一場演習所帶來的影響，可謂極其深遠而廣泛。就在那三位水師總兵轉身離去之際，猶如拉開了一道帷幕，預示著明國海商們悲慘命運的正式開場。
葡萄牙王子若昂驚喜的發現，意大利人艾儒略竟然被朱由校引入了朝廷的核心決策層——軍機處。兩人多日來促膝長談，若昂更是從他嘴中得知，如今的大明朝的現狀，以及銳意進取的朱由校是何等的英明神武。
如此，更加堅定了若昂要與朱由校締結同盟的決心。
大明疆域太大了，幾乎等同於整個歐羅巴。皇帝擁有著無上的權勢，可以說一言決定一人生死的存在，比歐羅巴的國王厲害多了。要知道，在歐羅巴，國王僅是貴族之一，並非是不可取代的。要想讓國內的貴族聽從他的命令，那就要付出不少的代價。
經過多日的談判，朱由校與葡萄牙王子若昂秘密達成了明朝與葡萄牙的同盟條款：
一、作為盟友，雙方約定，在未來同一時間向西班牙人發起進攻。明國負責拖住西班牙在遠東的軍事力量，使其不能回援本國。
二、為表誠意，葡萄牙則將澳門總督府撤銷，將澳門這個小地方正式交還給明朝政府。同時朱由校同意，那些不願意回國的葡萄牙人可繼續留在澳門。不過，留下的人必須加入明國國籍，效忠明國皇帝。
三、雙方未來可互派留學生，名額為一年十名。由於歐羅巴國家眾多，葡萄牙同意，可幫助明人周遊列國，並保證其人身安全。
四、明國同意，葡萄牙軍人可自由參加明國任一場戰鬥，生死不論。既然要反抗西班牙統治，那麼必要的武力是必不可少的，大明這樣的龐大國家，東則數萬、數十萬人馬的大戰對葡萄牙來說是吸取寶貴經驗的最好試驗場。
五、葡萄牙在未來若乾年，派遣不少於二百名經驗豐富的造船、火炮、火槍、機床等相關人員，借用大明的船廠、槍炮廠幫助葡萄牙建造戰船、槍炮，一切費用由葡王室按正常價支付。
六、必要時，明國願意貸款給葡萄牙，葡萄牙則以全世界的殖民地作為抵押物。
經過一係列的談判，雙方均得到了自己想要的東西。條款看上去更有利於葡萄牙，但朱由校眼光長遠，並不在意一時的得失。
幫助葡萄牙拖住西班牙，這就是個廢話；西班牙在亞洲僅有菲律賓一處根據地，而這裡也是明朝走出南海向深海發展的必經之地，雙方遲早是有一場大戰的。
加上如今英國、法國、荷蘭開始針對西班牙的寶船，現如今能進入明國的白銀越來越少了，這也是朱由校準備動手的另一個原因。
朱由校同意幫助若昂訓練軍隊、打造遠洋船隻，並向葡萄牙提供貸款業務，一方麵這些東西可以賣錢賺取白銀，另外一方麵，也可以趁機拿下一些海外島嶼作為落腳點。
造船業，對明朝來說已經落後歐羅巴很多，如今大行其道的蓋倫船明朝就造不出來，失去了鄭和寶船圖紙的工匠們，連中型船都造的費勁，而且還未必適應遠洋航行。所以通過葡萄牙造船師，明朝工匠也能學習到歐羅巴的經驗，以明工匠的心靈手巧，相信舉一反三造出比歐羅巴更加先進的戰船。
作為交換，若昂代表家族會替朱由校在歐洲招攬更多有真才實學的人才。同時，他們家族將歐洲各國在新大陸以及南美大陸的礦產分布圖轉交給朱由校，並配合錦衣衛全力收集各國在遠東地區的兵力布置，海軍實力等情報。最為關鍵的是，若昂答應，會將歐洲各國最為先進的各類設備、武器、船隻及其設計圖都秘密收集齊全並轉交給明國，這點也是朱由校最渴望拿到的。
兩國達成秘密同盟之後，興奮的朱由校更是亂點鴛鴦譜。獲得傅懿太妃的首肯之後，他將光廟第六女，也就是他存世的長妹，十一歲的朱徽妍賜婚給了葡萄牙王子若昂為王後。等到朱徽妍十五歲成年之後，朱由校會讓其與遠洋船隊一起遠赴歐洲與若昂完婚。
大喜過望的若昂激動得滿臉通紅，他迫不及待地模仿著徐光啟那鄭重其事的樣子，恭恭敬敬地向著朱由校行了一個標準而又虔誠的跪拜之禮。就這樣，剛剛結下深厚友誼的兩人，眨眼間身份便發生了巨大的轉變，從朋友一下子變成了有著密切關係的妻兄和妹夫。
滿心歡喜的若昂本已做好了歸國的準備，但此時此刻，他卻毫不猶豫地選擇暫時留下來。一方麵，懷著對大明軍隊的好奇與向往，他毅然決然地投身於皇家近衛師，積極參與到緊張刺激的軍事訓練之中；另一方麵，則利用這難得的時光，與美麗動人、溫婉可愛的公主朱徽妍逐漸培養起了那份朦朧而又甜蜜的小感情。
然而，世上沒有不透風的牆，儘管朱由校自以為將這件事處理得天衣無縫，但最終還是走漏了風聲。那些精明的朝臣們不知通過何種途徑獲知了皇帝亂點鴛鴦譜之事，這一消息猶如一顆重磅炸彈投入平靜的湖麵，瞬間激起了千層巨浪。
對於朝臣們來說，皇帝不尊重文官也就罷了，善武是萬萬不可取的。萬一哪天這些武人要是爬到他們文官的頭上怎麼得了？而且皇帝有了底氣，文官集團該如何自處？皇帝這番出人意料的舉動，無疑給了他們一個絕佳的反擊機會。於是乎，在三月二十九日這個看似平常的早朝之上，憋了一肚子怨氣的朝臣們再也按捺不住內心的怒火，紛紛挺身而出，毫不留情地朝著朱由校發難起來。一時間，朝堂之上氣氛異常緊張，眾人唇槍舌劍，你來我往，好不熱鬨！
對於消息的走漏，朱由校更加火大，經過了數輪清洗，自己的內宮居然還能走漏消息，說明這些文官們還有其他的渠道可以獲知內廷的消息，這讓將保命工作做到了極致的朱由校如何忍受？
一場針對文官與內廷的大清洗即將上演。
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