摩尼教主力在杭州覆滅後，其各地分支並未徹底消散，反而化整為零，推行所謂的“遊擊計劃”。
大批傳教人員潛伏民間，殘餘部隊則收羅散兵遊勇、惡霸地主與地痞流氓，拚湊出多股匪特武裝。
這些武裝或以“綠林軍”為名盤踞山林，或“上山結寨”控製要道，甚至依托湖泊港汊形成水上匪幫，成為江南百姓治安平定的巨大威脅。
十一月二十日，剛穩定杭州秩序的盧俊義，便收到了各地送來的匪患急報。
兩浙路境內匪眾近五萬餘人，福建路亦有四萬餘人，這些土匪如同毒瘤，散布在江南的山野湖泊間。
他們不僅襲擊大乾的基層政權，殺害剛剛上任的保正與官吏。
十二月間，華東的縣鄉村遭百餘次襲擊，僅兩浙路就有一百餘名大乾官吏倒在崗位上。
不少還公然搶劫百姓物資，煽動不明群眾鬨事，甚至一度攻占多座縣城，將縣城內的糧倉、庫房洗劫一空。
在浙西的天目山一帶，一股數千人的匪幫尤為猖獗。
他們白天潛伏在山林中，夜晚便下山突襲村鎮，不僅搶走百姓的糧食與財物，還強迫青壯年加入匪幫，不從者便慘遭殺害。
一名僥幸逃脫的村民哭訴：“這些土匪比摩尼教還狠！摩尼教至少還講點規矩，他們就是一群瘋子，見人就殺，見東西就搶！”
匪患的蔓延，不僅嚴重破壞了社會秩序，更讓江南百姓剛剛燃起的和平希望再次蒙上陰影，新生的大乾政權麵臨著嚴峻的考驗。
麵對愈演愈烈的匪患，薑齊迅速作出決斷，於十二月下旨明確剿匪原則：“首惡必辦，脅從不問，立功受獎”。
這一原則既體現了大乾鎮壓匪首的堅決態度，也為爭取被脅迫的普通匪眾留出了生路，做到寬大與鎮壓相結合，避免激化矛盾。
與此同時，盧俊義在杭州發布剿匪布告，並公布《懲治土匪暫行條例》。
布告中，他一方麵號召江南軍民合力剿匪，鼓勵百姓舉報匪情、協助軍隊作戰。
另一方麵則敦促土匪認清形勢，主動投降。
條例中明確劃定處置標準：匪首及雙手沾滿鮮血者，嚴懲不貸；被脅迫加入、未曾作惡者，繳械後可返鄉務農，若能協助剿匪、立功贖罪者，還可獲得獎賞。
這一布告的發布，為後續剿匪行動提供了清晰的法律依據與政策導向。
更重要的是，盧俊義結合江南的實際情況，確立了“軍事進剿、政治瓦解和發動群眾三結合”的總方針。
軍事進剿負責消滅大股匪幫的有生力量。
政治瓦解則通過宣傳政策、爭取脅從者，從內部瓦解匪幫。
發動群眾則是讓百姓成為剿匪的“眼睛”與“耳朵”，切斷土匪的補給與藏身之處。
這一方針並非僵化的指令，而是為不同區域製定差異化戰術提供了核心指導。
山區側重山地搜剿，湖泊側重水上圍堵，城鄉交界地帶則側重軍民聯防，確保剿匪行動精準高效。
剿匪方針確立後，江南各地的清剿行動迅速展開。
兩浙路的剿匪行動，從一開始便確立了“海陸聯動、分區包乾”的核心思路。