此時的隆武政權唐王朱津鍵，和寶島的獨立政權鄭之龍由於雙方在共同防禦上各執一詞，互不相讓，加上鄭之龍認為自己有強大的水師力量，並不需要依靠隆武政權幫助，於是雙方的合作抗清計劃徹底的宣告失敗，朱津鍵又氣又急，卻也無可奈何。而就在雙方鬨掰不久，清軍得知了他們合作破裂的消息，立刻調遣精銳水師，直撲寶島。鄭之龍起初還自信滿滿，以為憑自己的水師能輕鬆抵禦。然而，清軍此次不但帶來了新式武器，戰術也十分靈活。戰鬥打響後，鄭之龍的水師很快陷入了被動，損失慘重。此時鄭之龍才意識到自己的自大是多麼愚蠢，急忙派人向朱津鍵求救。朱津鍵雖對鄭之龍之前的態度不滿，但大敵當前，也顧不上計較前嫌，迅速調派陸軍和部分水師前去支援。在隆武政權的援助下，雙方重新聯手，共同製定戰術。一番苦戰之後，終於擊退了清軍的進攻。經此一役，鄭之龍收起了傲慢，朱津鍵也不再計較過往，雙方決定真正攜手合作，共同抗清。
隆武政權建立後，定都福建.福州天興府，兩大政權隔海相望，互為犄角，平時互相幫助，共同抵禦清兵入侵。
然而令鄭之龍沒有想到的是其手下的四大將領拒絕聽從鄭之龍的指揮，其理由是隆武政權極其不穩定，這樣的合作隻會徹底的拖垮鄭氏集團的寶島防禦係統，到時候就會一敗塗地，淪為滿清韃子的奴隸，因此多次向鄭之龍逼宮，不得已鄭之龍隻好中斷了和隆武政權的所有合作。
此時清兵抓住了這一機遇，再次派出了鼇拜和蘇克薩哈兩人兵分兩路分彆進攻隆武政權和寶島鄭之龍政權，在失去了鄭之龍的援助後，在清兵強大的進攻下，隆武政權很快就土崩瓦解，同時在清兵強大水軍進攻下，鄭之龍由於準備不足，加之倉惶應戰，一下子損失數萬精銳，隻得退出太平洋寶島海峽，退回赤坎城堅守陣地，鄭之龍在赤坎城內焦急萬分，他深知如今形勢危急，自己手下四大將領的短視讓局麵陷入絕境。而鼇拜和蘇克薩哈攻勢愈發猛烈，赤坎城被圍得水泄不通。就在鄭之龍感到絕望之時，一個神秘人突然出現在他麵前。此人自稱來自寶島阿裡神山修行者，知曉抗清的關鍵。他告訴鄭之龍，隆武政權雖已瓦解，但仍有殘餘勢力隱藏在山林之中，若能聯合他們，再利用未來的一些戰術和武器知識，或許能扭轉戰局。鄭之龍起初半信半疑，但眼下也沒有更好的辦法，隻能死馬當作活馬醫。於是，他派人秘密聯絡隆武政權的殘餘力量，同時依照神秘人的指點改造武器、調整戰術。當清軍再次發起進攻時，鄭之龍帶領著重新集結的力量奮勇抵抗，竟漸漸穩住了陣腳。
與此同時，清王朝也明白，寶島不是那麼容易收服的，加之隔著數十公裡的茫茫寶島海峽天險，何況此處海峽十分複雜，經常出現十級以上的強烈颶風，最佳進攻時間也就隻有寒冬十一月份到第二年了五月份左右，清兵無法，隻得暫時放棄收複寶島。
然而，神秘人突然消失了。鄭之龍心中有些不安，可戰鬥還在繼續，容不得他多想。就在局勢稍有緩和時，內部又出了問題。隆武政權的殘餘勢力中，有人對鄭之龍心懷不滿，認為他之前的決策導致了合作破裂和隆武政權的瓦解，企圖暗中破壞聯合抗清的計劃。他們與清軍勾結，準備在關鍵時刻倒戈。清軍得知這個消息後，再次蠢蠢欲動，打算趁著鄭之龍內部不穩時發動總攻。鄭之龍很快察覺到了內部的異樣，他當機立斷，先穩住隆武殘餘勢力中的忠誠力量，然後迅速肅清了內奸。經過這場風波，聯合陣營更加團結。而此時，天氣逐漸轉涼，又到了適合清軍進攻的時節。但鄭之龍早有準備，憑借著改造後的武器和新戰術，嚴陣以待。當清軍水師再次出現在海峽時，迎接他們的是一場更為激烈的反擊……
此時的大清王朝為了彰顯自己的合法統製，同時也為自己統治中原樹立長久的震懾力量，於是在始祖努爾哈赤提出的八旗製度下由順治皇帝和孝莊太後共同實施了完善的八旗製度，其中包括正黃旗、正白旗、正紅旗、正藍旗、鑲黃旗、鑲紅旗、鑲藍旗。在此基礎上細分為上四旗和下四旗，同時也叫：
正四旗：純色旗幟，包括正黃旗、正紅旗、正藍旗。
鑲四旗：在原色旗幟邊緣鑲其他顏色黃旗為黃色旗，包括鑲黃旗、鑲紅旗、鑲藍旗。其中以正黃旗為最尊貴，依次為正紅旗、正白旗，地位最低的就是鑲藍旗。
滿清愛新覺羅氏和皇族子弟都歸納為正黃旗和正紅旗，其它的異族官員和漢族官員大多數隻能擁有鑲藍旗……清軍此次進攻，還帶來了西洋傳教士所造的新式火炮。炮火轟鳴，鄭之龍一方的防線岌岌可危。就在眾人以為大勢已去時，神秘人竟再度現身。他帶來了更先進的火器圖紙，指導眾人改造出能與之抗衡的武器。同時，神秘人還指出清軍水師的布陣弱點，建議鄭之龍采用火攻戰術。鄭之龍依計行事，趁著夜色，派出小船裝滿易燃物，借著風勢衝向清軍水師。刹那間，清軍戰船燃起熊熊大火，混亂不堪。鄭之龍抓住時機，率艦隊全麵出擊。清軍被打得節節敗退，損失慘重，不得不再次撤回。經此一役，鄭之龍對神秘人更加信賴。而清王朝也意識到，想要收複寶島，必須另謀良策。雙方陷入了新一輪的對峙，而神秘人的身份，也愈發成謎，仿佛背後隱藏著更大的秘密。
此時中原地區，清軍原先派出的四大漢族將領，在眾多的反清勢力長久的消耗之下也是強弩之末，加入清王朝製定的八旗製度徹底的激怒了中原數千萬的漢族同胞，使得反清複明勢力也更加的壯大和堅定，在中原反清複明勢力日益壯大之時，鄭之龍在寶島也沒閒著。他一邊讓士兵加緊訓練新戰術，一邊命工匠按照神秘人的圖紙製造更多先進火器。而神秘人雖未說明自己的來曆，但每次都在關鍵時刻出現，讓鄭之龍愈發好奇。
與此同時，清王朝內部也出現了分歧。部分大臣認為應集中兵力先平定中原的反清勢力，再圖謀寶島；而另一部分則堅持先拿下寶島，以絕後患。順治皇帝和孝莊太後為此多次商議，始終難以抉擇。
就在雙方僵持不下時，神秘人竟主動找到鄭之龍，告知他清軍內部的矛盾，並建議他聯合中原的反清勢力，共同對清軍發起全麵反擊。鄭之龍聽後，覺得此計可行，於是立刻派人聯絡中原的各路反清義軍。一場關乎天下局勢的大戰，即將拉開帷幕……
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