天命十一年1626年），沈陽城，寒皇太極望著城樓下那些披甲帶刃的八旗貝勒，忽然意識到此時的後金，像一匹套著舊鞍的烈馬，既有踏破山河的力氣，卻缺一副能駕馭天下的韁繩
早在萬曆四十三年1615年），努爾哈赤已將部眾編為黃、白、紅、藍四旗，後又增設鑲黃、鑲白、鑲紅、鑲藍四旗，合稱“八旗”。《清史稿·兵誌》記載：“每三百人為一牛錄，五牛錄為一甲喇，五甲喇為一固山，固山即旗也。”這種源於狩獵組織的編製，戰時為兵，閒時為農，把分散的女真部凝聚在了一起。
皇太極接手時，八旗更像八個獨立王國。《清實錄》裡寫，四大貝勒代善、阿敏、莽古爾泰、皇太極）“按月分值，國中一切機務，俱令值月貝勒掌理”四大貝勒按月輪流執政，國家所有重要事務，都由當月值班的貝勒負責處理）。皇太極坐在汗位上，旁邊還得給三位兄長設座，議事時甚至要起身行禮。
要把八旗變成真正的國家機器，就得削掉貝勒們的權。天聰三年1629年），皇太極先拿鑲藍旗旗主阿敏開刀。這位貝勒在永平之戰中屠城掠財，還棄城而逃，被皇太極抓住把柄，以“心懷異誌”為由將他圈禁終身。《嘯亭雜錄》裡記了個細節：阿敏被關在高牆內，還養了一群鴨子，每日聽鴨叫解悶，直到十年後病死——這既是對跋扈者的懲戒，也是給其他旗主的警告。
接著，皇太極又將正黃旗、鑲黃旗收歸自己直轄，開創了“上三旗”鑲黃、正黃、正白）由皇帝親掌的製度。那些原本歸貝勒私有的牛錄，被重新整編，旗人對旗主的依附，逐漸轉向對汗廷的效忠。有個叫庫爾纏的鑲白旗人，原本是貝勒多爾袞的屬人，卻敢在朝堂上頂撞多爾袞，隻因他喊出一句：“吾事汗猶事爾也！”我侍奉大汗就像侍奉你一樣！）這話放在以前要掉腦袋，此時卻讓皇太極龍顏大悅。
天聰十年1636年）三月，沈陽城裡忽然多了三個新衙門，門口掛著“內國史院”“內秘書院”“內弘文院”的牌子。這便是皇太極效仿明朝內閣設立的“三院”，《清史稿·職官誌》說它們“掌記注、出納、文翰之事”負責記錄曆史、收發奏章、草擬文書等事務）。
在此之前，後金的文書往來全靠蒙古文和滿文，連給明朝寫國書都得找漢人秀才代筆。有次袁崇煥給努爾哈赤寫回信，故意用漢文夾雜俚語，氣得努爾哈赤摔了信：“這南蠻子是在罵我不懂文墨！”皇太極深知，要成大業，不能光靠刀槍，還要熟悉漢族文化。他重用範文程、寧完我等漢人謀士，讓他們在三院裡翻譯儒家經典，給貝勒們講《論語》，《孟子》。
內國史院的大學士剛林，原是個隻會打獵的女真漢子，被皇太極逼著學漢字。有天他給皇太極講《資治通鑒》，講到唐太宗納諫，忽然拍著大腿說：“汗王您設三院，不就像唐太宗設諫官嗎？以後誰再敢像阿敏那樣胡鬨，咱就把他寫進史書裡，讓他祖宗都蒙羞！”皇太極聽了大笑，當即賞了他一件蟒紋袍。
以前貝勒們議事，拍板全憑口頭約定，現在得由秘書院寫成文書，蓋上“天聰汗之印”才算數。有次正紅旗旗主代善想把自己的牧場換給兒子，文書遞到內秘書院，被範文程打了回來：“旗地乃國家根本，豈能私相授受？”代善氣得要拔劍，卻被皇太極按住：“範先生說的是，以後這事得經三院議過才行。”
內弘文院則像所皇家學校，不僅教皇子讀書，還負責給旗人子弟開蒙。有個叫索尼的侍衛，在弘文院聽了《論語》“其身正，不令而行”，回去就把自己搶占的漢人田產還給了原主。這些細微的變化，像春雨潤田般改變著後金——那個靠搶掠為生的部落聯盟，正慢慢學會用製度治理天下。
三院裡的漢人謀士的仕途也不是一帆風順。寧完我曾因賭博被革職，後來皇太極又把他召回，說：“你知錯能改，比那些隻會說漂亮話的強。”寧完我感動得涕淚橫流，回去寫了篇《請設六部疏》，建議仿明朝設吏、戶、禮、兵、刑、工六部，與三院相輔相成。這疏奏遞上去那天，範文程在三院門口放了掛鞭炮，說：“咱這是要把明漢的朝堂，搬到咱女真的地盤上了。”
有次皇太極去內弘文院視察，見幾個滿漢學士在爭論“夷夏之防”。漢人學士說：“自古隻有夏變夷，沒聽說夷變夏。”滿學士不服：“咱現在用三院，行仁政，怎麼就不能變？”皇太極笑著說：“管他夏還是夷，能讓百姓過好日子，就是好製度。”他讓人端來剛收的新米，給每人盛了一碗：“這米是漢人教我們種的，用八旗的牛耕種的，盛在三院學士們寫的賬本裡——你們說，這米算夏還是算夷？”
天聰十年四月，皇太極在三院大臣和八旗貝勒的擁戴下，改國號為“清”，改元崇德。登基那天，他穿著融合滿漢風格的龍袍，先按女真舊俗祭了天地，又按漢家禮儀宣讀了由內秘書院草擬的詔書。詔書上說：“我國建號大清，改元崇德，蓋欲紹隆統緒，恢弘基業。”我國改國號為大清，改年號為崇德，是希望繼承發揚曆代統緒，開創宏大的基業。）
站在丹陛之上，皇太極望著階下那些既會騎馬射箭，又能提筆寫字的臣子，忽然想起父親努爾哈赤的話：“咱女真人生來是狼，得學羊吃草，才能活得長久。”如今，這頭狼不僅學會了吃草，還給自己搭了個既能擋風遮雨，又能了望遠方的窩棚——那便是三院與八旗共同撐起的大清骨架。
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