朝廷派遣公卿“國司”），由京都朝廷直接任命公卿或親近朝廷的武士文官擔任，常駐各藩主城。
其擁有兩項核心權力。
財政監察權，領地的年貢征收、倉庫管理、財政收支，必須由“國司”或其下屬官吏主導或監督。藩主無權私自決定重大財政支出和稅率調整。賦稅收入按比例上繳京都“王土奉行所”。
中下層官吏任命與監察權，領地內郡代、代官等中層行政官吏的任免，需經“國司”審核批準或直接由“國司”推薦任命。國司有權監察所有官吏行為，直接向京都朝廷彙報。
此舉如同在武家大名的心臟地帶插入了一根由中央控製的導管。
它極大地削弱了大名對領地經濟命脈和人事組織的絕對控製權，使其無法再像幕府時代那樣，成為完全獨立的“國中之國”。
大名保留了體麵和軍事力量，但核心權力被分割、製約。
公卿集團則借此獲得了前所未有的、深入到地方基層的實權，極大地提升了其地位和影響力，也使其利益與中央政權高度綁定。
這套製度，有效地將潛在的割據風險扼殺在萌芽狀態，確保了新政權對全國的基本控製力，同時避免了過於激烈的中央集權可能引發的全麵反彈。
魏淵站在京都新建的“天朝上使府”的高台上，俯瞰著這座象征著新時代起點的古都。
關原的血腥已成往事，德川的落日已然沉沒。
他通過精妙的權術、雷霆的手段和超越時代的製度設計，將一個即將陷入混亂的日本，強行納入了他規劃的軌道之中。
分裂被控製，秩序得以重建，天皇被高高供奉，公卿得到實權，武家被分化製約。
一個以他為實際掌控者、表麵尊奉天皇、實行“王政複古”與“公武共治”的新日本，已然誕生，這個政權由於內部複雜的分散勢力，將在表麵上維持一個相對平衡的狀態。
隨著“王政複古”與“公武共治”的深入推行，日本的政治版圖在魏淵的鐵腕與智慧下被重新塑形。
為了平衡各方勢力，凝聚核心力量，並建立一套相對穩定的決策機製，魏淵在京都召集重臣與新貴，頒布了最終的頂層架構。
魏淵欽定九位領地在百萬石及以上的頂級大名為“九大老”，組成一個類似後世元老院的最高谘議機構。
他們代表著日本武家的核心力量，擁有對涉及國家根本，如對外宣戰媾和、重大律法修訂、天皇繼承等事務的投票權，最終決定權需天皇禦準。
入選者及其石高如下：
德川家三河藩主），領岡崎城及三河故地核心，110萬石，作為大政奉還的象征性安撫與舊勢力的代表。
織田家尾張藩主），領清州城及尾張要地，100萬石。王政複古的旗幟與精神象征。
鬆浦家北九州藩主），領平戶、唐津及北九州戰略要地，掌控對明、對朝貿易門戶，140萬石，魏淵嫡係，海權核心。
細川家關東藩主），轉封至原德川根基江戶城及關東平原精華地帶，130萬石，監視東北，鎮守關東，魏淵陸權柱石。
伊達家陸奧藩主），保有仙台及陸奧大部，並加封原會津部分領地，105萬石，東北屏障，實力雄厚。
毛利家周防長門藩主），獲封其祖地周防、長門大部，120萬石，西國名門代表。
有馬家紀伊藩主），被轉封至紀伊國，原德川禦三家之一紀州德川領地，領和歌山城及紀伊富庶之地，118萬石。有馬義次是魏淵一手提拔的自己人，忠誠度極高。
前田家加賀藩主），保留其加賀根基金澤城），但石高被重新核定，100萬石。雖在關原曖昧，但實力猶存，納入體係以安北陸。
田川七左衛門常陸藩主），鄭森之弟，因鄭森功勳卓著且需平衡關東，特賜常陸國水戶以北）大片土地，築新府城，150萬石，代表新興勢力與大明背景。
九大老石高總計近千萬石，雖非絕對均等，但形成了相互牽製、各有側重的格局，共同拱衛京都王權。
為處理國家日常政務、執行天皇意誌、協調“公武共治”，魏淵設立了更具實權的“七人議會”，相當於後世的內閣。
首席議政，三條晴川京都公卿），代表朝廷與公卿集團，象征“王政複古”的權威，負責禮儀、文教、部分財政審計。
海防商貿議政，鬆浦忠明原商人鬆浦善衛門），主導對外貿易，尤其是對大明的外貿生意。
關東鎮守議政，細川尚興，負責關東防務、協調東北事務，代表強大武家勢力。
畿內王土議政，有馬義次，負責協調京都王土周邊近畿）事務，監督王土奉行所運作。
宗教外交通商議政，天草四郎時貞，負責管理基督教事務、協調與南蠻葡、西）、紅毛荷）關係，兼管部分新興工坊。
財政監察議政，鬆浦英介，憑借其貿易網絡與金融能力，負責國家財政預算、稅收統籌及對各藩“國司”的財政監察。
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天皇特使議政，近衛信尋，常駐議會，代表天皇聽取彙報，傳達禦意，確保議會決策符合皇室根本利益。