此時的滿清王朝，已經基本上蕭清了中原的正規軍反抗力量，剩下的都是一些散兵遊勇以及民間的反清力量，如今的清王朝對這些力量絲毫不在意，充其量就是不如流的勢力，清王朝也不用刻意在興師動眾的去圍剿，時間一久這些力量自然就會瓦解，如今留下這些力量也可以相互製衡。
於是順治皇帝和孝莊太後大手一揮說道：“終於等到了這一天，如今就是我大清王朝入主中原的時候到了，”於是率領所有的八旗子弟浩浩蕩蕩的從盛京出發前往北京皇城，隊伍行進途中，突然天空陰雲密布，狂風大作。順治帝和孝莊太後心中一驚，還未等他們反應過來，前方竟憑空出現一道巨大的裂縫，從中湧出無數奇異生物。這些生物形態各異，有的似獅身鷹頭，有的如蛇身魚尾，所到之處，塵土飛揚，慘叫連連。八旗子弟們雖驍勇善戰，但麵對如此詭異的敵人，一時間也亂了陣腳。順治帝急忙下令穩住陣腳，組織抵抗。然而，這些奇異生物攻勢猛烈，八旗子弟傷亡慘重。孝莊太後眉頭緊皺，心中暗忖：難道這是上天對大清的警示？就在局勢危急之時，一位神秘道人現身，他手持拂塵，口中念念有詞，奇異生物竟漸漸退去。道人告訴順治帝，此乃天地異動，若大清想要長治久安，需善待百姓，不可肆意殺戮。順治帝和孝莊太後趕忙謝過道長，隨後整頓隊伍，繼續向北京進發，心中也多了幾分對未來的憂慮。
很快大清王朝就來到了北京皇城，此時的皇城早已經是斷壁殘垣，經過連番的大戰和李自成大順軍的連番掠奪，於是孝莊太後和順治皇帝同時下令向全國出榜安民，並安排四大輔政大臣從國庫撥出大量庫銀安置無家可歸和受到戰爭影響的無數黎明百姓。同時加緊修繕北京皇城的古城建築。
入主皇城半年後，順治皇帝和其寵妃鄂貴妃同時得了一場天花瘟疫，此瘟疫病情嚴重，無藥可救，順治皇帝和鄂貴妃危在旦夕，皇城內的所有太醫束手無策，整個大清王朝陷入了一場舉大的恐懼中，孝莊太後無法隻得乞求上蒼保佑，並承諾善待中原的漢族所有同胞，然而沒有任何作用。很快鄂貴妃和順治皇帝先後病逝，朝廷上下一片悲戚。就在眾人絕望之時，曾出現過的神秘道人再度現身。他稱自己算出順治帝與鄂貴妃命不該絕，隻是被一股神秘力量牽引，沾染了不該有的劫數。道人拿出兩枚散發奇異光芒的丹藥，讓孝莊太後分彆喂給順治帝和鄂貴妃。說來也奇，二人服下丹藥後，竟奇跡般地好轉起來。
順治帝病愈後，想起道人之前的告誡，深知大清要想穩固統治，必須順應民意。他開始推行一係列改革措施，重用漢臣，減輕百姓賦稅，促進滿漢融合。同時，他也派人暗中調查那股神秘力量的來源，試圖解開天地異動和這場瘟疫背後的謎團。孝莊太後也全力支持順治帝的改革，大清王朝在經曆這場危機後，似乎迎來了新的轉機，但前方是否還有未知的挑戰，誰也無法預料。
順治皇帝和鄂貴妃病愈後，性情大變，變得沉默寡言，整天渾渾噩噩，順治皇帝整天都被噩夢驚醒，夢裡見到的都是屍山血海，成千上萬的冤魂向其索命，怨魂向順治皇帝說道：“你大清王朝殺生太多想要得到上天的恩賜，隻有出家！”
第二天順治皇帝無心上朝，一心吵著要出家為僧，孝莊太後也吃驚不已，無論她如何勸說，順治皇帝都要出家，連四大輔政大臣跪下乞求也沒用。
孝莊太後無法，隻得同意順治皇帝出家，連鄂貴妃也要一同前往，於是順治皇帝前往太華山保國寺出家了……
同一年，公元1661年，年僅八歲的愛新覺羅.玄燁登基為帝，改元康熙，廟號清聖祖，由於其年僅八歲，無法親政，由孝莊太後指定索尼、蘇克薩哈、鼇拜、遏必隆四位重臣為輔政大臣。
此時的大清王朝基本上統製了中原，剩下的反抗勢力洪門天地會和哥老會隻得轉入地下，暗中破壞大清王朝的一些軍營和地方力量。
年輕的康熙皇帝，天資聰明，乃整個華夏少有的天才帝王，四書五經，治國安邦，幾乎過目不忘，然而，朝堂之上並不平靜。鼇拜自恃功高，在四位輔政大臣中逐漸獨攬大權，行事愈發跋扈，不把年幼的康熙放在眼裡。他結黨營私，肆意打壓異己，蘇克薩哈因與其政見不合，竟被他羅織罪名處死。
康熙看在眼裡，急在心頭，表麵上卻不動聲色。他暗中挑選了一批身強力壯的親貴子弟，在宮中整日練習布庫摔跤），裝作少年遊戲，實則是為了訓練自己的親信力量。
與此同時，天地會和哥老會也在加緊謀劃，企圖趁著朝廷內部動蕩，發動大規模的起義。他們四處聯絡江湖豪傑，積蓄力量，準備給大清王朝致命一擊。
而遠在太華山保國寺的順治皇帝，雖已出家，卻也心係天下。他時常在禪房內為大清的國運默默祈禱，同時也在思考著如何化解這重重危機。一場激烈的權力鬥爭與江湖風雲，即將在這看似平靜的大清王朝中掀起驚濤駭浪。
孝莊太後作為大清王朝少有的女強人，看著少年有為的孫兒康熙也倍感欣慰，忍不住涕淚橫流的歎道：“想我孝莊自皇太極時期由蒙古部和入主大清王朝，我一生中最大的功績就是輔助了大清兩個帝王——一個六歲登基、一個八歲登基！”
此時遠在雲南的吳三桂自從殺害了南明永曆帝後，內心倍受良心的煎熬，同時耿精忠和尚可喜也自良心不安，遠在寶島的鄭之龍也沒有閒著，他聯合天地會和哥老會，準備共同反抗清朝統治。他派人秘密聯絡吳三桂、耿精忠和尚可喜，勸說他們一同舉事。吳三桂等人本就對清朝心懷不滿，加上內心的愧疚，經過一番權衡，竟決定響應鄭之龍。與此同時，鼇拜察覺到了康熙的小動作，他決定先下手為強，打算在一次宮廷宴會上除掉康熙。然而，康熙早有防備，他讓那些練習布庫的親貴子弟埋伏在四周。宴會上，鼇拜剛要動手，那些少年一擁而上，憑借著平日裡的訓練，竟將鼇拜製服。康熙成功奪回大權，開始正式親政。此時，吳三桂等人的叛亂消息傳來，康熙臨危不亂，他迅速調兵遣將，準備應對這場危機。而遠在太華山的順治皇帝得知此事後，決定下山相助。他以高僧的身份遊走各方，試圖化解這場紛爭。一場關乎大清命運的大戰，再次迎來變故——
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