張道士後來就將這五十八個祝由術的法咒編訂成冊，注明各個符咒的用法和功效，然後流傳後世，祝由術也因此，在失傳之後又得以重新流傳。
到了明朝時期，皇帝設太醫院，有十三個科室，這第十三個科室，就是祝由科的醫道秘術，據說祝由科的秘術實行範圍非常廣闊，能夠緩解病痛，治好小兒夜哭，就連婦女懷孕生子，意外跌打損傷，蟲獸的撕咬損傷都可以進行醫治。
而且，祝由術延伸起來，還有“滿水招財”“化形變鶴”“吹毛變虎”等法術。
不過，也因為祝由術太過於離奇和強大，在古代，隻有皇室內的太醫院，和道教秘法之中才有流傳，民間並未興起。
清朝乾隆六年，祝由術由官方編訂，分成了乾、元、亨、利、貞這五冊流傳於世，這祝由術五冊秘典之中，醫道流傳的秘術又分為了十三個科目，被稱為“太上祝係天醫十三科”，分彆是大方脈、諸風科、胎產科、眼目科，小兒科、口齒科、諸外科、傷折科、耳鼻科，金簇科、瘡腫科、書禁科、砭石科。這十三科，主治疑難雜症，又被稱為祝由十三科。
太上祝係天醫十三科最神秘的部分，往往由古代中醫世家父子或內門弟子間傳承，在道教體係之中，也有著隱秘的流傳。
這種方式和茅山術的理論有些類似，醫師也會如同道士一般嚴守戒律。
一般要施展祝由術裡書禁科神秘的內容，醫師先要清淨齋戒，然後內心平靜，心無雜念，用心專一，然後以正直之身引入天地間神秘的正氣，將自軒轅黃帝時期流傳而來的符咒畫出，這種符咒據說是遠古的智者倉頡與天地達成的契約，符咒中的文字本來就有著無與倫比的靈性，符咒之中，以“雨”字為君，以“鬼”字為臣，以“尚”字為將，以“食”字為兵，以其他的字或對症或克製疾病為先鋒。
從而能夠對症消除疾病，達到康複身體的目的。
古代醫師施展祝由術，過程往往很繁瑣。
例如“治骨鯁法”這個祝由術。
施展祝由術時，醫師要左手以法訣托住水碗，右手食指中指並攏做劍決，在水碗中畫下幾個符字，然後由施術者念咒，念得是，“碗水化為海濱，喉嚨化為萬丈深潭。九龍歸洞化如泥。喉嚨功成之日，名書上清吾奉。太上老君急急如律令”
念完咒，右手再在碗裡再畫三個字符，然後再念一通咒語，左足和右足分彆踏上畫出的不同文字，然後，用“雨”和“鬼”兩個字組合其他字符，畫出來九個字符，這九個字符，被稱為“九龍入海”。
到這裡還沒完，如果卡嗓子的骨頭是豬骨頭，那麼字符要用“雨”“鬼”和“虎”這三個字組合，卡住嗓子的是雞骨頭，就把“虎”字換為“鳳”字，如果卡住嗓子都是魚骨頭，就換成“龍”字，然後再將這碗水給患者，患者朝東麵喝下去，就可以解決骨頭卡嗓子而化膿的問題。
這種在我們現代人看起來比較荒唐的事情，在古人的眼中，卻是非常嚴肅且莊重的儀式。（www.101novel.com）