓延，士氣低落，馬守應也實在是無力驅使底下的將士繼續進攻，便在鳳翔府郊外駐紮下來，先行處置瘟疫問題。
而羅汝才在占據耀州城後，才收到高迎祥兄弟被俘上京、闖王大軍潰散的消息，大為震驚，更是不敢繼續深入關中，一直停留在耀州觀望，倒是讓他的隊伍因此基本沒有受到瘟疫的影響。
在藍田方向的李自成比羅汝才更遲一些收到消息，直接引軍撤走，退回商洛。
於是，劉應遇、邢千言和崔爾達騰出手來，合力對付盤踞在鹹陽和醴泉的義軍。
在醴泉縣的王自用和王嘉胤得知馬光玉部撤走後，大為驚慌，倆人一合計決定棄城去鹹陽與革左五營合兵。
他們派出斥候半夜用吊籃下到城外探查，見官兵還駐守在城外營寨，便兵分兩路，王嘉胤率主力出東門，王自用率一部兩千人出南門，分彆向鹹陽疾行。