此時中原大地在隆武政權覆滅之後，在江浙中心地區和閩南沿海地區再次建立了一個政權，魯王朱以海以浙江臨安為中心建立了一個新的政權——由於其並沒有正式稱帝，遂以“魯王監國”為號，同時攏絡了隆武政權殘餘勢力以臨安為政治中心，繼續抗擊清兵，魯王監國政權初立，百廢待興。朝堂之上，大臣們爭論不休，一派主張全力北伐，收複失地；另一派則認為應先鞏固後方，積蓄力量。魯王朱以海在兩者間猶豫不決。與此同時，清兵並未給他們太多喘息之機，一支精銳的清軍正悄然南下，目標直指臨安。這日，探馬來報，清軍已至邊境。朱以海大驚，急忙召集眾臣商議對策。就在此時，一位神秘的道士求見，稱能助魯王破敵。朱以海半信半疑地召見了他。道士獻上一計，竟是利用當地的特殊地形和即將到來的暴雨天氣，設下陷阱伏擊清軍。朱以海權衡再三，決定一試。數日後，清軍踏入了魯王軍隊的包圍圈，暴雨傾盆而下，清軍陷入混亂，魯王軍隊趁機出擊，大獲全勝。此役過後，魯王監國政權士氣大振，開始謀劃更為長遠的抗清大計……
嶺南百越大地，古城廣州，唐王朱津鍵之弟朱津傲在隆武政權滅亡時，倉皇出逃至百越大地嶺南古城廣州，並在此也建立了一個政權，史稱“紹武政權”並以廣州為都城，然而剛愎自用的朱津傲狂妄自大，與魯王監國政權和後來的南明永曆政權相互對抗，就在紹武政權內部還在為權力爭鬥不休時，清軍的探子早已將其內部情況摸得一清二楚。一支清軍精銳部隊在將領的帶領下，悄然逼近廣州。紹武政權的哨兵卻絲毫未察覺危險的降臨。
與此同時，魯王監國政權得知了紹武政權麵臨的危機，朝堂上再次引發激烈爭論。一部分大臣認為紹武政權狂妄自大，與己方為敵，不應救援；另一部分則覺得唇亡齒寒，應摒棄前嫌共同抗清。朱以海再次陷入抉擇。最終，他決定派出一支小股部隊前去偵查情況，以便相機行事。
而廣州城內，朱津傲還沉浸在自己的“皇帝美夢”中，對即將到來的災難渾然不覺。清軍趁著夜色，突然發動攻擊，紹武政權的軍隊倉促應戰，頓時陷入混亂。就在局勢岌岌可危之時，魯王派來的偵察部隊趕到，雖人數不多，但給紹武軍隊帶來了一絲希望……
此時的大清王朝麵對著中原反清勢力的強大也是舉棋不定，於是四大輔政大臣在次建議孝莊太後和順治皇帝以靜製動，暫且部分撤兵，修養生息，發展經濟以安定民生！
順治皇帝一聽大聲道：“四大輔政大臣提出的方案正合朕意，年年長久征戰，我大清國庫遲早也會耗儘”孝莊太後也點頭讚同，當下便擬旨部分撤兵。這消息傳至南方各抗清政權處，魯王監國政權和紹武政權都鬆了口氣。朱以海與朱津傲竟罕見地達成共識，雙方決定摒棄前嫌，聯合起來對抗清軍。他們派使者頻繁往來，商議共同抗清的策略。
而此時，清軍雖部分撤兵，但仍有少量部隊駐守在戰略要地。魯王和紹武政權的聯軍經過精心籌備，決定先對這些駐守部隊發動小規模的試探性攻擊。聯軍士氣高昂，趁著夜色向清軍營地進發。然而，清軍早有防備，雙方陷入了一場激烈的戰鬥。戰場上硝煙彌漫，喊殺聲震耳欲聾。魯王和紹武政權的聯軍能否在這場戰鬥中取得勝利，又能否借此機會擴大戰果。
然而倉促成立的紹武政權在廣州南沙.伶仃洋半島駐紮的清水水師的攻擊之下很快就攻破了廣州城的防線，絕望的朱津傲在白雲山頂自殺身亡，成立不到四十來天的紹武政權就宣告滅亡。
此時遠在南京應天府的弘光政權朱由崧雖然逐漸的衰落，但民族英雄史可法遠離中原，經過長達十數年的休養，逐漸變得強大起來，揚州城防和軍隊也越發堅不可摧。
同時在西南五省另一個強大的南明永曆政權也宣告建立，魯王監國看到了永曆政權的強大，第一個表示擁護和投靠，永曆帝欣然接納魯王監國政權，將其勢力納入麾下，南明抗清力量得以進一步整合。史可法得知消息後，也派出使者與永曆政權聯係，表達合作抗清之意。永曆帝大喜，遂邀請史可法前往西南共商大計。史可法權衡利弊後，留下部分兵力駐守揚州，自己則率精銳部隊奔赴西南。與此同時，清軍雖部分撤兵，但並未放棄對南明政權的圍剿。他們暗中調兵遣將，準備對永曆政權發動新一輪的攻擊。永曆政權內部，各方勢力正在為如何應對清軍的進攻而爭論不休。就在此時，神秘道士再次出現，他帶來了一個驚人的消息：清軍後方出現了不穩定因素，有一股神秘力量正在暗中策動叛亂。永曆帝等人看到了轉機，決定聯合各方力量，裡應外合，對清軍發動一場大規模的反擊戰，一場決定南明命運的大戰即將拉開帷幕……
同一時間中原的反清勢力也越發壯大，在“光複盟”和洪門天地會、哥老會的正確領導下，開始進行了強有力的反抗大清王朝，一時間“反清複明、將滿清韃子”趕出中原的口號響徹整個中原大地，永曆帝迅速召集各方將領，製定作戰計劃。史可法提出應先派精銳潛入清軍後方，與那神秘力量取得聯係，擾亂清軍部署。魯王監國則建議正麵戰場加大攻勢，吸引清軍注意力。永曆帝綜合眾人意見，兵分兩路展開行動。
潛入清軍後方的部隊順利與神秘力量會合，他們四處破壞清軍糧草輜重，燒毀營帳，清軍頓時大亂。而正麵戰場，南明聯軍士氣高昂，如猛虎下山般衝向清軍陣營。清軍腹背受敵，節節敗退。
就在南明軍隊即將取得重大勝利之時，神秘力量突然倒戈，與清軍聯合起來夾擊南明聯軍。原來這神秘力量是清軍設下的圈套，故意放出消息引南明上鉤。南明軍隊陷入絕境，一場危機正悄然降臨，反清大業再次蒙上了一層陰影。
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