王敦的突然起兵，給王導帶來很大困難。他每天一早就帶上兄弟子侄在皇宮門前請罪，以避免舉族受誅。在周顗的極力保舉下，司馬睿任命王導為前鋒大都督，同時命戴淵、周顗、王邃分彆統軍。他還命右將軍周劄與劉隗分彆守衛建鄴城的兩個軍事要塞——石頭城和金城（今江蘇南京東北，長江南岸處89
）。此外，司馬睿還下詔命梁州刺史甘卓、廣州刺史陶侃分領荊、江二州，從後方攻打王敦。然而當王敦進抵建鄴時，周劄卻獻上石頭城投降。刁協、劉隗、戴淵等人接連發起反攻，最終以失敗告終。
當王敦成功攻入建鄴後，放兵四處劫掠。司馬睿無可奈何，隻得派人轉告王敦：“如果你沒有忘掉朝廷的話，請馬上息兵。你要有彆的打算，我可以退居琅邪國為你讓路。”司馬睿見到敗退回宮的劉隗、刁協，拉著他們的手，痛哭流涕。他親自準備了馬匹、人力，催促他們逃走。後來，劉隗投奔石勒；年邁的刁協在中途被人殺死。43
不久，在建鄴之外反對王敦起兵的各路州鎮也陸續遭到失敗，司馬承、甘卓先後被殺，陶侃退回廣州。7
憂憤而死
王敦控製朝政後，先後殺害戴淵、周顗等人，並隨意進退內外群臣。他還把司馬睿軟禁在宮中，取消了人身自由。永昌元年（322年）四月，王敦退軍還武昌，臨行前又在建鄴設置了留府，以控製朝廷。不久，王敦加領寧、益二州都督，並把幾個軍事重鎮全部換上自己的親屬或心腹。在王敦看來，改朝換代隻是時間早晚的問題。7
麵對王敦的控製與羞辱，司馬睿感到極度痛苦，心力交瘁，最終在永昌元年閏十一月己醜日（323年1月3日）病死在宮中，時年四十七歲。諡號元皇帝（“諡法”稱“始建國都曰元”44
），廟號中宗，安葬於建平陵。遺詔由太子司馬紹繼位，是為晉明帝。2
臨終前，司馬睿選擇王導作為顧命大臣，希望他效仿曹魏陳群輔佐魏明帝的故事，做新帝司馬紹的“陳群”。45
明帝即位兩年後，依靠其他大族的支持，將第二次起兵企圖篡奪帝位的王敦擊敗，終於平息了王敦之亂。
為政舉措
政治
在司馬睿稱帝立國的過程中，琅邪王氏出力尤多，對其政權建立作出了很大的貢獻，故東晉初號稱“王與馬共天下”。但司馬睿即位後，對這種狀況十分不滿，力圖重建皇權的威嚴。45
為此進行了一係列的行動。
以法禦下
司馬睿“好刑名家”46
“用申韓以救世”47
，采用法家的法治政策。他通過懲處一些不守法的官員，以顯示皇權的威嚴。太興元年（318年），司馬睿兩次下詔整飭吏治。第一次的時間在三月，詔書一麵對清靜為政加以肯定，一麵卻又表示要懲辦不法官吏。第二次在七月。司馬睿的語氣轉變為十分嚴厲，除命令各級官吏奉公守法，“抑齊豪強”，安撫百姓，查實戶口，勸課農桑外，還要求“州牧刺史當互相檢察”，如果不舉薦奉公、懲罰貪贓者，將受到責罰48
。通過這份詔書，司馬睿向天下表明了以法治國的理念和加強皇權的決心49
。他還親自下令重罰了親信宋典、永康縣令胡毋崇90
，處決了桂陽太守程甫（王敦的親信）、徐州刺史蔡豹等數名違製的官吏，以示懲戒
7
。劉隗在元帝以法禦下的政策下，彈劾了王籍之、顏含、王虞、王彬、周嵩、周顗等官員，打擊了士族的氣焰，展示了皇權，使“王氏深忌疾之”50
。
同時，司馬睿也選用劉隗、刁協等支持振興皇權的人士充任左膀右臂。他的許多意圖都由二人執行。在選官用人方麵，他采納了尚書陳稅“宜漸循舊製，試以經策”的建議，並且下詔規定，若太守和刺史薦舉官員不善，則免官91
。以此改變由士族控製官員任命的現狀，加強中央政府的權力。49
司馬睿以法禦下，又重用劉隗、刁協，疏遠王導，這表明了他要擺脫“仲父”的約束，從而建立君臣之道的態度。49
調整中樞
司馬睿為加強皇權，還試圖通過調整中樞機構及其人員安排，進而掌控中樞。魏晉時期的中樞機構一般由參謀（決策）係統和行政（執行）係統組成。東晉的參謀係統主要有中書省、門下三省（散騎省、門下省、侍中省），主要官員有中書令、中書監，侍中、散騎常侍；行政係統由尚書省構成，主要官員有錄尚書事、參錄尚書事、尚書令、尚書左右仆射。49
當司馬睿即位後，北來士族的代表人物王導被任命為驃騎將軍、散騎常侍、都督中外諸軍事、中書監、錄尚書事、揚州刺史，以一人身兼數職，既是參謀係統的主要人物，又是行政係統的主要指揮者，對司馬睿加強皇權是一個很大的障礙。對此，他調整了中樞機構的人員安排。司馬睿即位的第二個月，即命太尉荀組與太保西陽王司馬羕兼並錄尚書事；即位的三個月後，又任命刁協為尚書令，分化王導的行政權。在參謀係統，司馬睿也對中樞機構作了調整。在機要之地中書省，王導任中書監，權勢極大。為此，元帝將中書省並入散騎省，以削王導決策權。中書省並入散騎省後，門下省的職權擴大，逐漸成為“喉舌之要”51
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