四月二十日，北軍水軍寨中主艦。
四月的長江上已略顯悶熱，曹操卻隻覺得渾身一片冰冷，他澀然道：“昨夜之事，諸位想必已經知曉。管承、李恕、張涉三將治軍不嚴，罔顧軍令，以致兵敗身死，五千精銳水兵全軍覆沒。此時情形，諸位以為當如何處置？”曹操長歎一聲，複又痛心疾首的道：“五千名水戰精熟的猛士，若用心駕馭未嘗不能建功，可恨孤誤信無謀賊徒，用此拙計，以致數年心血付之東流……”
戰敗的五千名水兵雖然出身海盜，卻頗能操舟弄槳，撐突波濤，是曹軍水師中為數不多的精通水性之人，剩餘的數萬水軍人數雖眾，卻儘皆於玄武池中操練而成，看似威風凜凜，在江上實則命運堪虞。
眾謀臣武將儘皆緘默不語，郭嘉躊躇斟酌良久，方才諫言道：“大王，軍法不嚴乃用兵之大忌，請命水軍按玄武池練兵之章法行事，不得擅離陣型恣意進退。馬步軍結營江畔，以為策應。”
曹操正欲開言，卻聽得水寨外金鼓喧囂。曹操帶領眾人走出船艙，隻見江東水軍停船於距曹軍水寨兩箭開外處，數百艘大小戰船一字排開，聲音宏亮的江東軍士站在船首耀武揚威辱罵不絕。曹操初戰受挫，不敢貿然迎擊，傳下號令，命水軍沿岸列陣，陸軍集結江畔，以逸待勞靜待戰機。
孫策見曹軍謹守陣勢，似無出營決戰之意，笑問周瑜道：“曹軍若不出戰，我們又該如何？”
周瑜笑道：“罵幾句占點便宜也是好的，總要擾的曹操不勝其煩。”
孫策點點頭，向著站在船首唾沫橫飛，罵的不亦樂乎的甘寧大聲道：“興霸，傳公瑾將令，給我罵他娘的！”
甘寧大笑領命道：“諾！領主公將令，罵他娘的！”見有幾名軍士懈怠了，甘寧大步上前，在他們身上亂踹兩下，笑罵道：“都沒吃飯麼？給老子大聲點罵！”
不過轉眼間，滑嘴的軍士便以吳儂俚語編做歌謠齊聲唱道：“魏王妙計安天下，賠了營寨又折兵！魏王妙計安天下，賠了營寨又折兵！”
“孫策小兒欺人太甚，分明視我軍如無物，末將懇請出戰，誓要取孫策首級，獻於大王麾下。”於禁半跪請命道。
“文則切勿動怒，此乃孫策誘敵之計。”曹操緊鎖眉頭盯著江麵，心中暗自計較：水戰非北軍所長，敵軍初勝，軍心士氣振奮，與之交戰恐怕不利，若再敗一陣，就不是能否蕩平江南的事情了——孫策若肯放自己平平安安的撤回中原，自己便要叫一聲僥幸了。念及於此，曹操強壓怒火，傳令道：“敵軍若近水寨，則以弓箭應敵；若叫囂不進，切不可主動出戰！”
對麵的東吳兵士見曹軍畏戰不出，複又高唱道：“爺爺生長在江邊，不怕魏王不怕天，昨夜曹操來趁我，臨行奪下身上衫。”且挑著管承、李恕、張涉三將的屍體嘲諷譏刺，孫策、周瑜更於樓船頂層飲酒取樂，奏起凱旋之樂。眾將不由大怒，紛紛拔劍請戰，連一向持重老成少言寡語的程昱也憤然道：“大王縱橫天下，何曾受過此等羞辱？如今群情激憤將士一心，難道竟不足以一戰？”
曹操此時滿臉漲得通紅，額頭上青筋暴起，雙眼布滿血絲，噴射著熊熊怒火，牙齒咬得咯咯作響，雙拳緊握渾身顫抖，他用兵一世，討董卓剿黃巾，誅呂布破袁術，滅袁紹除馬騰，生平未曾遭此大辱。雖然心知孫策此舉乃是故意激怒自己，卻也難以自持，又見將士怒火滔天，若不準其出戰，隻怕更墮士氣鬥誌，當下倏然拔出佩劍，咆哮道：“是可忍孰不可忍，全軍聽令，出寨迎敵！”
軍令既下，曹軍水寨寨門洞開，數十隻鬥艦當先出寨，齊向江東水軍衝去。孫策見已誘得曹軍出戰，起身拋下酒杯，猛地拔劍，回以咆哮道：“全軍出擊，教曹操見識江東猛虎之怒！”
周瑜手中令旗翻飛起落，江東水軍故技重施，艨艟、鬥艦兩翼包抄，欲將充作先鋒的數十隻曹軍鬥艦圍困剿殺，曹操洞曉敵意，當即橫劍喝令，除中軍主艦及用作護衛的四艘船艦，其餘戰船儘皆從水寨中蜂擁而出，喊殺聲湮沒了一切。
雙方水陣毫不避讓，撞在一起，前方的戰船木屑橫飛，劇烈的震動搖晃，登時便有不少士兵立足不穩，摔入水中。接戰未久，雙方的十餘萬大軍幾乎儘皆混戰在一起，兩軍前部不顧一切的衝上敵方戰船，深入敵陣，四處皆是廝殺聲。
戰至一個時辰，雙方陣型已略現鬆動。周瑜眯起眼睛，注視著眼前戰場，忽然令旗揮動，傳下將令道：“全軍散開，不與敵軍正麵纏鬥！”
江東軍精於水戰，既可結陣破敵，亦能各自為戰，相較曹軍更為機動靈活。周瑜將令既下，江東軍水軍陣型立刻完全散開，開始對曹軍陣型進行撕扯，曹軍縱然拉長的陣線中立時出現無數的漏洞可以打擊和切斷。江東軍戰船乘勢直突入對方陣型之中，往來穿插，和他們擦過的曹軍儘皆損失慘重。
曹操遙望戰場，麵色鐵青，手心裡儘是冷汗：曹軍憑借一時盛怒之氣與江東軍一搏，初時雖不落下風，但時間一久後繼卻是乏力，漸現頹勢。江東軍戰法精熟，水上戰力甲於天下，短兵相接時絲毫不受舟船顛簸影響，曹軍雖奮勇卻苦於難以立足，死傷慘重。兼之江東兵水性精湛，倘若不敵跳水便能活命，反之曹軍將士即便會水，落入江中多半難以生還。
但是此時已勢成騎虎，曹操迫於形勢，隻能繼續調動士卒廝殺。曹操再傳將令，無論正規戰船，抑或民間征調的漁船小舟，全部投入戰場，誓要彙兵合流，鞏固陣型。曹操憤然看著自己駐於北岸江畔的強大陸軍，此時竟毫無勇武之地，隻能為江上奮戰的戰友搖旗呐喊，以壯聲勢。
鏖戰半日，曹軍雖然落於下風，卻能依靠人數優勢，勉強堅守陣線，未呈崩潰敗退之勢。此時，突然狂風大作，雷電交加，空中黑雲崩塌，暴雨傾盆而下。
曹操臉色突變，心膽俱裂，放聲吼道：“收兵！鳴金收兵！”
傳令官敲響金鉦傳令收兵，此時整個戰場已完全陷入混戰的局麵，鳴金聲淹沒在一片喧囂之中。曹操當機立斷，喝令岸上陸軍齊聲呼喊收兵，但是曹軍戰船多為海船製式，一時間難以操縱轉向，倒是江東的水軍聽聞收兵之聲，毫不猶豫的放棄了所有的敵人，從曹軍陣線的空隙中衝殺出去，彙集在一處，駛回本陣。
周瑜再舞戰旗，數名傳令官全力吹響了號角，江東軍水軍戰陣稍作整頓，以大型戰船居外，小型戰船居內，船帆儘落，船與船之間以鐵索相連，如同在江麵上築成一座堅固的移動堡壘。
風暴中，原本平靜的長江波浪大作，江東軍的“船城”平穩的漂浮在江麵上，任憑風雨吹打，兀自巍然不動。反觀曹軍，所有的戰船如同難以駕馭的野馬，在風浪中顛簸起伏，將站立不穩的士卒甩入江中。
曹操扶著主艦的桅欄，徒然的觀望長江，任憑雨水模糊自己的眼睛。自己苦心經營多年的水軍已成為一堆江麵上沉浮的碎木。長江，這條江是上天用來保護孫策的，對於自己，它是無法逾越的天塹，終自己一生也無法逾越的天塹。
江麵上再掀起一陣巨浪，打在船舷上擊得粉碎，江水搖撼震蕩，整個船身劇烈的顫抖起來，曹操立足不穩，踉蹌著摔倒在船舷的一角。
“大王！”典韋和許褚圍聚過來，一左一右的將曹操攙起，不由分說的架著他跳上一艘小舢板，駛回北岸。
曹操不知道自己是如何回到北岸的，當踏上實地後，曹操心神略定，他掙紮著甩脫典韋和許褚的攙扶，嘶啞的喝令道：“將孤的大旗移往江畔，調集陸軍人馬沿江修建土壘、壕溝，孤要在此與孫策一決勝負！”
“大王，時逢春夏江水必漲，倘若拖延日久，水軍優勢將更加明顯，此時不退恐難以建功。”郭嘉諫道，“昔秦穆公東進，雖三戰不勝，勵精圖治終成就霸業，請大王為鑒，萬不可意氣用事。”
曹操手中的長劍鏗然落地，他按著額角向後倒去：“頭，好痛啊……”
長江之戰結束於建安十八年四月二十日，以孫策逼退曹操作為終結。這場戰爭持續的時間不到一個月，最終決戰於長江江麵之上，雙方僅戰死的將士便不下四萬人，傷者難以計數。此戰中，曹軍戰船儘遭損毀，三萬水軍儘歿，孫策雖然獲勝，卻也付出死傷萬人的代價。
連月的暴雨導致江水上漲，孫策略作整頓，趁水勢未退，引水軍來攻樊城。樊城周圍，白浪滔天，水勢益甚，城垣漸漸浸塌，曹軍擔土搬磚，填塞不住。五月中旬，曹操引兵撤出樊城，退守新野，以防禦河洛南方最後的門戶，宛城的駐軍亦整備兵甲，以為犄角之勢。
由於曹操於建安十五年開始的對沿江諸郡縣居民的北遷，孫策得到的樊城不過是一座城防破敗的空城，城中水深數尺，軍士難以下寨駐紮。孫策擔心疫病流行，不敢引兵進駐，待水勢退卻後引兵在樊城以北三十裡處依山下寨，窺視新野。