義軍各部退回陝北，邢千言、周遇吉等也無力追擊，因為瘟疫已迅速在關中一帶蔓延開來。
由於高迎祥已束手就擒，闖軍潰散，劉應遇率部清剿了各地殘餘的義軍和亂民，同州、華州去往山西、潼關的道路也被打通，沿線重新建立起驛站，楊鶴終於能派人去往京師。
但此時的山西、河北、河南一帶也是瘟疫肆虐，傳遞奏折的人員被迫滯留在洛陽。
時間一拖就又過去了兩個月，朝廷終於派遣人員前來處置疫情，孫傳庭也終於率大軍渡過黃河進入陝西。
晉綏軍剛開始渡黃河，身在耀州的羅汝才就收到了消息，他立即放棄耀州城，率部撤回鄜州。
孫傳庭督師前往西安，一路上蚊蠅飛轉、哀鴻遍野，屍骨遍地無人掩埋，州縣城鎮十室九空。
孫傳庭終於是切身了解到這幾年陝西百姓過的都是什麼樣的日子。連陝西最為富庶的關中都是這麼個淒慘的情景，其它那些更為貧瘠和偏僻的地方又會是什麼樣的人間地獄呢？
數日行軍後，到達渭河北岸，看著幾乎乾涸的河床，孫傳庭感歎著“怪不得百姓們要冒著掉腦袋的風險起來造反呢！”
隨後下令“傳令下去，大軍就地安營紮寨！毓華（艾萬年字），你負責帶人修築營寨；重鎮，你率部負責搜索警戒方圓二十裡的範圍，防止賊人來犯；元汝，你安排好從這裡到韓城的物資運輸；尚文隨我去往西安。”
“遵命！”
艾萬年、李重鎮、周元汝、羅尚文四人領命後便各自去忙活手頭的工作。
孫傳庭帶著親衛跨越渭河，羅尚文和大量士卒押著一車車物資緊隨其後前往西安城。
在西安城外，孫傳庭也見到了當初吳又可剛剛到達大名府時所見的一幕幕。
隨後，在城門處見到了前來迎接的楊鶴和劉應遇。
一番見禮後，孫傳庭將一個錦盒交給楊鶴“楊大人，這是陛下的聖旨，這是朝廷對陝西各地的安排及對瘟疫的處理措施。”
楊鶴在手捧著聖旨的那一刻，臉頰流下兩行清淚，口中喃喃著“秦地百姓，終於等到朝廷王師來了！”
孫傳庭不好打擾，便與劉應遇交談起來“劉大人，現在陝西情況如何？”
劉應遇展開一幅地圖，道“現在整個陝西隻剩下關中和隴西還握在官府管控當中，但因為秦州被亂賊所占，我們與隴西的聯係也頗為困難。”
孫傳庭看著地圖上標示出來的各方形勢。
陝北是以馬守應、羅汝才為首的數十萬義軍，朝廷已經完全失去了對這一地區的掌控。
陝南是固守在漢中的王大梁以及躲藏在秦嶺商洛大山中虎視眈眈的李自成。
劉應遇歎道
“陝西自萬曆年間至今災害連連，又經曆數年流賊動亂，百姓流離失所，特彆是陝北各地，人口戶數十去八九，田地無人耕種。關中地區經過兩次大規模賊亂，城池田地被毀，糧食財物被掠奪，亦是傷筋動骨。而今瘟疫蔓延，更是雪上加霜。”
了解到此時關中的情況後，孫傳庭便暫時按下了追剿義軍的心思，命令部下先行協助關中官府處置疫情。
瘟疫的流行，也逼得流民四處逃亡。
特彆是當初高迎祥手下的闖軍、革左五營、王家軍，以及依附於這些大支義軍生存的小支義軍和流民。