最終，經過深思熟慮之後，朱由校決定采納孫元化所提出的建議。他果斷地從山東省的新軍中精心挑選出三萬最為精銳的士兵。與此同時，還積極地從京城周邊眾多的煤礦、水泥廠以及其他各類礦廠當中廣泛招募了兩萬名年齡適宜且身強力壯的青年男子。如此一來，一支規模宏大的軍事力量得以迅速組建而成，番號定為九十六至一百師。
原本已經做好準備前往上議院安享晚年生活的孫承宗，麵對朱由校一次又一次誠懇的挽留，內心深處那份對國家的責任感終究還是占據了上風。儘管有些許猶豫，但他最終還是拗不過朱由校的堅持，接受了兵部尚書這個重要職位。自此以後，孫承宗全身心投入到工作之中，竭儘全力為朱由校那雄心勃勃的移民全球的宏偉計劃貢獻著自己的智慧和力量。
就在此時，大明皇家銀行行長茅元儀也作出了一個重大的決策。他將離開親手打造的皇家銀行，將肩上擔負的重任正式移交給了得力的副手，然後自己則履新戶部尚書職位。這番變化，無疑表明了，朱由校對他這幾年工作的肯定，並希望他能在更高的崗位上為大明的財政事業做出更大的貢獻。
一直擔任駐琉球大使職務的孫傳庭接到朝廷詔令後火速返回京城，並隨即走馬上任兵部右侍郎一職。而素有威名的盧象升同樣受到重用，被調入軍機處聽命差遣。與他們一同履新的還有另外三位宗藩，這些人分彆順利接任了駐琉球大使、副使以及三軍總都督等要職。
至於六部之首——吏部尚書這一關鍵職位，朱由校的選擇卻出乎眾人意料之外。他竟然將其托付給了楊漣這位曆經延安歲月以及普查小組多年磨礪鍛煉的官員。曾經的楊漣或許隻是東林黨內以能言善辯著稱的“嘴炮”人物，但經過這幾年風風雨雨的洗禮和錘煉，如今的他已然脫胎換骨，成長為一名具備卓越才能和堅定意誌的實乾家。
朱由校深知一個國家的繁榮昌盛離不開直言進諫、剛正不阿的大臣。他由衷地希望能有更多如此耿直之士踏入朝堂，因為身為一國之君，即便貴為天子，有時亦難免會在決策或行事上出現偏差甚至失控的時候。此時，便迫切需要那些敢於挺身而出的忠臣良將，能夠毫不畏懼地拉住韁繩，及時糾正自己可能犯下的錯誤。
伴隨著新內閣的上台，一大批德高望重的老臣們選擇了急流勇退，他們得到了朝廷的褒獎和賞賜。這些老臣們一生兢兢業業為國家效力，如今終於可以功成身退，懷揣著豐厚的退休金衣錦還鄉，安享晚年。與此同時，一批充滿朝氣與才華的年輕才俊如雨後春筍般湧現，他們迅速填補了因老臣離去而產生的各個關鍵職位的空缺，為朝廷和地方注入了源源不斷的活力與創新精神。
然而，就在京城教案持續升溫、不斷蔓延之際，這場風波猶如一場洶湧澎湃的洪水席卷全國。各地因涉及此案而遭拘捕的官員和士紳及其家屬數量竟然高達十餘萬之眾！隨著時間的推移，進入嶄新的一年後，徐光啟以及朝中眾多位高權重的大臣們再也坐不住了。他們聯合起來，一同前往皇宮求見皇帝，並言辭懇切地懇請皇上即刻終止這一近乎瘋狂的舉動。畢竟，已有太多無辜之人為此付出了沉重代價，即便是繼續下去，已經逝去的皇嗣也不可能重生。倘若再不收手，恐怕整個朝廷將會麵臨無官可用的尷尬局麵。
朱由校獨自坐在龍椅之上，默默地傾聽著群臣們的勸諫。他眉頭緊鎖，陷入了長久的沉思之中。一方麵，他要顧及到新任首輔的顏麵，不能輕易駁了其好意；另一方麵，他心裡也十分清楚，如果繼續這般大規模清洗官員，那麼朝廷的正常運轉必將遭受嚴重影響，屆時國家政務勢必會陷入混亂不堪的境地。經過一番深思熟慮之後，朱由校緩緩抬起頭來，目光堅定地看向眼前的一眾大臣，最終還是點了點頭，表示同意他們的請求。
據吏部詳實的記載顯示，在天啟五年之前，擁有品級的文武官員人數竟然超過了八萬之多！然而，令人震驚的是，僅僅過了不到一年的時間，也就是到天啟六年年初的時候，這個數字驟減至僅有六萬人。也就是說，在如此短暫的時期內，人為地將有品級的官員數量減少了整整四分之一還多。
麵對這樣顯著的變化，皇帝朱由校已然感到十分滿意。恰好在此時，徐光啟登上了政治舞台。朱由校巧妙地抓住這個時機，順勢而為，為徐光啟營造出一種聲勢浩大的氛圍。正因如此，當老徐甫一上任，便立刻贏得了滿朝文武百官們的高度敬重和廣泛認可。
回顧過去的一年，天啟五年可謂是充滿了動蕩不安。不僅如此，農業稅率也經曆了一番重大的調整。但令人欣慰的是，朝廷的財政收支狀況最終竟然實現了平衡。雖然沒有出現明顯的盈餘，但能夠保持收支相抵已實屬不易。
更為可喜的是，在這一年裡，海關關稅以及商業稅均呈現出翻倍增長的良好態勢。這無疑表明著國家正逐漸走上一條正確且繁榮昌盛的發展道路。
然而，與此同時，一個不容忽視的問題也浮現出來——由於牽涉到了教案，明國境內的傳教士幾乎被一掃而空，歐羅巴與大明之間的關係陡然變的非常緊張，致使下半年市舶司往來的船隻構成發生了巨大的改變。曾經頻繁穿梭於此的那些來自歐羅巴地區的龐大船隊如今已變得寥寥無幾，取而代之的則是以明國、日本、朝鮮、琉球等周邊國家為主導的船隊。這種局勢的突變，令朱由校不得不對此予以高度關注並慎重對待。
好在，朝廷近幾年強力推行了龍幣，以此來逐步替代白銀、銅錢的流通性。短期來看，通貨膨脹的情況暫時是不會出現了，但不可避免的，產能過剩問題就會凸顯出來。長期來看，國家的經濟肯定會出現問題。
所以，明朝需要一個更大的市場來傾銷過剩的產能。這個時候，朱由校的目光被吸引到了日本與朝鮮。
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