燕青主動請纓後，第一時間與海軍將領阮小二會商，針對兩浙路“山地多、海岸線長、水網密布”的地理特點，製定了精準的協同方案。
阮小二率領的海軍船隊，如同移動的屏障，沿著兩浙路漫長的海岸線巡航。
白天，船隊在近海遊弋，用望遠鏡監測每一處可能的登陸點，防止土匪從海上逃竄或獲取補給。
夜晚，船隊則在關鍵港口拋錨，船上的燈火連成一片，形成威懾，讓沿海匪幫不敢輕易露頭。
一次，一股盤踞在舟山群島附近的匪幫，企圖趁著夜色乘船逃往福建，剛駛出港口，便被阮小二的巡邏船隊發現。
“開火！”隨著阮小二一聲令下，船上的火炮瞬間轟鳴，匪船被擊中起火，匪眾紛紛跳水逃生，最終被海軍戰士逐一擒獲。
此次行動，不僅殲滅了一股頑匪，更向所有沿海匪幫傳遞了明確信號，海上並非逃路，而是絕境。
與此同時，燕青率領陸軍主力，以杭州為起點，向歙州方向穩步推進。
他將兩浙路劃分為杭嘉湖、寧紹、金衢嚴三個清剿區域，每個區域配備一支千人規模的精銳部隊，由經驗豐富的將領帶隊。
更關鍵的是，燕青深知“百姓是最好的向導”，每到一地，便組織當地百姓成立“聯防隊”，挑選青壯年男子，配發簡易武器，負責日常巡查、傳遞情報。
同時，通過張貼告示、街頭宣講等方式，向百姓普及剿匪政策，鼓勵大家舉報匪情。
在紹興府，聯防隊成員王老漢發現一夥土匪隱藏在山中的破廟裡，立即向陸軍部隊報告。
部隊根據王老漢提供的路線，連夜奔襲，將土匪一網打儘。
事後，王老漢笑著說：“這些土匪以前欺負我們，現在大乾軍來了，我們當然要幫忙，把他們趕跑，才能過安穩日子！”
這種軍隊搜剿、百姓巡查的聯動機製，讓土匪如同過街老鼠，無處藏身。
天目山一帶的匪幫，是兩浙路剿匪行動中遇到的最大阻力。
這股匪幫由摩尼教殘餘將領帶領，人數達數千人，不僅裝備精良，還熟悉山地地形，多次擊退小規模的清剿部隊。
燕青得知後，親自率領部隊前往天目山，決定采取“政治瓦解為主、軍事打擊為輔”的策略。
第一步，便是摸清匪幫的底細。
燕青派戰士化裝成百姓，混入天目山周邊的村鎮，通過與村民聊天、觀察土匪的活動規律，逐漸掌握了匪幫的藏身洞穴、補給路線以及內部結構。
匪首是摩尼教的一名頭目，生性殘暴，手下的匪眾則多是被脅迫的農民與散兵。
掌握情況後，燕青首先切斷匪幫的糧道。
他派部隊封鎖天目山的各個山口，嚴禁任何人攜帶糧食進山。
同時，讓此前俘虜的幾名普通匪眾回到山中，向其他匪眾宣傳大乾的剿匪政策。
“隻要繳械投降，不主動作惡的，都能回家務農，還能領到救濟糧；如果繼續跟著匪首頑抗，隻有死路一條。”
這些俘虜回到山中後，很快便在匪眾中引發了騷動。
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