在西哥特殖民時期，西哥特殖民者為鞏固對南方新大陸地區的統治，設立了新哥特、拉普拉塔、印加、新格拉納達四個總督轄區和若乾都督轄區，但受曆史條件的限製，殖民者對許多轄區之間的邊界沒做明確的劃分，南方新大陸國家在獨立後往往沿用殖民地時期留下的傳統邊界，導致許多新成立的南方新大陸國家存在著領土糾紛，影響國家關係，對地區穩定構成嚴重威脅，為南方新大陸大南洋戰爭的爆發埋下了導火線。
南方新大陸大南洋戰爭是由於新托萊多和玻利瓦爾之間的領土糾紛而起。雙方爭議的焦點是奧特喀瑪沙漠，其位於玻利瓦爾、新托萊多和印加的交界處，在西哥特殖民統治時期從未明確劃定歸屬。三國獨立後，玻利瓦爾占有奧特喀瑪沙漠中部地區，印加占有沙漠北部地區，新托萊多則取得沙漠南部地區。三國均宣布對沙漠地區擁有主權。由於在奧特喀瑪沙漠中部和北部發現豐富的鳥糞和硝石礦藏，使三國的爭執更加尖銳。前者作為一種優質的有機肥料，是玻利瓦爾最重要的出口商品和外彙來源，而後者則是西方兵工廠用來製造火藥的重要原料，具有極高的戰略價值。
黃帝曆4563年，新托萊多與玻利瓦爾簽訂邊界條約，規定以南緯24°線為兩國邊界，南緯23°線與25°線之間一切礦產品和輸出產品的關稅，由兩國平分。同年，新托萊多和不列顛合資經營的硝石公司同玻利瓦爾簽訂合同，取得在沙漠中部地區的開采權。黃帝曆4571年，玻利瓦爾和新托萊多兩國簽訂新約，規定新托萊多政府放棄南緯24°線以北地區的全部權利，玻利瓦爾同意在25年內對新托萊多公司不提高現行稅率。黃帝曆4575年，玻利瓦爾政府出於籌措軍費的需要，決定單方麵增加新托萊多—不列顛礦業公司稅額。但礦業公司根據黃帝曆4571年條約拒絕交納。玻利維亞政府決定沒收其全部資產並公開拍賣。作為報複，黃帝曆4576年2月14日，新托萊多在不列顛的支持下，出兵占領玻利瓦爾最大的港口。而印加與玻利瓦爾關係親密，雙方曾在黃帝曆4570年秘密締結軍事同盟條約。危機爆發後，新托萊多和玻利瓦爾政府向國內下達軍事動員令，並積極從西方購買軍火。新托萊多遂於黃帝曆4576年4月5日正式向印加和玻利瓦爾兩國宣戰。這次戰爭被外界稱為“南方新大陸大南洋戰爭”，又由於戰爭起因來自三國對鳥糞和硝石資源的爭奪，因此也被稱為“鳥糞戰爭”或“硝石戰爭”。
李光為抵禦不列顛在南方新大陸的勢力，同時也為了獲得在南方新大陸的硝石礦，決意援助印加和玻利瓦爾兩國對抗不列顛支持的新托萊多。
戰爭爆發後，帝國議會批準了一批價值高達十億塞元的軍火，向印加和玻利瓦爾兩國提供軍事援助。除此以外，帝國議會還批準向印加和玻利瓦爾兩國各出售三艘先進的軍艦，並派教官幫助兩國訓練軍隊。
如果不列顛不支持新托萊多的話，說不定李光就會支持新托萊多，因為新托萊多的實力比玻利瓦爾和印加加起來還要強，但現在，新托萊多站在不列顛這一邊了，因此李光也不得不支持玻利瓦爾和印加兩國。
不過李光還是不放心，因為曆史上的玻利瓦爾和印加兩國的軍隊戰鬥力實在是太差勁了，裡麵當中的土著士兵甚至還拿著冷兵器戰鬥。為此，帝國還秘密派遣了一支部隊開赴戰場，組成人員是來自各國的亡命之徒，不過都有著豐富的作戰經驗，而印加和玻利瓦爾政府對外則宣稱這隻是雇傭兵，為了錢財自發而來。
合眾國也積極乾預南方新大陸大南洋戰爭，為了打擊不列顛以貫徹孤立主義，合眾國政府也向印加和玻利瓦爾兩國提供了軍事援助，所以這場戰爭也可以看作是塞裡斯、合眾國和不列顛三國扶持的代理人戰爭。
帝國政府對於合眾國向印加和玻利瓦爾提供援助一事，保持中立態度，不過雙方政府卻私下進行會談。李光召見了合眾國駐塞大使，兩人一起商談了好久，最後決定雙方共同組建一個暫時的聯盟，共同支持印加和玻利瓦爾反對新托萊多，並合資成立一個塞裡斯—合眾國聯合硝石公司，一起壟斷南方新大陸的硝石礦。
在塞裡斯與合眾國兩國的持續輸血下，印加和玻利瓦爾的軍隊實力有所起色，接連打了幾個大勝仗，而那支雇傭兵部隊凶悍的戰鬥力也讓新托萊多軍隊聞風喪膽，新托萊多軍隊開始節節敗退。除此以外，帝國軍情局還在新托萊多國內大力扶持總統曭武·加普祖·多米門特（doosantaaria）的政敵，並讓其散布謠言，稱多米門特為逃脫戰敗責任，已經收拾好家眷行李準備逃往不列顛，這瞬間引發了新托萊多人民的強烈不滿，一時間新托萊多國內大亂，嚴重影響了前線戰局。雖然不列顛也為智利持續輸血，但在體量和距離上仍比不過另外兩國。
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