原來，自嘉靖始，明朝與蒙古邊境之間便停止了大規模的戰爭，許多失地的漢人逃往了蒙古草原，大麵積的牧場被開墾為農田，改變了牧場的生態環境。原本生活在草原上的老鼠生存空間被壓縮，人與鼠接觸的機會大大增加。
同時，明朝末年恰又是旱災頻發的年代，萬曆期間曾有過三次大旱且均引發瘟疫。
雖然瘟疫得到了處理，但當時的醫者並沒有找到病根，加上小冰河時期的異常氣候變化，加上連年的戰爭不斷，使得朝廷根本沒有實力和精力從根本上解決瘟疫。
加上，朱由校繼位前後的幾年裡，逃荒保命的不隻是難民，老鼠也需到處尋找食物，較大數量的老鼠進入人類的居住地也就順理成章了。鼠疫杆菌通過寄存在它們身上的跳蚤將病毒傳染給了難民，而難民的遷徙流動又使病毒延伸到更大的地域。
作為此次抗疫的領頭者，張介賓的眼神中透露出堅定和執著，每一個動作都充滿了對患者的關愛。他仔細地詢問患者的症狀，耐心地傾聽他們的訴求，不放過任何一個細節。儘管疫情嚴峻，條件艱苦，但張介賓始終堅守在崗位上，從未有過一絲退縮。他深知，自己的每一次診斷、每一張藥方，都可能成為患者活下去的希望。
在與新任山西巡撫張秉文密談過後，不光是山西所有出省的通道均被封閉，連縣府之間的所有聯係都被阻攔。各地采取了隻進不出的原則。雖然這種做法很殘忍，但為了保住其他地區百姓的安危，大明的未來，有些決定必須要做。
於是，大量的糧食物資、中草藥被四麵八方運往山西省邊境，然後再由山西駐軍運往全省各地。
山西省的五府三州幾十個縣被要求，采取全麵隔離的方法。首先便是組織城中身體健康的百姓戴著口罩，棉質手套，將城中屎尿、垃圾堆積如山的環境較差的地方全部打掃的乾乾淨淨。同時，張貼告示，禁止隨地大小便，並在城中修建了無數個公共廁所。最後，派出衙役全天候的守在城中的水源地，禁止一切動物汙染水源以及百姓隨意前來打水，等等。
隨後，便是最重要的，那便是消滅病根——老鼠。
於是，各地紛紛上演了花樣滅鼠。
有的地方采取了老祖宗的土方法，他們采用封堵鼠洞和用水淹淹的辦法來消滅老鼠。然而，這兩種方法效率都相當低下。正如俗話所說，龍生龍，鳳生鳳，老鼠的孩子自然會打洞。老鼠天生具備這種能力，即便一個老鼠洞被堵住了，其他老鼠洞仍然會重新出現。用水或熱水醃製老鼠的效果也有限，老鼠不僅有可能逃脫，有時人們甚至會因無法區分蛇洞和鼠洞而遭到誤傷。
在某些地區，人們會選擇使用毒藥來消滅老鼠。而最為常見的老鼠藥便是砒霜，這種毒藥不僅對老鼠具有致命的殺傷力，同樣也能致人死亡。然而，由於其毒性極強，在使用過程中，人們自身也麵臨著相當大的風險。事實上，在許多地方都曾發生過不僅老鼠被毒死，甚至連人也不幸中毒身亡的悲慘案例。
與使用毒藥相比，有些地方則采取了一種更為溫和的滅鼠方法——利用小貓來捕捉老鼠。特彆是像小狸貓這樣的品種，它們天生具有敏銳的捕獵本能，能夠讓老鼠無處藏身。這種方式相對安全，且不會對人類造成直接威脅。
當然，在眾多滅鼠方法中，最為常用的還是捕獸夾。這種工具雖然簡單，但卻十分有效。不過，無論采用何種方式，各地的人們似乎都難以將老鼠完全根除。儘管如此，隨著環境衛生狀況的改善以及對防鼠工作的日益重視，疫情得到了非常好的控製。
除了滅鼠，那些因為鼠疫而死的動物、人類的屍體都被采取了火化後集中掩埋的形式處理，也進一步隔絕了病毒的擴散。
此外，隨著越來越多具有抑製疫情作用的中草藥被廣泛應用，各地上報的死亡病例數量也逐漸減少。在教會山西的醫者如何有效防治疫情之後，專家組馬不停蹄地啟程前往同樣遭受疫情肆虐的陝西地區。
這波疫情持續到了天啟十七年1637年）五月，終於得到了有效的遏製。
為了避免影響到其他省份，秦晉兩省百姓做出了巨大的犧牲。在這波持續了四年的疫情中兩省共計死亡了一百萬人。更難能可貴的是，即便是被關在家中等死，他們也沒有趁機出來鬨事，將自己身上的病毒傳染給更多的無辜百姓。為了養活兩省近八百萬百姓，朝廷是投入了巨大的資源，差點沒有被整破產了。
疫情雖然得到了遏製，但卻始終無法徹底消除。但防疫專家的一係列操作，成功的遏製了疫情的蔓延，有效的控製了疫情。
為此，內閣更是將此次成功防疫的案例，整合成了一本防疫守則，分發給了全國三十餘個省份。
無數的公共廁所，無數的垃圾堆滿天、屎尿臭不可聞的犄角旮旯均被各地衙門組織人手處理乾淨。各個城市的衛生建設得到了極大的加強，也算是不幸中的大幸。
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兩省百姓為了疫情做出了巨大的犧牲，而朝廷自然也是儘力的去挽救和彌補自己的過錯。
除了兩年的抗疫時期，無數的物資和藥草被無償的運送至了兩省各地。朝廷更是下旨免除了兩省未來五年的所有賦稅。
除此之外，為了集合更多的物資運用到兩省。加上征東大將軍、安遠伯戚金的病逝，朝廷無奈暫停了在日本的征伐，將兵力收縮至了近畿與中部一線，此舉也給了德川幕府一個喘息的機會，為後麵的不利戰事埋下了伏筆。
除此之外，西北的滿桂也停下了征服伊犁平原的腳步，喀爾喀蒙古的明軍也停住了腳步，隨後，滿桂和盧象升兩人便被調回京師述職。
可以說，十年來明朝咄咄逼人的軍勢被這波疫情給極大的遏製住了。同樣，也給了如今大明周邊所有敵人一個喘息的機會，特彆是失去了天皇這個最佳擋箭牌的德川幕府。
天啟十四年1634年）明正天皇被俘，與其同時被俘的還有整個天皇家族。
曆史可追溯至公元前660年的神武天皇至如今被俘的明正天皇，兩千二百餘年的國祚，徹底在朱由校的手中被斷絕。自此，日本再也沒有了天皇的稱謂。
為了表彰征東大軍的功績，病逝於前線的安遠伯戚金被明廷追封為了定遠武王。其長子戚元功晉豐為了世襲罔替的定遠侯。
回京就任閣臣的孫傳庭被敕封為振武伯；新寧伯潭弘業晉升崇安侯；忠貞伯秦良玉晉升忠貞侯。
隨著戚金的病逝，孫傳庭的回國述職，秦良玉被朱由校冊封為了新任的征東大將軍，馬世龍、尤世功、祖大壽三人被晉升為中將，並有三人分彆組建了第一集團軍、第二集團軍、第三集團軍。九州第一集團軍改編為了第四集團軍，四國第二集團軍改編為了第五集團軍，長州第三集團軍改編為了第六集團軍。
在抽調回國十個近衛師之後，在日的明軍以及仆從軍兵力還是達到了五十六萬之巨。
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