清晨的陽光透過帝丹小學的玻璃窗，在1年b班的課桌上投下長方形的光斑。工藤夜一背著書包走進教室時，灰原哀已經坐在靠窗的位置上，手裡拿著一本攤開的科學繪本，指尖輕輕劃過書頁上的行星圖案。
“早啊，灰原。”夜一放下書包，自然地坐在她旁邊的座位，從背包裡掏出一盒草莓味的牛奶，“昨天路過便利店買的，還是冰的，你要不要喝？”
灰原抬起頭，眼底帶著剛睡醒的淺淡暖意，她接過牛奶，指尖碰到冰涼的紙盒，輕聲說：“謝謝。”晨光落在她的發梢，把淺棕色的頭發染成了柔和的金色，夜一看著她拆開吸管包裝的小動作，嘴角不自覺地彎了彎。
上課鈴響起時，小林老師抱著教案走進教室，黑板上很快寫滿了算術題和假名。灰原聽得很認真，偶爾會在筆記本上記些什麼；夜一則時不時轉頭看她，有時會在她遇到難題時，悄悄用鉛筆在草稿紙上寫下解題思路，推到她麵前。柯南坐在斜前方，偶爾回頭看到這一幕，總會露出了然的笑容。
一天的課程過得很快，放學鈴聲響起時，元太已經迫不及待地背上書包，衝到教室門口：“夜一！灰原！柯南！快走吧，少年偵探團的活動室今天有新零食哦！”光彥和步美也跟在後麵，手裡拿著剛畫好的偵探團徽章。
六人一起往活動室走去，路上，步美蹦蹦跳跳地說：“聽說今天會有同學來委托我們幫忙呢！”元太眼睛一亮：“委托？是找失蹤的貓咪，還是找回丟失的玩具？不管是什麼，隻要能破案，我就請大家吃鰻魚飯！”
剛走進活動室，就看到一個瘦小的男孩坐在角落的椅子上，雙手緊緊攥著書包帶，看起來有些緊張。看到他們進來，男孩立刻站起身，小聲說：“你們就是少年偵探團嗎？我叫俊也，是2年c班的，我想請你們幫忙找我哥哥。”
柯南走過去，蹲下身和他平視：“俊也，你哥哥什麼時候不見的？他有沒有說過要去什麼地方？”
俊也的眼眶微微發紅：“昨天下午放學，哥哥說要去給我買漫畫，就再也沒回來。我們去派出所報了警，可警察叔叔說還沒到失蹤時間，讓我們再等等……”他說著，從口袋裡掏出一張照片，照片上的男孩穿著藍色校服，背著黑色的書包，笑容很陽光，“這是我哥哥，他叫直樹。”
夜一接過照片，仔細看了看：“你哥哥有沒有什麼特彆的習慣？或者最近有沒有提到過什麼特彆的人或事？”
俊也皺著眉頭想了想，突然眼睛一亮：“對了！哥哥房間裡有一幅夏目漱石的肖像畫，前幾天有個穿黑色連衣裙的女人來我們家，說很喜歡那幅畫，想花很多錢買下來，但哥哥說那是爸爸留下的遺物，沒賣給她。”
“黑衣女人？”柯南的眼神瞬間變得嚴肅起來，他立刻追問，“那個女人長什麼樣子？有沒有說過自己的名字？”
俊也搖了搖頭：“她戴著墨鏡和帽子，看不清臉，說話聲音很低，沒說名字，隻問了畫的事情。哥哥說她看起來很奇怪，讓我以後看到她要躲遠一點。”
柯南和夜一對視一眼，都從對方眼裡看到了警惕——黑衣、神秘、對特定物品感興趣，這些特征都和他們一直在追查的黑衣組織隱隱重合。夜一拍了拍俊也的肩膀：“彆擔心，我們會幫你找到哥哥的，現在先帶我們去你家看看那幅畫吧。”
眾人跟著俊也來到他家，那是一棟老舊的兩層小樓，院子裡種著幾棵櫻花樹。走進直樹的房間，首先映入眼簾的就是掛在牆上的夏目漱石肖像畫，畫框有些陳舊，但畫麵保存得很完好。柯南仔細觀察著畫像，沒發現什麼特彆的痕跡，夜一則在房間裡四處查看，書桌抽屜裡放著幾本漫畫書和筆記本，書架上擺著很多文學類書籍，看起來沒什麼異常。
“你哥哥有沒有說過這幅畫有什麼特彆的地方？”灰原走到畫像前，手指輕輕拂過畫框邊緣，“比如畫的背麵，或者有沒有藏著什麼東西？”
俊也撓了撓頭：“哥哥說這幅畫是爺爺傳下來的，除了是遺物，好像沒什麼特彆的……不過前幾天他好像在畫的背麵貼了什麼東西，我問他，他說隻是張便簽。”
夜一小心地把畫從牆上取下來，翻到背麵，果然看到一張黃色的便簽紙，上麵用鉛筆寫著一串數字：“315，722，129”。柯南皺著眉頭：“這看起來像是坐標，或者是某種暗號？”
就在這時，元太的肚子咕咕叫了起來，他不好意思地摸了摸肚子：“那個……我們能不能先去吃點東西？我知道附近有一家便利店，裡麵的三明治超好吃！”
眾人隻好暫時放下線索，跟著元太往便利店走去。剛走進便利店，柯南就注意到收銀台前站著一個穿黑色夾克的男人，他正拿著一張萬元紙幣付賬，收銀員接過錢後，皺著眉頭看了看，又對著燈光照了照，小聲說：“先生，這張錢好像有點問題，能不能換一張？”
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男人的臉色瞬間變得陰沉，他一把奪過錢，惡狠狠地說：“你什麼意思？這錢是假的？我看你是不想做生意了！”說完，他轉身就往店外走，腳步匆匆，看起來很慌張。
柯南立刻跟了上去，對身後的眾人小聲說：“那個人的錢肯定有問題，我們跟著他，說不定能找到假鈔團夥的窩點！”夜一立刻點頭，示意大家保持距離，不要被發現。
男人沿著街道往前走，時不時回頭張望，確認沒人跟蹤後，拐進了一條偏僻的小巷。柯南等人躲在巷口的拐角處，看著男人走進一棟破舊的居民樓。夜一拿出手機，悄悄拍下了居民樓的地址，然後對柯南說：“我們先回去報警，等警察來了再行動，這裡太危險了。”
柯南點點頭，剛要轉身，就看到男人又從居民樓裡走了出來，手裡多了一個黑色的背包，他快步走向巷口，似乎要去什麼地方。柯南當機立斷：“我們跟上去，看看他要去哪裡！”
眾人跟著男人穿過幾條街道，來到一個廢棄的工廠門口。男人左右看了看，推開虛掩的大門走了進去。柯南等人躲在工廠外的草叢裡，透過窗戶看到裡麵有三個男人正在整理一疊疊的紙幣，地上還放著幾台印刷機——這裡果然是假鈔團夥的窩點！
夜一立刻用手機撥打了報警電話，向警方說明情況和地址。沒過多久，警車就呼嘯而至，警察們衝進工廠，將正在製作假鈔的團夥一網打儘。那個在便利店使用假鈔的男人也被當場抓獲，他看著突然出現的警察和少年偵探團，臉色慘白，再也沒有了之前的囂張。
解決了假鈔事件後，眾人送俊也回家。在路上，灰原突然停下腳步，對柯南說：“柯南，我有話要跟你說，關於黑衣組織的事情。”
柯南和夜一都愣住了，他們沒想到灰原會突然提起這個。三人走到路邊的公園長椅上坐下，元太、光彥和步美則在不遠處的滑梯旁玩耍。
灰原看著地麵，聲音很輕，卻帶著不容置疑的認真：“柯南，你其實就是工藤新一吧？你被黑衣組織灌下的藥物，名叫aptx4869，而研製這種藥物的人，就是我。”
柯南的身體瞬間僵住，他瞪大了眼睛看著灰原，不敢相信自己聽到的話：“你……你說什麼？aptx4869是你研製的？”
“沒錯。”灰原抬起頭，眼底帶著一絲痛苦和愧疚，“我原本是黑衣組織的成員，代號‘雪莉’，負責藥物研發。我姐姐宮野明美因為反抗組織，被琴酒殺害，我為了替姐姐報仇，故意銷毀了部分藥物資料，結果被組織囚禁起來。後來我吞下了aptx4869，身體縮小，才從組織裡逃了出來，被阿笠博士收留。”
夜一坐在旁邊，臉色也變得嚴肅起來：“所以，俊也提到的黑衣女人，會不會就是組織的人？他們找夏目漱石的肖像畫，是不是和藥物資料有關？”
灰原搖了搖頭：“不確定，但組織一直在尋找和藥物相關的資料，我之前銷毀的隻是一部分，還有一些資料散落在外麵。我記得有一位名叫廣田正巳的教授，他曾經和我一起研究過aptx4869，手裡有一張保存著重要資料的軟盤，說不定組織已經盯上他了。”
柯南立刻站起身：“我們必須儘快找到廣田教授，不能讓軟盤落入組織手裡！”他拿出手機，撥通了阿笠博士的電話，“博士，你知道廣田正巳教授的地址嗎？我們有很重要的事情找他！”
阿笠博士很快就發來了地址，三人立刻告彆元太等人，坐上出租車往廣田教授家趕去。路上，柯南看著灰原，輕聲說：“對不起，之前一直不知道你的經曆……”
灰原搖搖頭，嘴角露出一絲淡淡的笑容：“沒關係，現在我們是同伴，不是嗎？”夜一看著兩人，輕輕點了點頭——從今天起，他們又多了一個共同的目標，那就是對抗黑衣組織，保護彼此。
出租車停在一棟白色的小樓前，這裡就是廣田教授的家。柯南按了按門鈴，卻沒有人應答。阿笠博士也趕到了，他皺著眉頭說：“我剛才給教授打電話，一直沒人接，不會出什麼事吧？”
夜一試著推了推大門，發現門沒有鎖，他輕輕推開一條縫，小聲說：“裡麵好像沒人，我們進去看看。”
四人走進客廳，一股奇怪的味道撲麵而來。客廳裡一片狼藉，電話掉在地上，書散落得到處都是，一副西洋棋被打翻在茶幾上，棋子滾得滿地都是。最讓人觸目驚心的是，客廳角落的櫃子倒在地上，櫃子下麵似乎壓著什麼東西。
柯南快步走過去，小心翼翼地掀開櫃子，發現廣田教授躺在地上，臉色蒼白，已經沒有了呼吸。阿笠博士立刻撥打了急救電話和報警電話，聲音帶著顫抖：“教授……他已經死了……”
灰原站在原地，看著倒在地上的廣田教授，眼底滿是震驚和悲傷——這是又一個因為aptx4869而失去生命的人，而她，就是藥物的研製者。夜一走到她身邊，輕輕拍了拍她的肩膀，無聲地安慰著她。
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很快，目暮警官帶著高木涉和佐藤美和子趕到了現場。經過法醫初步檢查，廣田教授的死因是頭部受到重擊，而重擊他的正是倒下的櫃子，死亡時間大概在昨天晚上7點到9點之間。現場的門窗都沒有被破壞的痕跡，門是用鑰匙從裡麵鎖上的，警方初步判斷這是一起意外——教授可能在整理櫃子時，不小心讓櫃子倒下來砸到了自己。
“這不是意外。”柯南蹲在地上，仔細觀察著散落的物品，“你們看，電話的聽筒掉在地上，電話線卻沒有被扯斷，說明是有人故意把聽筒放在地上的；還有這些書，雖然散落一地，但都是從書架上同一層掉下來的，不像是不小心打翻的；最奇怪的是西洋棋，黑棋的國王和王後都被放在了白棋的區域，這不符合下棋的規則，更像是有人刻意擺放的。”
夜一也在旁邊補充道：“我剛才檢查了櫃子，櫃子的底部有被撬動的痕跡，而且櫃子上的灰塵分布不均勻，說明有人移動過櫃子。這絕對是一起謀殺案，凶手製造了密室的假象，讓人以為是意外。”
目暮警官皺起眉頭：“既然是謀殺案，那凶手是怎麼從裡麵鎖上門，然後離開的呢？還有，凶手的動機是什麼？”
高木涉立刻彙報了調查結果：“根據鄰居的證詞，昨天晚上7點到9點之間，有三個人來過廣田教授家，分彆是教授的學生白倉陽、同事細矢和彥，還有出版社的編輯盛岡道夫。白倉陽是來向教授請教問題的，細矢和彥是來討論合作項目的，盛岡道夫則是來催教授交稿的。這三個人都有作案嫌疑。”
目暮警官立刻讓人把三人叫到現場，開始逐一詢問。白倉陽穿著一件白色的襯衫，戴著眼鏡，看起來很斯文，他說：“我昨天晚上7點左右到教授家，請教了一個關於計算機編程的問題，大概7點半就離開了，離開的時候教授還好好的。”
細矢和彥穿著西裝，手裡拿著公文包，他皺著眉頭說：“我是8點到的，和教授討論了一下合作研究的事情，因為意見不合，我們吵了幾句，我8點半就走了，當時教授雖然生氣，但身體沒什麼問題。”
盛岡道夫穿著休閒裝，手裡拿著記事本，他有些緊張地說：“我是8點50分到的，敲了半天門沒人應答，還以為教授不在家，就離開了，沒想到……”
柯南在旁邊仔細觀察著三人的表情，白倉陽看起來很平靜，細矢和彥有些不耐煩，盛岡道夫則很緊張，但這並不能作為判斷凶手的依據。他又回到現場，重新檢查了一遍散落的物品，電話、書、西洋棋、櫃子……這些東西之間到底有什麼聯係？凶手是怎麼利用這些東西製造密室的？
就在柯南陷入瓶頸的時候，灰原走到他身邊，小聲說：“你有沒有注意到，電話旁邊的磁帶播放器裡，有一盤磁帶是倒著放的？還有，西洋棋的棋子都是空心的，裡麵可以放東西。”
柯南眼前一亮，他立刻跑到電話旁邊，拿起磁帶播放器裡的磁帶，發現磁帶果然是倒著放的，而且磁帶的邊緣有一道細微的劃痕。他又拿起一顆西洋棋，打開底部的蓋子，發現裡麵是空的，但內壁上有一些細小的纖維，像是磁帶的材質。
“我知道了！我已經知道凶手是誰了，還有他製造密室的方法！”他讓阿笠博士坐在沙發上，然後站在阿笠博士身後，用蝴蝶結變聲器調整到阿笠博士的聲音，“目暮警官我知道凶手是誰了，凶手就是白倉陽！”
白倉陽的臉色瞬間變得蒼白，他大聲說：“你胡說！我7點半就離開了，怎麼可能是凶手？”
“你確實7點半就離開了，但你在離開之前，就已經布置好了殺人陷阱。”柯南的聲音透過變聲器傳來，“你先把教授騙到櫃子旁邊，趁他不注意，用重物擊打他的頭部，然後把他放在櫃子下麵，再移動櫃子，讓櫃子看起來像是不小心倒下的。接下來，你就開始布置密室。”
柯南指著地上的西洋棋和電話：“你先把西洋棋的棋子倒空，然後把磁帶的一端穿過鑰匙圈，再把磁帶放進磁帶播放器裡，倒著放好。接著，你把多餘的磁帶繞在西洋棋的棋子上，把棋子放在電話旁邊，再把書堆在棋子周圍，固定住棋子的位置。最後，你走出房間，用鑰匙從外麵鎖上門，然後通過公共電話撥打教授家的電話。”
“電話鈴聲響起時，磁帶播放器會自動開始播放，磁帶轉動的時候，會帶動鑰匙穿過門縫，慢慢回到房間裡。當鑰匙回到原位後，磁帶繼續轉動，會把繞在棋子上的磁帶拉下來，磁帶播放器裡的磁帶也會因為倒放而自動停止。這樣一來，就形成了一個完美的密室，讓人以為是意外。”
夜一在旁邊配合著柯南的推理，他拿起一顆西洋棋，將磁帶穿過鑰匙圈，然後演示了一遍磁帶轉動帶動鑰匙移動的過程，每一個步驟都和柯南說的一模一樣。“而且，”夜一拿出從磁帶播放器裡取出的磁帶，“這盤磁帶上有白倉陽的指紋，雖然你戴了手套，但在安裝磁帶的時候，不小心留下了指紋，警方隻要檢查一下磁帶上的指紋，就能確認你的罪行。”
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白倉陽看著夜一手裡的磁帶，身體開始發抖，他再也無法掩飾自己的罪行，雙腿一軟，跪倒在地上：“是我……是我殺了教授……”
他的聲音帶著哭腔：“我一直跟著教授研究計算機，可他卻把最重要的資料都給了細矢和彥，還說我沒有天賦，永遠成不了氣候。我求他把廣田教授手裡的軟盤給我，那裡麵有我和他一起研究的成果，可他不僅不給，還嘲笑我……我一時衝動，就……”
高木涉拿出手銬，走到白倉陽麵前：“白倉陽，你涉嫌故意殺人，現在請跟我們回警局接受調查。”白倉陽沒有反抗，任由高木涉把他帶走，臉上滿是悔恨的淚水。
警方帶走白倉陽後，柯南和夜一、灰原、阿笠博士留在現場，四處尋找那張保存著藥物資料的軟盤。灰原在教授的書桌抽屜裡找到了一個上鎖的盒子，夜一用鐵絲輕輕撬開盒子，裡麵果然放著一張軟盤。
“太好了，終於找到軟盤了！”柯南拿起軟盤，臉上露出了欣慰的笑容，“有了這張軟盤，我們就能更了解aptx4869，說不定還能找到解毒劑的線索！”
灰原看著軟盤，眼底也露出了希望的光芒：“謝謝你，柯南，謝謝你幫我找到它。”夜一拍了拍兩人的肩膀：“我們是同伴，互相幫助是應該的。不過現在還不能掉以輕心，”夜一的目光掃過窗外，語氣變得謹慎，“組織的人既然能找到俊也家的肖像畫，說不定也已經盯上了廣田教授。我們得儘快把軟盤帶回博士家，做好加密和備份，絕不能讓它落入組織手裡。”
阿笠博士點點頭，立刻從口袋裡掏出一個黑色的u盤：“我帶了u盤，先把軟盤裡的資料複製一份，原件我們妥善保管起來。”四人不敢多留，收拾好軟盤後，便匆匆離開了廣田教授家。臨走前，柯南特意叮囑目暮警官，要加強對現場的保護，留意是否有可疑人員打探消息——他總覺得，這起謀殺案背後，或許還藏著黑衣組織的影子。
坐上車往阿笠博士家趕時，灰原一直緊緊攥著裝有軟盤的盒子，指尖因為用力而有些發白。夜一注意到她的緊張，悄悄將自己的外套披在她肩上：“彆擔心，有我們在，不會讓組織得逞的。”灰原抬頭看了他一眼，輕輕“嗯”了一聲，眼底的不安稍稍褪去了一些。
回到阿笠博士家，博士立刻將軟盤插入電腦。屏幕上很快跳出一個加密界麵，需要輸入複雜的密碼才能打開。灰原皺著眉頭，盯著屏幕上的密碼框：“這是教授常用的加密方式，需要結合他研究的課題關鍵詞和個人紀念日……我記得他曾經提過，夏目漱石是他最尊敬的作家，或許密碼和夏目漱石有關？”
柯南眼前一亮，立刻拿出手機搜索夏目漱石的作品：“教授書房裡有很多夏目漱石的書，俊也家也有夏目漱石的肖像畫，說不定密碼就是他的作品名或者出版年份！”夜一則在旁邊翻找博士家的文學詞典，很快找到了夏目漱石的代表作《我是貓》《少爺》《心》的出版信息。
三人嘗試著輸入“吾輩は貓である”《我是貓》日文原名），屏幕提示密碼錯誤；又輸入《心》的出版年份“1914”，依舊不對。就在大家陷入僵局時，灰原突然想起什麼：“教授曾經說過，他和我姐姐明美是在夏目漱石的誕辰那天認識的，夏目漱石的誕辰是2月9日，加上他的研究代號‘cat’，會不會是‘209cat’？”
柯南立刻在鍵盤上輸入“209cat”，隨著“叮”的一聲輕響，加密界麵消失，軟盤裡的資料終於顯示在屏幕上。裡麵不僅有aptx4869的早期研發數據、藥物成分分析，還有一份未完成的解毒劑實驗記錄。灰原看著屏幕上熟悉的公式和數據，眼眶微微泛紅——這是她和姐姐曾經渴望摧毀的東西，如今卻成了她尋找解毒劑、擺脫組織陰影的希望。