其次，教宗也不是沒有野心的人。
在菲特烈駕崩的消息傳到日耳曼尼亞時，教宗就立刻行動，在當天夜裡就召集貴族為菲特烈的年幼長子進行了加冕儀式。
貴族們，尤其是有可能繼承皇位的貴族十分不滿，意圖叛變，但是保皇派的實力也不容小視。就在雙方拉鋸時，以教宗名義作戰的十字軍回來了。結果就是除了菲特烈直係親屬以外的其他貴族悉數被屠戮殆儘。
從此日耳曼帝國更名為聖日耳曼尼亞。
名義上是依然是日耳曼的帝國，事實上這個國家已經變成了教宗的聖教國。
這場戰爭在曆史上被稱為第一次日耳曼內戰。有心者也喜歡稱之為：人神之戰——人類的國度與神的國度爆發的第一場戰爭。當然，這並不是最後一場。
為了獲得更大的權利，教宗在1264年內政發動第二次教權戰爭。
這次沒有內政的拖累，十字軍輕鬆攻陷同盟軍的指揮部，哈爾先，戰爭以帝國的全麵勝利為結束。教宗在哈爾先建立起哈爾先帝國作為控製馬梅裡利半島的傀儡國，於是帝國開始了對馬梅裡利長達三十年的殘暴統治。
三十年後，也許是教宗十八世缺德事乾多了，才剛四十七歲的教宗就撒手人寰，可是這並不意味著馬梅裡利的解放，他們反倒是迎來了更為殘暴的統治。
當年教宗不吞並馬梅裡利的原因是馬梅裡利各個國家都有很強的戰爭潛力，隻有他們不聯合起來才可能繼續統治。而半島諸國各懷鬼胎，很難統一。所以教宗十八世很是小心，避免觸碰這條底線。
可惜他的繼承人是個弱智，他衝破了這條底線。
在第無數次加稅後，阿諾共和國的人民終於無法忍受，把他們的總督綁了起來從總督府的二樓拋出窗外，這就是有名的“拋出窗外事件”而這一事件成為了第三次教權戰爭的導火索。整個馬梅裡利半島沸騰了，珍珠共和國，金獅帝國高地聯邦三國先後發難，之後有又有二十二個國家相繼起義，圍攻哈爾先帝國。聖日耳曼帝國組建十字軍向南進攻，戰場形式一度不利。
各個國家政體不同，宗教不同，隻有語言是一樣的，這反而讓每次聯合作戰的指揮變成一場爭吵的鬨劇。於是各國不得不各自為戰。
十五年前來自斯蒂諾王國的尼古拉?馬其雅維利組建起一個叫兄弟會的組織作為反抗帝國統治戰線。
這個組織一直致力於宣傳神的聖典應由人來解讀和眾生平等兩大思想，試圖消除各個國家的隔閡，並聯合起來反抗帝國。他們宣傳的思想被稱為聖光名教尼古拉宗，或是一個更耳熟能詳的名字——新教。
戰爭開始後誰能領導馬梅裡利半島呢?是金獅帝國皇帝?珍珠共和國總督?老英雄威廉退爾?都不行，隻有一個人可以領導世人——那就是教皇。
馬其雅維利與金獅帝國皇帝古斯塔夫?奧古斯都均是兄弟會創始人，他們在一天晚上秘密前往馬隉尼亞，目的隻有一個，就是迫教皇簽署“宗教寬容法案”承認新教和其他宗教，以建立統一的國家，宗教與指揮體係。同樣的，對於掌控大陸千年的以上的教廷來說，這些條件幾乎是不能容忍的，成功之路也許並非坦途。
然而出人意料的是本來以為會困難重重的旅程非常輕鬆，教皇爽快地答應了這個條件。
其實仔細想想倒也不難明白其中的原因：教皇也有野心的人。他要擊敗教宗，奪得宗教上的話語權。
1297年7月，二十六個國家在馬隉尼亞簽署了“馬梅裡利聯邦條約”，馬梅裡利聯邦正式成立。教皇正更名為庇護一世，出任國家元首。馬其雅維利和奧古斯都分彆出任政府首腦和軍隊統帥。
教宗的正教與教皇的新教的決戰就要開始了。
在煉金術師帕拉賽爾蘇斯與工程師來奧納多?達?芬奇建造的戰爭機器的幫助下馬梅裡利政府軍與教皇十字軍在哈爾先，諾河，珍珠自治領發生會戰，並取得了決定性勝利，在鼓舞了國內的同時也達到了意想不到的效果。
蘭斯帝國，矮人，獸族，鳥人等各個勢力看到這個機會，紛紛與聯邦結盟，同時出兵入侵帝國。相對於馬梅裡利這個飛地，帝國本土是心腹大患，不得已帝國全線撤回位於馬梅裡利的十字軍投入到國內戰場。
1300年1月被包圍的哈爾先帝國投降並加入聯邦。至此，第三次教權戰爭正式結束。
戰爭結束了，但是衝突遠沒有結束。
添傷口的聖日耳曼尼亞帝國隨時可能卷土重來；
老牌人類帝國蘭斯帝國不能容忍另一個強大的國家崛起；
企圖恢複舊日榮光的獸人國度；
還有，沒有外敵的鬆散聯邦……
曆史已經結束，傳說才剛剛開始。
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