在那個動蕩不安的時代，朱由校深知亂世需用重典的道理。早在他初登皇位之時，這個觀念就已經深深地烙印在他的腦海裡。
為了徹底收拾江南地區的亂局，朱由校精心挑選了一支強大的欽差團隊。這支團隊以都察院右都禦史何吾騶、軍情總局副局長駱養性和大理寺左少卿阮大铖為首，他們都是經驗豐富、能力出眾的官員。
而隨同他們一同前往江南的，還有一支特殊的軍隊——近衛第1師。這支軍隊全部由皇家和勳貴子弟組成，是皇帝的親衛軍，其規模之大，令人矚目。這支超規格的師隊共有一萬五千人，而且每個士兵都身掛勳職，雖然曆經了二十餘年的滄桑，人員也換了十餘批，但在榮譽軍長朱由校親自乾預下，號稱帝國最強師的1師和2師，同為全國軍隊精英中的精英。
由於四省情報調查使司事先已經收集到了足夠充分的證據，所以當這欽差團隊抵達南京後，便立刻按照事情的輕重緩急展開了抓捕行動。
近衛第1師，這支被百姓們戲稱為“抄家專業戶”的軍隊，一到南京便迅速行動起來。他們根據欽差行轅提供的清單，分成了十幾個隊伍，分彆前往浙江、安徽、江西以及江蘇的各個州府。
在接下來的半年時間裡，一場驚心動魄的大搜捕在江南地區展開。一個以詩會友為名的叛黨複社逐漸浮出水麵。這個複社，實際上是原來東林黨的繼承者，他們企圖通過各種手段來擾亂社會秩序，對朝廷構成嚴重威脅。
而他們的觸角更是伸進了各省軍隊當中，眼見事不可為，他們鼓動了江蘇兩個營，浙江、江西一個營，安徽兩個團，並以此為骨乾迅速武裝了一支五萬餘人的叛軍。
一次簡單的抓捕居然演變成了叛亂，而且還是異常波及四省的叛亂，這是朱由校與內閣絕對意料不到的事情。
可此時大明帝國采取的是外緊內鬆策略，也就是絕大多數軍隊都布置在國境線，而內陸省份都隻有一個或者兩個由衛所兵演化，如今基本上都是訓練不充分的軍隊，其戰鬥力可想而知的低下。
所以，哪怕以他們為骨乾武裝起來的五萬大軍，撐死了也就是一支農民武裝。
不過，很快就讓朱由校詫異的是，這支叛軍很快攻占了四省武庫，將存儲在武庫的上萬支已被淘汰的火繩槍全部分發到了起義軍手中。
隨著事態不斷升級，朱由校終於沉不住氣了。
他於天啟二十三年1643年）二月，下了一份旨意給賦閒在家頤養天年的，已經七旬高齡的夏國公熊廷弼。封其為平叛總指揮，急調湘軍63、64兩個師，配合駐紮京畿地區的第8、12、15三個師，奔赴江南平叛。
三月初，吳彤帶著數百內廠特務拜訪了京城定國公府和魏國公府。隨後的幾日間，近衛第2師，被撤職、複員了兩千餘官、兵。京畿地區第11師、13師合計五千餘人被撤職、複員。淮王朱常清、益王朱慈炲被被削去王位，終身監禁於鳳陽府。數萬餘叛軍圍攻南京、揚州、杭州、南昌。湘軍通過長江水運，自鄱陽湖登陸，兩日後突然出現在南昌城外，打了圍城的上萬叛軍一個措手不及，叛軍不戰自潰，南昌解圍。
三月中旬，魏國公徐弘基、定國公徐允禎、成山侯王道寧、寧陽侯陳光裕、懷遠侯常明良、定遠侯鄧文明、武安侯鄭之俊、豐城侯李開先、定西侯蔣維恭、永康侯徐錫胤、遂安伯陳偉、誠意伯劉孔昭、襄城伯李國楨、平江伯陳治安、清平伯吳遵周、崇信伯費尚檝、惠安伯張慶臻、靖遠伯王永恩、伏羌伯毛承祚等十九位世襲勳貴全部落網。三個京營師通過海運運抵通州。
四月初，禮部左侍郎汪喬年、戶部尚書周延儒、陝西巡撫李待問、黑龍江巡撫高第、江蘇巡撫何如寵、江蘇布政使李繼貞等朝野大大小小五百餘官員，全部落網。12師擊敗了數千叛軍，揚州解圍。
四月底，分封在河南懷慶的鄭王朱翊鐸、湖北襄陽襄王朱由棟、湖北蘄州荊王朱慈煙1642年病故）三王一係全部被內衛逮捕並發配至鳳陽，由宗人府負責審理這三王的涉案情況。
圍攻南京的叛軍在城中近衛1師與增援而來的8師聯手擊敗，南京解圍。
五月初，杭州解圍。
七月，除了數股百餘人級彆的叛軍逃入深山老林、太湖、鄱陽湖藏匿外，四省叛亂基本被平定。
八月，想要為勳貴們求情的英國公張維賢，數次被朱由校拒見，最終遺憾的病死於床榻，享年七十有三。
九月，心中有愧的朱由校攜皇太子朱慈煒親臨英國公府靈堂，祭拜了這位扶持自己登基的老臣，並在靈堂待到了第二日清晨才回宮。
十月，早已臥榻數年之久的英國公世子張之級病逝。
英國公府連著三個月的兩場白事，徹底讓朱由校破防。
十一月，朱由校下旨，恩賜英國公張維賢夫婦葬入他的德陵。並於功德林周邊重建一座明初太祖朱元璋首創的功臣閣。並將張維賢的塑像，生者虛位，放在了第二十二個位置上，徐光啟的雕像被放置在了第二十三位。朱元璋時期有二十一位）
十二月，英國公世孫，年僅二十八歲的張世澤被冊封為新任英國公、太子太保、內務府龍驤商會）總管大臣。
天啟二十四年1644年）正月，五百餘各級官員在北京菜市口被淩遲處死，三百餘官員被流放至東西伯利亞，上萬家眷被流放至南洋群島。
五千餘商賈、兩千餘士紳在隨後被押解至菜市口砍頭，五萬餘家眷被流放至南洋群島。
二月，朱由校下旨，終止了讀書人所有的優待政策。
三月，下旨，自天啟二十六年1646年）開始，廢除施行了千年的科舉製度。天啟二十四年至二十五年六月前，各省、中央各部、各司、皇家銀行、內務府等各級官府、衙門必須上報需求情況，並彙總至禮部、吏部、都察院憑此來確定二十六年需要招收官員的數量，並向朝野公布，並於天啟二十六年由禮部出卷，各省學子在各省指定地點進行招聘考試。
自天啟二十九年1649）年始，三年一次的彙聚北京參加科舉考試的製度，將被改為一年一次由各省巡撫衙門自行組織招聘考試，試卷統一由禮部出卷。
自此，大明帝國科舉製度正式向現代公務員考試製度轉變，同時也為天啟十二年1632年）推出的十九年應試教育正名。
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