清溪城那場規模浩大的植樹運動，如同為這座未來的百工之都披上了一件綠色的外衣，奠定了其生機盎然的生態基底。然而，安國公張大山的目光，並未因此而停歇。他知道，一座城市的命脈，不僅在於“氣”空氣），更在於“血”水）。
若是不能從源頭上解決百工之業帶來的水源汙染問題，那麼，再茂盛的林木，也終將被毒水侵蝕，再繁榮的城市，也終將變成一座毫無生氣的死城。黑水鎮那條日益惡臭的“黑水河”，便是懸在所有人頭頂的最響亮的警鐘。
於是，在“木”之工程初具規模之後，清溪城營造總署的全部重心，便立刻轉移到了另一項更為複雜、也更具技術含量的浩大工程之上——修建一套完整的、能夠淨化全城生活與百工廢水的“活水循環係統”。
“五行之道，金生水，水養木，木淨水源。”
在營造總署的工地上，張大山指著一張結構複雜無比的、包含了無數池、渠、堰、壩的巨大工程圖紙，再次向他麾下的學子和工匠們，闡述著他那充滿了東方哲學智慧，卻又暗含著現代科學原理的“格物風水”新解。
“黑水鎮之弊，在於將百工所出之廢水，視為無用之‘死水’、‘毒水’，任其直入河道，遺禍無窮。此乃大錯特錯！”
“在我看來，水，乃生命之源，循環不息。即便被暫時汙穢，其中亦蘊含著再生的可能。我等要做的，並非是‘排’，而是‘治’，是‘導’，是效仿天地自然之法，助其洗去汙濁，重歸清澈，使其成為……可以循環往複，滋養萬物的……‘活水’！”
他的這番理論，再次讓所有人感到耳目一新。
在他們的認知裡，被染坊的染料、鐵匠鋪的鐵鏽、以及家家戶戶的穢物汙染了的水，便是有毒的、不可碰觸的“惡水”，唯有儘快將其排走，眼不見為淨。
卻從未想過，這樣的水，竟然還能……“治好”？
在眾人將信將疑的目光中，清溪城的“活水”工程，正式拉開了序幕。
第一步：規劃管網，清濁分流。
張大山做的第一件事，便是在整個清溪城的地下，規劃了一套極其複雜的、如同人體血脈般的雙軌排水係統。
一套，是“清渠”，專門用來收集雨水和來自山間的清澈溪流。這些水，將被引入專門的蓄水池，作為城市景觀和消防的補充水源。
另一套，則是“濁渠”，用特製的、接口處以桐油麻絲封堵的陶管鋪設，將城內所有規劃的民居、作坊、工坊連接起來，專門用來收集生活汙水和百工廢水。
這種“清濁分流”的理念，在這個時代，簡直是聞所未聞，甚至被許多老工匠認為是多此一舉。但在張大山的堅持下，這項奠定城市未來衛生基礎的工程，被一絲不苟地執行了下去。
第二步：三級沉濾，以“金”生水。
所有從“濁渠”中彙集而來的廢水，其第一站，並非是直接排入河流，而是流入了一片位於“百工區”下遊的、規模龐大的“淨化區”。
在這裡，張大山指揮工匠們，修建了三個巨大的、依次相連的“淨化池”。
第一個，是“沉澱池”。這是一個巨大而深邃的磚石結構水池。所有廢水流入此處後，流速會驟然變緩。那些水裡夾帶的、比重較大的固體顆粒，如泥沙、煤渣、食物殘渣等，便會因為重力作用，自然沉降到池底。池底還被設計成傾斜的漏鬥狀，便於定期清理沉澱下來的淤泥。
第二個，是“沙濾池”。從沉澱池上層流出的、相對清澈了一些的廢水，會進入這個更為精巧的池子。池底鋪設著厚厚的好幾層由粗到細的沙礫、卵石、以及煆燒過的木炭顆粒。張大山解釋道，這些沙石，其性屬“金”，其質密實，能有效過濾掉水中那些更細小的懸浮雜質。而木炭，則具有一種神奇的“吸附”之力，能將水中一些溶解的、有顏色的汙穢之物，吸附在自身無數的微小孔洞之中。
第三個，是“曝氣池”。經過沙石木炭過濾後，水質已經變得清澈了不少。但這還不夠。張大山又設計了這個帶有數道階梯狀跌水堰的淺水池。他解釋說，讓水從高處跌落，與空氣充分接觸，可以增加水中的“生氣”溶解氧），有助於分解掉水中一些看不見的、能導致水體發臭的“腐敗之氣”。
這套“三級沉濾”係統，層層遞進，環環相扣。每一步，都蘊含著張大山從《天工開物》和現代知識中提煉出的、最樸素也最有效的物理淨化原理。
第三步：師法自然，以“木”養水。
經過三級沉濾處理後的水，雖然在尋常人看來已經足夠“乾淨”了。
但在張大山的規劃中，這還隻是完成了“淨化”的一半。
他將從曝氣池流出的水，引入了一片更為廣闊的、開辟出來的……人工濕地。