此時的永曆政權算得上是大明王朝南明後裔最後的一個政權，同時也是南明存在得最久的一個政權，南明雖然擁有二十五萬強大軍隊，然而內部也是矛盾重重，最主要的還是成立得匆忙，沒有強大的經濟基礎。
南明雖然擁有為數不少的猛將，但最要命的是國庫空虛，糧草和軍餉嚴重不足，這就見接的削弱了整個軍隊的作戰能力，俗話說糧是軍中膽，將是軍中威，凡行軍打仗糧草先行，就在這關鍵時刻，前線傳來急報，清軍正集結重兵，準備向南明發起新一輪大規模進攻。永曆帝心急如焚，急忙召集眾臣商議對策。朝堂之上，眾人各執一詞，有的主張堅守城池，等待時機；有的提議主動出擊，打亂清軍部署。可無論哪種方案，都繞不開糧草和軍餉的難題。就在大家一籌莫展之時，一位年輕謀士站了出來，他獻上一計：聯合周邊一些尚未被清軍完全控製的反清勢力，以利益相誘，換取他們的糧草支持。同時，在國內開展募捐活動，號召富戶們為國出力。永曆帝權衡再三，覺得此計可行，便立刻派人去落實。然而，這一切能否順利實施，能否解南明的燃眉之急。
這一切看似可行，然而反清勢力本就屬於民間組織和貧苦百姓，哪有那麼多物質捐拯，就算是鄉紳富戶也是杯水車薪，加之清兵采取的是分化攻擊的策略，擊中兵力攻擊一點，最終導致南明萬曆政權極不穩定，各個將領之間都疲於奔命，沒能騰出多餘的兵力互相幫助，經常是一個地方剛建立，沒幾天就被清軍攻破，然後永曆帝朱由榔和眾大臣隻得尋找下一個都城，從最初的廣州城稱帝，然後再到桂林，沒幾天又不得不放棄桂林，再到湖南的衡陽，如此周而複始，朱由榔跟眾大臣都疲憊不堪，正當眾人絕望之際，突然有密探來報，在西南深山之中，有一股神秘力量，據說他們擁有無儘的財富和糧草，且一直秉持反清複明之誌。永曆帝聽聞，仿佛抓住了最後一根救命稻草，立刻派那年輕謀士前去探尋。謀士曆經艱難險阻，終於找到了這股神秘力量的所在。原來，這是一群隱居多年的武林高手，他們不滿清朝統治，一直在暗中積蓄力量。謀士表明來意後，首領沉吟片刻，提出若南明能承諾日後建立一個公平公正的新王朝，他們願傾囊相助。謀士快馬加鞭趕回朝廷稟報。永曆帝大喜，當即許下承諾。神秘力量迅速送來大批糧草和軍餉，南明軍隊士氣大振。在接下來與清軍的對抗中，南明軍隊憑借充足的物資和高昂的士氣，打了幾場漂亮的勝仗，暫時穩住了局勢……
四百多年前，南宋朝廷，也是這樣被強大的元朝追得滿世界的跑，就如過街老鼠般過著慘無人道的生活，疲於奔命間丟盔棄甲，傷亡慘重，最終逃亡南蠻之地嶺南雷州半島，崖山一戰南宋就此覆滅，如今南明悲劇再次重演。清軍就如狗皮膏藥一樣怎麼也甩不掉，就在南明局勢稍有好轉之時，清軍那邊也察覺到了南明的變化。他們派出細作混入南明內部，四處散布謠言，說神秘力量此舉是另有圖謀，是想控製南明政權。這謠言一傳十、十傳百，朝堂上又開始人心惶惶。一些大臣開始懷疑神秘力量的動機，甚至要求與神秘力量劃清界限。永曆帝也開始動搖，對之前的決策產生了懷疑。而此時，清軍加大了攻勢，南明軍隊剛剛恢複的士氣又開始有些低落。神秘力量得知朝堂上的謠言後，首領十分憤怒，但為了大局著想，還是決定先按兵不動。然而，內部的猜疑卻如一顆毒瘤般不斷擴散，南明又一次陷入了內憂外患的困境，永曆帝和眾大臣再次陷入了艱難的抉擇，不知這一次，南明是否還能像上次一樣，找到化解危機的辦法。
南明永曆政權一路向西南的雲貴川逃竄，然而清軍早有準備，先一步派出了鎮南王吳三桂駐守昆明，基本上控製了雲南全境；忠義王洪承疇則駐守西京成都也控製了四川大部，孝義王祖大壽則控製了貴陽和貴州大部。
此時的李定國、鄭之龍、焦璉、劉文秀等人由於後勤保障困難也被清王朝的鼇拜、耿精忠和尚可喜等人打得大敗，一路西退，傷亡慘重。
走投無路的永曆帝隻得帶著文武百官依靠鄭之龍的水師力量庇護下取道太平洋經南越國的湄公河逃到了緬甸國暫時棲身寄人籬下，然而，緬甸國王雖表麵上接納了永曆帝一行，但實則心懷鬼胎。他想利用永曆帝來製衡清朝，獲取更多利益。而清朝得知永曆帝逃到緬甸後，立刻向緬甸施壓，要求其交出永曆帝。緬甸國王陷入兩難境地，開始對永曆帝等人的態度變得冷淡和惡劣。
與此同時，南明內部依然矛盾不斷。一些大臣認為應該設法聯絡國內殘餘的反清勢力，尋找機會複國；而另一些大臣則覺得寄人籬下，不如向清朝投降以保性命。永曆帝心力交瘁，卻無力阻止這些爭吵。
就在此時，緬甸國內發生了叛亂，新上台的國王為了討好清朝，決定將永曆帝獻給清軍吳三桂，同時誅殺了永曆政權四十多位大臣。永曆帝得知消息後，萬念俱灰。在被押解回昆明的途中，他望著曾經的山河，淚流滿麵，心中充滿了悔恨與無奈，不知自己的命運最終會走向何方——
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很快在昆明吳三桂行營大帳內，吳三桂看著昔日的大明王朝，在看著如今落得山窮水儘的永曆帝朱由榔，同時為了向大清表忠心，於是毫無廉恥的問道：“永曆帝朱由榔，你可知罪！”
永曆帝憤怒的吼道：“吳三桂，你曾經是我大明王朝之臣，如今為了賣主求榮，投靠了滿清賊子，若乾年後，你對得起你的列祖列宗嗎？你將永遠都是曆史的罪過人！”
於是吳三桂大怒道：“來人將朱由榔父子用弓弦勒死，”昆明城一處郊外，統治了十六年的永曆帝竟然落得如此悲慘的下場，此後此處改名為“逼死坡”大明王朝就此覆滅；天意如此，誰也無法改變，滿清入主中原更進了一步，然而，就在永曆帝被勒死的那一刻，一道神秘的光芒突然籠罩了他的屍體。光芒消散後，永曆帝竟複活了過來，而且身上散發著奇異的力量。原來，在西南深山的那股神秘力量，為了延續反清複明的希望，暗中施展了禁術，將一股神秘能量注入到永曆帝體內。
永曆政權殘餘勢力最終投靠了寶島鄭之龍勢力，永曆帝複活後，他不再是那個軟弱無能的帝王。他將轉世為鄭之龍之侄，鄭成功之後，延平王鄭經，繼續召集那些忠心於大明的舊部，重新凝聚起力量。而此時，吳三桂因為殺害永曆帝，在民間引起了極大的憤慨，他的軍隊中也開始出現了動搖。
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