ain”可能是一個與snare相互作用的“觸手”。在“方舟”上，他們啟動了超高精度的量子力學或是分子力學的組合計算，聚焦於這個doain與不同snare蛋白組分之間的關鍵殘基相互作用。ain”並非簡單的結合模塊，其內部存在著一個精巧的靜電勢能梯度和ππ堆積網絡。
ain的靜電分布和構象柔性會發生精確改變，從而像一把“智能鑰匙”，優先與特定組合、處於特定組裝狀態的snare複合物匹配，實現“信號貨物”的精準耦合。
“看！隻有當gpcr處於完全激活態，且細胞內鈣離子濃度達到閾值時，這個‘鑰匙’才會完全‘解鎖’，展現出與目標snare的最高親和力！”埃琳娜指著屏幕上同步顯示的多維參數關聯圖，聲音因激動而有些沙啞：“這解釋了其時空特異性的底層邏輯！”
幾人點點頭，開始了最後一輪推演。
也就是對“影子網絡”的動態重構。
這是最耗費算力，也是最激動人心的一步。
趙棟梁團隊將在“神威”上預測出的、與sfr1相關的那個“影子網絡”的初步數據，輸入了“方舟”內置的、經過海量生物數據預訓練的“生命係統動態推演ai模型”。
這一次，不再是靜態的網絡圖，也不再是有限的模擬時間。
“方舟”調動了其龐大的圖計算單元和神經網絡加速器，開始對這個潛在的網絡進行多條件、擾動下的動態演化模擬。
屏幕上，一個複雜而美麗的蛋白質相互作用三維網絡被構建出來，其中sfr1是一個關鍵樞紐，但絕非唯一。數個之前被忽略的低豐度蛋白，在模擬中顯示出了清晰的功能冗餘和時序互補特性。
當模擬中人為“敲除”sfr1時，網絡並未崩潰，而是通過激活另外兩條並行通路，在一定延遲後，部分恢複了功能。
“這是一個分布式的、具有魯棒性的備份係統！”
趙棟梁驚呼道：“也就是說細胞根本不會把雞蛋放在一個籃子裡！sfr1是主要通路，但這些‘影子’成員在壓力下可以被激活！這完美解釋了為什麼單一基因敲除有時表型不明顯！”
數個小時的連續運行，“方舟”以驚人的效率和深度，不僅全麵驗證了陸時羨團隊基於“神威”數據提出的所有關鍵假設，更將每一個假設都深化、拓展到了一個全新的層次。
它揭示的不是一個簡單的線性通路，而是一個充滿智能反饋、冗餘備份、精準識彆的多維調控網絡。
科爾德斯普林發表在pnas上的那篇關於sfr1的論文，在“方舟”產出的這些係統性的、機製性的深刻洞察麵前，顯得如此的蒼白、零碎和表麵化。
他們隻是描述了一個零件，而“方舟”幫助陸時羨團隊，近乎完整地揭示了整個精密儀器的設計藍圖和運作原理。
當最後一份綜合分析報告生成完畢，主控室內陷入了長久的寂靜。
然後，不知道是誰先開始，響起了第一聲掌聲，緊接著，掌聲如同潮水般席卷了整個空間，包括那些前來觀摩的部委領導和技術專家。
所有圍觀的人都沒想到，方舟生物超算的首次正式任務，就驗證了陸時羨團隊的猜想，更以其恐怖的性能，將“樞紐蛋白”的研究推向了一個令所有競爭對手都無法想象的深度和廣度。
顯然，一場即將震撼整個生物學界的風暴，將在這片東方的土地上悄然興起。
羅伯特教授激動地抓住陸時羨的手臂，眼眶有些濕潤：“陸！我們做到了！這不僅僅是驗證，這是升華！我們現在掌握的，是超越這個時代至少五年的認知！”
陸時羨看著屏幕上那些顛覆性的結果，一直平靜的臉上，也終於露出了如釋重負而又充滿銳氣的笑容。他轉過身，麵對眾人，聲音沉穩而有力：
“今天，‘方舟’不負其名，它幫助我們找到的，不僅僅是一個蛋白，而是理解細胞‘智能’的一套全新‘語法’。科爾德斯普林搶發的，隻是一顆種子，而現在，我們擁有了整片森林。”
“立刻整理所有數據和分析報告，啟動最高保密程序。同時，準備一篇……不，是一個係列論文的撰寫。我們要做的，不是去反駁他們那篇pnas，而是要用一個他們無法企及的維度，去重新定義這個領域。”
他目光掃過他的團隊，每一個人的臉上都洋溢著疲憊卻無比興奮的光芒。
“‘方舟’已經啟航，而我們的征程，是遠方的星辰大海。”
“現在，出發！”
“方舟”生物超算產出的海量、高維度數據，如同無數塊珍貴的璞玉，堆積在虛擬的“工作台”上。而此刻，能夠為這些驚世駭俗的發現雕琢出最完美開篇的，唯有陸時羨本人。
他沒有選擇立刻撰寫多篇論文進行“飽和式”轟炸，而是決定親自操刀，撰寫這係列研究的開篇之作，旨在奠定整個新範式的理論基礎。
這篇論文，將不是對科爾德斯普林那篇pnas文章的回應，而是站在一個更高的維度，重新定義這個領域。
接下來的兩周，陸時羨幾乎將自己封閉在了辦公室。
他沒有讓團隊成員代筆任何部分，每一個字，都源自他對整個“樞紐網絡”最深刻的理解和洞察。
辦公室的白板上，不再是複雜的公式或實驗設計，而是論文的核心邏輯框架：
論文標題：《細胞信號囊泡運輸耦合的智能調度網絡：從sfr1變構開關到分布式冗餘係統》
論文摘要：細胞內部“信號接收”與“物質運輸”的耦合，並非通過單一的“樞紐蛋白”線性連接，而是通過一個由核心調度元件如sfr1）與備份通路構成的、具備變構調控和邏輯門控特性的“智能調度網絡”實現，該網絡確保了細胞信息處理與執行的魯棒性、精準性與適應性。
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