在此之前，朱由校為了維護朝堂的穩定以及各黨派之間的勢力均衡，他對待東林一係的官員時，隻是對那些貪贓受賄的東林官員，處以抄家、砍頭之罪。對於政見不一，或者僅是言語上觸怒他的，采取的措施相對較為寬容，至多也就是將他們流放，而更多的情況下，則是免去其職務或是將之貶謫到地方為官。不得不說，這樣的處置方式在一定程度上算得上是頗為溫和的了。
隻可惜！他的這種溫和態度竟然被那些士紳階層視作是一種軟弱可欺的表現。於是乎，現如今這些人竟敢公然發動民變來回應他的寬厚仁慈。倘若江南一帶的亂局無法迅速得以平息，那麼其他各地勢必會紛紛效仿，跟風作亂。如此混亂不堪的局麵，自然絕非朱由校所期望見到的。
鑒於此，這一次他已然下定決心不再與滿朝文武百官共同商議前往江南平叛的合適人選了。他決定獨斷專行一次，向世人展示出自己強硬鐵血的手腕和決心。
經過深思熟慮之後，朱由校最終親自選定了內閣閣臣顧秉謙擔任此次朝廷派遣前往江南的正使一職；同時，又任命大理寺寺卿薛國用——這位原本按照曆史軌跡應當命喪於遼東戰場之上的巡撫大人，由於朱由校的意外穿越從而得以幸存至今且安然無恙，還被提拔到了大理寺卿職位——出任本次江南之行的副使。此外，一同隨行的還有刑科給事中周應秋以及詹事府詹事魏廣微等人，作為朝廷官方調查這次民變的緣由的文官團隊。
緊接著，朱由校責令以東廠廠督魏忠賢為首，東廠理刑官孫雲鶴率領整整一百名訓練有素且身手矯健的東廠番子共同奔赴現場展開深入調查。
錦衣衛指揮同知田爾耕也接到皇命，他要統率著北鎮撫司鎮撫使許顯純以及其下轄的三個千戶所一同前行。
而與此同時，新軍第一師提督滿桂則肩負重任，帶領著新軍第一師八千精兵強將，通過水路和陸路兩種運輸方式火速南下江南。表麵上來看，這八千將士需聽從閣臣顧秉謙的調遣與指令行事，但實際上，英明睿智的朱由校暗中給予了滿桂一道機密詔令。此道密令要求滿桂務必將東廠、文官兩大派係每日的一舉一動詳細記錄下來，並以秘折這種特殊的文書形式，每隔五天便用八百裡加急的速度送回京城，而且不得經過內閣轉手，而是直接呈交至司禮監。同時，事態緊急之事，他可有先斬後奏之權，繞過文官，直接彈壓地方。
然而，當這份關於皇帝派遣以顧秉謙作為領頭人的朝廷使者名單公布之後，內閣首輔葉向高尚未發表任何意見之時，通政司那邊卻率先炸開了鍋。以通政使劉元珍為首的一眾東林黨官員們，竟然毫不畏懼皇權，當場就毅然決然地直接駁回了聖上的聖旨。
朱由校坐在龍椅之上，麵色平靜如水，絲毫看不出有發怒的跡象。在眾人還在議論紛紛之際，直接說道：“準通政司劉元珍以下三人致仕！”他直接越過內閣，直接罷黜了通政使、右通政、左通政。這一突如其來的舉動，讓上書房內鴉雀無聲。
緊接著，朱由校又趁熱打鐵，迅速提拔了三位官員填補通政司的空缺。其中，詹事府經筵講官來道宗榮升為通政使；左春坊諭德、講師施鳳來出任右通政；而少詹事、直講錢向坤則擔任左通政一職。
值得一提的是，這三位新上任的官員皆為朱由校的任課老師。經過長時間的接觸與觀察，朱由校對他們可謂了如指掌。此三人在複雜多變的朝政局勢中，始終保持著中立立場，並未表現出明顯的政治傾向，實屬朝中為數不多的“無黨派人士”。
不僅如此，這三位先生雖然才華橫溢，但卻並不迂腐守舊。不像有些官員，憑借多年積累的資曆好不容易爬上了皇帝講師的高位後，便迫不及待地向皇帝以及皇子們強行灌輸自己的理念，令聽者感到不勝其煩，頭痛欲裂。
麵對皇帝此番雷厲風行的舉措——罷黜通政司全體官員並提拔自己的老師上位，內閣成員們竟出奇地一致選擇了緘默不語。
就連身為東林黨首腦的葉向高，此時也緊閉雙唇，不再發表任何言論。既然連這位權傾朝野的大人物都三緘其口，其他大臣們自然更是不敢輕易去觸碰皇帝的逆鱗，生怕引火燒身。一時間，上書房陷入了一種詭異的安靜之中。
前文提到，自從官複原職之後，葉向高覺得如今的東林黨已經不是他辭職之前的那些有信仰，憂國憂民的進步黨派人士了。如今的東林黨已經變成了隻講利益，不顧實情的皇帝改革朝政的絆腳石，成了以前他們最為討厭的頑固、守舊派。
所以，他不顧朝野非議，始終站在皇帝的一邊，助其推行新政。同時，儘力保住東林黨這塊招牌，團結一切認可皇帝、認可他這個首輔執政的東林黨官員。
如今的葉首輔隻想先保住東林黨的招牌，準備以徐徐圖之的謀略與皇帝周旋，再也不是那個與萬曆皇帝硬抗，堅決廢除礦稅時期的他了。
他深知，隨著這批人下江南，會掀起多大的腥風血雨，但作為一個成熟的政治人物，特彆是一位愛國人士，犯上作亂已經屬於超綱的範疇了，這個時候如果他站出來反對，相信皇帝會連同他以及好不容易保護下來的東林黨成員都將會被皇帝清洗出朝堂，到那個時候，才是東林黨真正的末日。
他搖頭示意史繼偕、王象乾兩人不要再行反對之事，他決定回去就立馬修書，快馬加鞭的通知江南同僚，要求他們務必保持克製，明哲保身躲過這次危機。
隻可惜，他高估了如今的他在東林黨中的地位，也為未來他徹底走上張居正的改革之路埋下了伏筆。
一道道指令從上書房發出，一封封信件從京城各處高官府邸發出。此時的朱由校深知江南士紳能掀起如此之大的風暴，恐怕那些南京勳貴並定深涉其中，於是他眼咕嚕一轉，傳旨召見英國公張維賢、定國公徐希皋二人，命二人率皇家近衛師五千人馬為後隊，跟隨滿桂的新一師從事。
朱由校的收尾之作頓時讓上書房內所有的官員瞪大了雙眼，這是皇帝版惡人自有惡人磨嗎？
官對官、兵對兵、勳貴對勳貴，特麼的這是捉對廝殺，皇帝是一個漏洞都不留啊，妥妥的趕儘殺絕啊！
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