大會十分順利的完畢，在會議結束之後，周亦雲開始了日共改造計劃，首先從組織架構鑒於現在組織人員較少，周亦雲，野阪參三和佐野學組成的中央常務委員會進行工作，在確定武裝反抗與地下鬥爭方針之後
周亦雲對著野阪參三和佐野學強調：“黨應當發動在日本和紅色聯盟的黨員回到群眾中去，組織秘密的革命支部，在去除從教條主義之後，我們要重新走上革命的大道”。
在日本反動派十分強大的基礎上，全黨將全部轉入地下進行鬥爭，為了適應需將組織進行調整在莫斯科的日共中央機關將由莫斯科遷移到符拉迪沃斯托克，建立秘密的情報，軍事工作機關，現存的日共的黨員全部轉入地下重新建立建立嚴密的秘密交通網和聯絡係統，在周亦雲的邀請下林娥化名山本雲子負責組建情報工作，由於黨經常被叛徒出賣與特務破壞，日本政府情報人員、黑澀會勢力滲透到內部，讓叛徒如三田村四郎等人頻繁出現，嚴重威脅日本共產黨的安全。
由於日本共產黨下幾乎沒有地下鬥爭經驗，也缺乏專業保衛力量，日本共產黨的組織基礎薄弱，缺乏應對白色恐怖的秘密工作經驗，在此背景下，1930年1月，所以在周亦雲的建議下，在莫斯科和符拉迪沃斯托克成立中央特科，作為直屬中央的最高秘密工作機構，負責情報搜集、反特務、保衛中央機關、營救同誌、懲處叛徒等任務。
日共中央特科將仿造，華夏紅黨下設四個科室，1，設立總務科，負責負責中央機關的秘密選址、布置和掩護，處理善後事務如轉移機關、營救被捕同誌、安葬犧牲者）還有必要時將執行鎮壓叛徒、處決特務的任務。
2，情報科，搜集日本反動派政府的軍政情報，建立秘密情報網絡，在日本軍國主義和法西斯的壓迫下聯係，各界人士包括進步人士、日本政府內部人員）建立聯係，獲取機密信息，並且負責情報的分析、傳遞和保密工作。
3，行動科負責執行鋤奸任務，營救被捕同誌；在緊急情況下進行武裝保衛如護送中央領導轉移）。
4，交通科組建之後將與華夏紅黨，紅色聯盟合作，重新建立前往日本本土的建立秘密交通線，在武裝起義以後他們將負責日共中央和各根據地、蘇區的文件、物資的傳遞，他們也將負責培訓無線電報務員，建立地下電台，保障紅色聯盟和日本本土的通訊聯絡。
在白色恐怖之中日本共產黨遭受嚴重的破話，要以恢複失落黨員的聯係和發展黨組織為第一要務
為了在在白色恐怖下，黨組織能夠生存下來，周亦雲借鑒紅黨經驗和日本自身的情況指定了嚴格的黨員標準與審查並且明確表示了在白色恐怖下，黨組織應該更加注重黨員的階級覺悟和忠誠度，在向日本國內下發的文件強調質量優先於數量。新黨員需經嚴格考察，履行秘密入黨手續，切斷與公開身份的聯係。
在發展黨員的同時，也要重建基層支部，周亦雲建議的達到特定的人數就可以組建一個黨支部得到了中央委員會的一致通過，由他們商量人數，並且特彆強調了在工廠、農村、學校、軍隊中重建或新建秘密黨支部，要求所有的支部必須以群眾為鬥爭的核心。而在軍隊上麵，周亦雲十分重要的強調了紀律性，絕對不允許以下克上，確立支部建在小隊上的原則，強化黨對軍隊的絕對領導和紀律性。
各地可以聯係到的黨組織，抽調精乾力量前往日本農村，山區少數民族區域，發展黨員和培養工農骨乾，在大量吸收工人、農民中的積極分子入黨，改變黨員成分結構。到人民中去。
在確立武裝鬥爭之後結合實際情況日本軍隊中的下層士兵將會重點做工作，其實在日本軍隊之中也有一些下層軍人對日本國內的財閥，地主殘餘十分的不滿再加上日本國內資源稀少，大部分掌握在財閥手裡嗎，在日本一名普通士兵最優秀都隻能成為幾乎伍長、軍曹等，海軍的下士幾乎不能夠上升成為軍官，這部分日本農村的精英將成為主要的爭取對象。
周亦雲深知，在農村建立政權將成為日本革命的生死之路，所以農村將成為了周亦雲強調的重中之重，在二戰開始之後，日本政府將通過教育體係、媒體和神社祭祀，將天皇神化為“現人神”，宣稱日本民族是“天孫民族”，負有“統治萬國”的神聖使命。
1937年出版的《教育敕語》被奉為“國民精神的憲章”，要求全體國民“一旦危急，則義勇奉公，以扶翼天壤無窮之皇運”，將效忠天皇與為國戰死綁定為最高道德準則。日本政府還將全國人口納入嚴密的基層控製網絡，如鄰保甲製，以10—15戶為單位，強製居民互相監視、報告“可疑行為”，任何對戰爭政策的不滿都可能被舉報並遭到懲罰。
青少年被強製編入少年團，接受軍事訓練和軍國主義思想灌輸；婦女則被組織進大日本婦人會，被迫參與“國防婦人”活動，為戰爭搖旗呐喊。所以必須在日本政府重視農村之前和人民群眾打成一片，特彆是反法西斯戰爭開啟之後，將是紅旗壯大的時刻。
同樣為了加強黨內教育與紀律建設，日共中央將在符拉迪沃斯托克舉辦黨員培訓班培養高級乾部：在四國、九州等地設立地下黨校，負責讓日共黨員學會地下鬥爭。
為防止叛徒破壞，黨組織建立嚴格的紀律體係，要求黨員嚴守秘密、服從組織，對叛變行為嚴懲不貸。同時，實行“單線聯係”“化名製度”等秘密工作方法，確保組織安全。
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