劉牢之本為將門世家，家道中落，先是在地方擔任武吏。鬱鬱不得誌。機緣巧合歸於謝玄麾下。因其勇猛常命為先鋒。戰無不捷，威震遠方。但因其為寒門出身在世家把持的世界裡卻常被人看不起。
在謝玄免職後，掌控精兵北府軍鎮守京口。在桓溫攻荊州時被王猛擊敗，被降職。
王恭起兵討伐王國寶時，起用劉牢之為司馬，兼任南彭城內史，加拜輔國將軍。王恭雖然依仗劉牢之為得力助手，但僅把他當作一般武將，對他的禮數很薄，劉牢之心中非常恥恨。
王恭聯合殷仲堪等勢力，起兵清君側，迫使司馬道子誅殺王國寶等人。因為對司馬道子任用司馬尚之以及割豫州四郡歸江州等不滿，王恭以全軍委與劉牢之，再次起兵逼宮朝廷。
劉牢之內心充滿矛盾：依附王恭可借門閥之勢鞏固地位，卻要受製於太原王氏；支持司馬道子能獲得朝廷正統名分，又恐北府兵將領不服。此時，司馬道子的兒子司馬元顯派人遊說劉牢之：王恭事成之後，必以將軍為台鼎；若敗，將軍何顏見江東父老？不如反戈一擊，朝廷當以王恭之位相授。
劉牢之還是選擇了背叛，在竹裡今江蘇句容）突然倒戈，率軍突襲王恭大營。王恭猝不及防，兵敗被殺。
後來東晉朝廷因桓玄叛亂下詔討伐。元興元年402年）正月，晉廷下詔討伐桓玄。劉牢之因為桓玄從小享有英名，如今又憑仗江南之眾，擔心無法製伏他，又考慮到消滅桓玄之後功蓋天下，司馬元顯一定不會容忍自己，於是猶豫不決，不得已才率北府文武將士進駐洌洲。
桓玄派何穆勸道：“飛鳥儘，良弓藏，狡兔死，獵狗烹，敵國破，謀臣亡。”
劉牢之自以為手握重兵，才能智謀足以統轄江南大地。當時譙王司馬尚之已被桓玄打敗，使得士氣低落，軍心沮喪，於是劉牢之接受何穆的勸說，派遣使者與桓玄聯絡。
劉裕聽說劉牢之欲投靠桓玄連同劉牢之的外甥何無忌等將領勸說。認為桓玄誌大才疏，沒有處理與世家混戰，門閥爭權的能力。且這人也是不能容有能力的下屬胸懷。投桓玄是自投死路。劉牢之一概不聽，下令兒子劉敬宣投降桓玄。
桓玄進建康掌控晉庭掃除反對勢力後任命劉牢之為征東大將軍，會稽太守，調離京口。又任命桓修擔任徐州刺史加撫軍將軍坐鎮北府，而出任桓修的中兵參軍的劉裕則韜光養晦，靜待時機。
桓玄控製北府軍後立即展開清洗，誅殺高素、竺謙之、劉襲等將領，又命歸降的孫無終鎮壓劉敬宣，徹底分裂北府軍。劉牢之的北府舊將如高素、竺謙之、竺朗之、劉襲、劉季武、孫無終等人被殺，劉襲兄冀州刺史劉軌及寧朔將軍高雅之，劉牢之子劉敬宣投奔冉魏。
劉牢之暗中聯絡劉裕等北府軍將領準備孤注一擲與桓玄拚命時。
劉裕回答道：將軍擁有幾萬精兵時，對桓玄望風而降。如今桓玄上控朝野、下掌雄兵，其威名正在鼎盛之時，形勢人心皆對您不利，恐怕廣陵也不是輕易到得了的，何況舉兵討伐呢？此情此景，我劉裕隻有脫下軍服，回京口老家罷了！當劉牢之試圖召集部下商議討伐桓玄時，參軍劉襲直言不諱地說：事之不可者莫大於反。將軍往年反王恭，近日反司馬元顯，今複反桓玄，一人三反，何以自立！說完，劉襲起身揚長而去，其他與會人員一見，連話也不說，就跟在劉襲的後麵，全部逃散。最後手伸向半空，感受到了眾叛親離、無力回天的悲涼，天下哪裡還有自己的立足之處呢？劉牢之想，一定是劉襲截殺了他，向桓玄邀功請賞去了，於是萬念俱灰的他上吊自殺。
劉裕謹言慎行獲得了桓修的信任。兩年後桓玄倒行逆施遭到世家和晉皇室的聯手製衡。
404年二月劉裕認為時機已經成熟，開始實施推翻桓玄的計劃。劉裕以遊獵為名，會同劉毅、何無忌等27人在京口舉兵起義。這27人包括何無忌、魏詠之、檀憑之、劉毅及其堂弟劉藩、檀憑之的侄子檀韶、檀祗、檀隆、檀道濟等，都是僑居京口的北府軍舊部。
起義軍迅速行動，何無忌身穿傳詔服，詐稱朝廷使臣，率眾湧進京口城，殺死了徐州刺史桓修。與此同時，劉毅與孟昶在廣陵今江蘇揚州）共收集北府兵1700餘人。
京口起兵後，劉裕被推舉為盟主，率部向建康進軍。在進軍過程中，劉裕軍隊連戰連捷：
1.江乘之戰：三月，劉裕在江乘今江蘇句容北）遭遇桓玄派來的猛將吳甫之，將其斬殺。
2.羅落橋之戰：劉裕追擊至羅落橋今南京東北），與皇甫敷率領的數千人激戰，皇甫敷戰死。
3.覆舟山之戰：三月初二己未日，3月28日），劉裕進軍至覆舟山。他采用疑兵之計，命弱兵登山，持旗分道而行，營造四周皆有士兵的假象。由於桓玄守軍大多是北府軍出身，麵對劉裕都沒有鬥誌，劉裕趁機火攻，大敗桓謙軍。
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4.占領建康：三月壬戌日3月31日），劉裕攻占建康桓玄夾持晉安帝逃亡。
進入建康後，劉裕立即進行了一係列重要的政治軍事安排：
1.官職任命：劉裕被任命為都督諸軍事、鎮軍將軍、徐州刺史等職，掌握了軍事大權。隨後又被任命為侍中、車騎將軍、都督中外諸軍事等要職。
2.推舉盟主：劉裕推舉武陵王司馬遵為大將軍，承製總百官，自己則擔任總領百官。實際掌握東晉軍政大權。劉裕開始實行以追殺桓玄為由頭大肆攻伐沿途門閥世家豪門。
任命徐羨之尚書庫部郎、常駐建康。任劉穆之為尚書錄事與徐羨之一起穩定北府軍後方。
劉裕為中軍由檀道濟為帥，沈田子，王鎮惡為大將，朱齡石為先鋒沿途追擊桓玄。由此拉開了劉裕獨有的改革方式，南方門閥的惡夢開始了。
桓玄率禁軍裹挾晉安帝出建康，首站直撲京口——僑姓門閥郗氏的“北府兵發源地”。他以“北府兵需隨帝護駕”為由，強征郗氏私兵3000人，且要求郗氏交出府庫中半數糧草。郗氏宗主郗僧施以“私兵乃宗族屏障”拒命，暗中聯絡諸葛氏合兵守城。桓玄假意談判，趁夜派精銳偽裝流民偷襲城門，破城後以“謀逆護駕”為名，屠郗氏核心族人200餘口，焚燒郗氏塢堡，諸葛氏援軍剛至城外便遭桓玄伏兵截殺，首領諸葛長民曆史上劉裕部下，此處提前激化矛盾）僅率數騎突圍。劉裕尾隨部隊次日入城，以“安葬名士、撫恤流民”為名收編郗氏殘餘部曲，接管京口兵源地。
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