新東京市的本部中。
碇源堂收到了來自鬆代的消息，冬月耕造在一旁彙報道：
“三號機被第十三使徒寄生，裡麵的駕駛員生死未卜。碇，麻煩事來了呢。”
“真嗣回來了嗎？”他冷靜地問。
“已經在安排專機回來了。”
“二號機的駕駛員……”碇源堂似乎想到了什麼，他頓了頓說：“給初號機加裝上傀儡係統。”
上次的機體互換實驗中雖然出了事故，但大體上還算是成功的，至少驗證了克隆人駕駛機體的可行性。給初號機加裝傀儡係統，隻是為了某種保障罷了。如果初號機的駕駛員心慈手軟的話……碇源堂的眼神冷冽下來，正是考慮到這種可能性，他才會臨時加裝上傀儡係統。
從鬆代到東京的路程不遠。
在專機的護送下，一行人很快就返回了地下都市。
此時的指揮室裡，碇源堂正端坐在高台上，一旁冬月副司令側立著，難得見兩個司令都到齊，平常就算有使徒來襲，也不見他們兩個的身影，責任全交到葛城美裡和赤木律子的身上。碇真嗣有時覺得自己這個父親說不定隻是個吉祥物，像是什麼點心店前擺著的攬客玩偶。
在他想這些有的沒的時，赤木律子朝那邊看了看，也沒說什麼，而是開始嘗試救出明日香的方法。
“發出信號，強製彈出三號機的駕駛艙。”
在鬆代的時候。
三號機一下子就跑得沒影了。
赤木律子打算讓東京這邊給三號機發出信號，看能不能先把駕駛艙弄出來，首先要保證明日香的安全才行。至於使徒，在她心中重要性反而不大，反而到最後也會被真嗣的初號機打倒。
“信號指令無法識彆，彈出失敗。”
“駕駛員呢？”赤木律子沉聲問道。
“雖然還能偵測到裡麵駕駛員的呼吸和心跳，但恐怕……”
這可麻煩了。
連一旁的葛城美裡都為此皺起了眉頭，明日香還在三號機體內，投鼠忌器之下，很多作戰計劃都無法實施，現在使徒寄生的三號機已經離東京很近了，需要儘快想出辦法，不然就要在城區開戰了。
但這時卻有人忽然說：
“從現在開始，完全放棄eva三號機，識彆為第十三使徒，將其完全摧毀。”是碇司令，他直接下達了命令，“初號機和零號機出擊，消滅掉使徒。”
碇真嗣沒有動彈。
旁邊的綾波麗本來下意識地想動身，但瞥見他的反應後，女孩的腳步便偷偷停了下來。碇真嗣看了葛城美裡一眼，但美裡小姐似乎還沉浸在碇源堂剛剛的命令中，這位女少校難得發問道：
“碇司令，這……”
碇源堂聽見這個下屬的發問，莫名有些不爽。
怎麼回事？
他才是司令啊！為什麼駕駛員們隻聽葛城這個作戰部部長的命令？難道說在他不知道的時候，NERV的司令和副司令已經變成葛城美裡和赤木律子了嗎？這個中年男人不得不將話再次重複一遍，
“沒聽到嗎？我說出擊，把使徒完全消滅掉。”
葛城美裡看起來似乎還想說些什麼，碇源堂感覺自己的耐心正在快速消失，而就在這時候，有人越俎代庖地發號施令道：
“能解除三號機和明日香的神經連接麼？”
“不行，還是無法切斷。”
工作人員下意識地照做，屏幕上各項數據亮起，隨後才意識到這命令來自初號機的駕駛員碇真嗣，而非高台上的碇司令。工作人員悄悄地看了一眼碇司令的臉色，見他麵沉似水，心裡不禁咯噔一聲。
不好！
我這是被卷進本部的權力漩渦了嗎？要選哪邊站？是不是應該提前去買個保險？啊不對早就買過了啊，第一隻使徒入侵東京市那天就買了。工作人員不禁鬆了口氣。
其他同事就沒有他聯想力這麼豐富了。
整個指揮室的氣氛頓時壓抑起來。
“就這麼出擊的話，裡麵的明日香怎麼辦？”碇真嗣主動挑破這個令人糾結的問題。
“那也沒辦法了。”
父子兩人再一次地對視。
碇真嗣的眼神極為平靜，但卻隱隱燃燒著怒火，高台上的碇源堂淡然地望著他。之前在幫霧島真名的時候，碇真嗣還在感慨那導彈連同那台機器人的駕駛員一起消滅，沒想到馬上輪到自己做類似的抉擇，人生還真是無常，他繼續開口說：
“不需要完全消滅，我會把明日香救出來的。”