楊遠航等人帶著基因之源回到地球，本以為能迎來短暫安寧，可宇宙的危機並未真正解除。地球的監測站突然捕捉到一係列異常信號，追蹤之下發現竟是黑暗勢力的殘餘在遙遠星係集結，他們在一處廢棄星球建立秘密基地，似乎在醞釀一場可怕的陰謀。
與此同時，地球上一些基因實驗室出現莫名故障，實驗樣本被破壞，疑似黑暗勢力的報複行動。林婉婷負責調查這些事件，發現背後有一股神秘力量乾擾，破壞者不僅熟知地球的基因研究體係，還巧妙避開了所有監控。她日夜不停地分析線索，眼睛布滿血絲，心急如焚，深知黑暗勢力可能在策劃一場針對基因之源的致命反擊。
楊遠航與小棠決定重返宇宙，探尋黑暗勢力的動向。他們駕駛星際飛船抵達那處廢棄星球附近，發現黑暗勢力正在組裝一種巨型武器，其能量波動與基因力量緊密相關，一旦啟動，可能會對宇宙基因平衡造成不可逆的破壞。小棠眉頭緊鎖，心中隱隱不安：“這武器的能量反應太詭異了，和我們之前遇到的完全不同。”
就在楊遠航和小棠準備進一步偵查時，黑暗勢力發現了他們。一場激烈的星際追逐戰就此展開，黑暗飛船緊追不舍，不斷發射能量炮攻擊。能量炮擦著星際飛船飛過，留下一道道熾熱的軌跡。楊遠航憑借精湛的駕駛技術躲避攻擊，小棠則嘗試用基因之源的力量乾擾黑暗飛船的導航係統。
在激烈交鋒中，小棠發現黑暗勢力的武器核心與之前遇到的神秘晶體有著相似之處，她意識到這武器或許能削弱基因之源的力量。而此時，地球上的林婉婷也有了新發現，她通過分析被破壞的實驗樣本，找到了黑暗勢力入侵的線索，並順著線索破解了部分黑暗勢力的通訊密碼，得知他們將在特定時間發動攻擊，目標正是存放基因之源的地球基地。
楊遠航和小棠得知消息後，立刻趕回地球。可黑暗勢力早已在地球周圍布下重重防線，他們突破防線時，基地已經遭到攻擊。守護基地的力量節節敗退，黑暗勢力即將攻入存放基因之源的核心區域。林婉婷在基地內焦急地指揮著防禦，汗水濕透了後背：“快撐不住了，你們到底什麼時候回來！”
楊遠航和小棠趕回基地，加入戰鬥。黑暗勢力的首領站在戰場上，露出猙獰的笑容，要求交出基因之源。楊遠航等人毫不退縮，雙方展開激烈戰鬥。黑暗勢力的新型武器啟動，強大的能量衝擊向基因之源，試圖抵消其力量。
小棠全力釋放基因之源的力量抵抗，卻漸漸感到吃力。關鍵時刻，星耀趕到，帶來了宇宙中其他正義力量的支援。星耀利用宇宙能量牽製黑暗勢力的武器，楊遠航和林婉婷則帶領部隊對黑暗勢力進行反擊。戰場上，激光交錯，爆炸聲不斷，喊殺聲震耳欲聾。
小棠集中精神，深入領悟基因之源與宇宙萬物的聯係，她發現黑暗勢力武器的能量波動存在破綻。她咬緊牙關，將基因之源的力量精準注入破綻處，引發武器內部能量紊亂。隨著一聲巨響，黑暗勢力的武器被摧毀。
失去武器的黑暗勢力開始潰敗，首領見大勢已去，妄圖搶奪基因之源逃走。楊遠航與他展開近身搏鬥，在眾人的配合下，成功製服首領，徹底粉碎了黑暗勢力的陰謀。
危機解除後，宇宙恢複了平靜。楊遠航等人深知，未來或許還會有新的挑戰，但他們憑借著勇氣與智慧，一次次守護了宇宙的和平。他們將繼續守護基因之源，時刻警惕未知的危險，成為宇宙和平的堅實守護者。
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