埃琳娜通過實時成像數據與模擬結果的對比，發現了這個關鍵的協同效應。
第三個發現則是超越sfr1的“影子網絡”。
利用升級後的動態網絡模型，在“神威”上對更大範圍的相互作用組數據進行挖掘時，趙棟團隊發現，與sfr1存在強關聯的，並不僅僅是已知的幾個候選蛋白。
模型預測出一個由數個之前被忽略的、豐度較低或相互作用較弱的蛋白組成的“影子網絡”。這個網絡似乎與sfr1存在功能上的互補或備份關係。
這很可能就是陸時羨之前提到的，更複雜的‘調度網絡’的雛形，很顯然，sfr1可能隻是這個網絡中最突出、最容易捕捉的一個節點，而不是全部。
這些發現，每一個都足以形成一篇高水平的論文。
但它們此刻都被嚴格保密，作為後續決定性衝刺的彈藥。
科爾德斯普林發表的pnas論文，在陸時羨團隊基於“神威”獲得的這些新認知麵前，顯得如此單薄和表麵他們僅僅抓住了sfr1最顯而易見的那部分功能，卻完全錯過了其背後更為精妙的調控邏輯。
在“神威”上運行的這兩個多月，對陸時羨團隊而言，不僅僅是一次算力的提升，更是一次全方位的淬煉。
他們不僅獲得了顛覆性的新數據和新假說，更重要的是，他們提前熟悉了e級超算的編程模式和思維方式，為未來“方舟”的投入使用積累了寶貴的經驗、優化了核心算法、甚至培養了一支能打硬仗的計算生物學團隊。
陸時羨站在計算中心的大屏幕前，看著代表計算任務進度的光流如銀河般奔湧。
他知道，科爾德斯普林此刻或許仍在為他們搶先發表的成果而沾沾自喜，國際學界或許仍在看衰繁縷的未來。
但他們不會知道，在東方這片土地上，一台國之重器正為一項絕密的研究開足馬力。
他們更不會知道，他們以為的終點，在陸時羨的眼中，早已隻是一個微不足道的起點。
時間來到2025年的10月。
金秋的江南，天高雲淡。位於長三角生態綠色一體化示範區的“方舟”生物超算中心，如同一片巨大的、泛著金屬冷光的繁縷草葉，靜靜地臥在湖畔。
在經曆了近二十四個月、幾乎是二十四小時不間斷的加班加點後，這台承載了無數期望與壓力的國家重器，終於宣告一期工程正式竣工並完成初步調試，可以投入試運行。
這一天，繁縷研究院核心團隊幾乎全員到齊。陸時羨、羅伯特·萊夫科維茨、埃琳娜·沃森、趙棟梁，以及所有參與了前期“神威”攻關和“樞紐蛋白”項目的研究員們，齊聚在“方舟”的主控室內。
空氣中彌漫著一種混合了緊張、興奮與莊嚴的情緒。
主控室前方，是巨大的弧形可視化屏幕，下方是簡潔的控製台。
與“神威”那種充滿工業力量感的風格不同，“方舟”的主控室更顯精密與未來感，燈光柔和，環境噪音被控製在極低的水平。
華國發改委、科技部，以及“方舟”建設方的總工程師也蒞臨現場。
簡單的啟用儀式後，象征性的水晶鑰匙被交到了陸時羨手中。
沒有過多的喧嘩，所有人的目光都聚焦在那塊即將點亮的主屏幕上。
“陸院士，‘方舟’一期，總計1.7exafops的峰值算力，生物專用架構，現已就緒。請下達第一個正式計算任務！”超算中心主任鄭重宣布。
陸時羨深吸一口氣，與羅伯特和埃琳娜交換了一個眼神，點了點頭。
他走到控製台前，接入自己的加密權限，從隨身攜帶的固態硬盤中，調出了那份凝聚了他們在“神威”上數月心血的、關於“樞紐蛋白”最核心也最大膽的猜想與數據包。
“啟動‘方舟’任務序列t001。項目代號：‘天網’。
加載‘樞紐蛋白多維驗證與網絡推演’數據集。”陸時羨的聲音平靜，卻清晰地傳遍了寂靜的主控室。
巨大的屏幕上，數據流開始如瀑布般傾瀉而下，但又以一種前所未見的、高度組織化的形式呈現出來。
與在“神威”上需要深度優化才能勉強運行不同，這些為生物學問題量身定製的計算任務，仿佛遊魚歸海，幾乎是無縫地、絲滑地被“方舟”的係統接納、分解並開始執行。
第一輪進行驗證的課題是sfr1的“雙麵人格”與變構調控。
在“神威”上，他們通過片段式的微秒級模擬，猜測sfr1可能存在與不同gpcr狀態結合的“雙麵性”。
而現在，在“方舟”上，他們首次啟動了全尺度、長程毫秒級）的分子動力學模擬，將完整的sfr1蛋白、嵌入脂質雙層的多種gpcr構象包括激活、失活、中間態等等、以及關鍵的脂質分子和小分子配體置於同一個模擬體係中。
相對於傳統超算，結果幾乎是瞬間湧現。
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屏幕上動態演化的分子模型，清晰地展示了sfr1如何像一個精密的分子杠杆，其核心結構域的微小構象變化，如何被膜脂微環境和潛在的磷酸化信號放大，進而決定其“擺向”激活態gpcr還是與失活態gpcr進行“對話”。
一個前所未有的、磷酸化依賴的變構開關機製被清晰地揭示出來，其能量變化曲線平滑而確鑿，遠超在“神威”上獲得的間接證據。
“上帝……這太清晰了！”羅伯特教授盯著屏幕，喃喃自語，“這不僅僅是結合，這是識彆與選擇！科爾德斯普林那篇論文，連這個機製的邊都沒摸到！”
陸時羨和埃琳娜也相繼露出滿意的神色，但此時還遠未達到慶祝的時候。ain’的功能解密。”陸時羨沉聲下達了指令。
ps：今天看見催更超過200了，那就多更一張。但是後麵不能保證每天都有，畢竟小說的時間點超過2025年以後，所有的劇情都要憑空虛構，再加上內容比較硬核，屬實是不好接著·往下寫，要查很多資料，碼字速度也很緩慢，大家見諒，我隻能說是儘力不斷更。
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