阿笠博士一邊快速複製資料，一邊感歎：“這些數據太重要了！有了這些，我或許能和灰原一起，加快解毒劑的研發進度。”柯南也鬆了口氣，靠在椅背上說：“太好了，隻要能研發出解毒劑，我就能變回新一，到時候就能更直接地對抗組織了！”
就在這時，柯南的手機突然響了起來，是步美打來的。電話那頭，步美的聲音帶著焦急：“柯南！不好了！俊也說他哥哥直樹回來了，但直樹好像受了傷，還說有黑衣人在追他！”
柯南的心瞬間提到了嗓子眼：“步美，你們現在在哪裡？讓俊也千萬不要亂跑，我們馬上過去！”掛了電話，他立刻拿起外套：“組織的人果然盯上了直樹！他們肯定是衝著夏目漱石的肖像畫來的，說不定畫裡還藏著其他線索！”
四人立刻驅車趕往俊也家。路上，灰原看著窗外飛速倒退的街景，輕聲說：“夏目漱石的作品裡，有很多關於‘秘密’和‘救贖’的主題，教授和直樹的父親可能是用這幅畫傳遞某種信息，比如組織的秘密據點，或者其他資料的隱藏地點。”
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夜一點點頭：“很有可能。直樹說不定知道畫裡的秘密，所以才會被組織追殺。我們得儘快找到他，保護好他和那幅畫。”
車子剛停在俊也家附近，就看到巷口圍了一群人。柯南擠進去，發現直樹靠在牆上，手臂上有一道明顯的劃傷，俊也正抱著他哭。看到柯南等人，直樹掙紮著站起身：“你們是俊也找的偵探團吧？有……有穿黑衣服的人跟蹤我，他們問我要夏目漱石的畫，我說畫在家裡，他們就想抓我……我好不容易才逃回來的。”
夜一立刻檢查了直樹的傷口，還好隻是皮外傷，他從背包裡拿出急救包，幫直樹消毒包紮：“你先彆急，慢慢說，那些黑衣人長什麼樣子？有沒有說為什麼要找那幅畫？”
直樹皺著眉頭回憶：“他們戴著黑色的帽子和墨鏡，說話聲音很沙啞，好像故意壓低了聲音。他們說‘畫裡有他們要的東西’，還說如果我不把畫交出來，就對我和俊也不客氣。”
柯南和夜一對視一眼，更加確定畫裡藏著關鍵線索。他們扶著直樹走進屋裡，夜一將夏目漱石的肖像畫取下來，仔細檢查畫框和畫布。柯南則在房間裡四處查看，突然注意到畫框背麵的掛鉤處，有一道細微的裂縫，像是被人撬動過。
“灰原，你來看一下這個。”柯南招呼灰原過來，“畫框的掛鉤好像被動過手腳，說不定裡麵藏著東西。”灰原拿出放大鏡，仔細觀察裂縫處，發現裂縫裡夾著一張小小的紙片。夜一用鑷子小心地將紙片夾出來，展開一看，上麵是一串用暗號寫的數字和字母：“s19，07，23，n15”。
“這看起來像是書架的坐標！”光彥突然開口，他指著直樹書架上的書，“s可能是‘夏目漱石’的首字母，、、n說不定是其他作者的首字母，數字可能是書的層數和位置！”
眾人立刻圍到書架前，直樹的書架上果然擺滿了不同作者的書。柯南按照暗號，先找到了夏目漱石s）的書，在第19層的位置，抽出了一本《我是貓》；接著找到開頭的作者“森鷗外”的書，在第7層抽出一本《舞姬》；然後是開頭的“魯迅”的書直樹的父親喜歡中國文學），第23層的《呐喊》；最後是n開頭的“尼采”的書，第15層的《查拉圖斯特拉如是說》。
四本書抽出來後，書架後麵竟然露出了一個小小的暗格！暗格裡放著一個棕色的信封，信封上沒有署名。柯南小心翼翼地打開信封，裡麵是一張泛黃的照片和一張紙條。照片上有兩個男人，一個是直樹的父親，另一個竟然是廣田教授！兩人站在一棟老舊的建築前，手裡拿著一張圖紙，笑容很燦爛。
紙條上的字跡有些潦草，是直樹父親的筆記：“廣田君，組織的據點藏在‘黃昏館’的地下室，圖紙我藏在夏目漱石的畫框裡，若我遭遇不測，務必將此信息交給值得信任的人，摧毀組織的陰謀。”
“黃昏館？”柯南的眼睛瞬間亮了，“我記得之前聽博士說過，黃昏館是一棟廢棄的彆墅，位於市郊的山上，幾十年前因為一場火災被廢棄，後來一直沒人敢靠近。”
灰原的臉色卻變得凝重起來：“黃昏館……組織確實有一個秘密據點在市郊，我之前在組織裡的時候，聽琴酒提過一次，說那裡藏著組織的核心資料和實驗設備。”
夜一握緊拳頭：“看來我們必須去一趟黃昏館，找到組織的據點，把他們的核心資料銷毀，絕不能讓他們再用aptx4869傷害更多人！”
柯南點點頭，轉頭對直樹說：“直樹，你和俊也先跟我們去阿笠博士家，那裡比較安全。等我們處理完黃昏館的事情，再送你們回來。”直樹感激地點點頭：“謝謝你們，如果不是你們，我和俊也可能早就被黑衣人抓走了。”
眾人收拾好照片和紙條，帶著直樹和俊也往阿笠博士家趕。路上，柯南給目暮警官打了個電話，簡單說明了黃昏館的情況，希望警方能配合行動。目暮警官雖然對“黑衣組織”的存在還有些懷疑，但考慮到廣田教授的死和直樹被追殺的事情，還是同意派警力支援。
到達阿笠博士家後，博士立刻根據照片上的圖紙，繪製出黃昏館的大致結構。灰原則在電腦上查閱黃昏館的曆史資料，發現那棟彆墅曾經的主人，竟然是一位和黑衣組織有過合作的企業家，後來因為分贓不均，被組織滅口，彆墅也被一把火燒了。
“看來黃昏館的地下室，就是組織在那場火災後秘密重建的。”灰原指著電腦屏幕上的資料，“地下室裡可能有通風管道和秘密出口，我們進去的時候要多加小心，琴酒和伏特加很可能也在那裡。”
夜一從背包裡拿出一把折疊刀和一個手電筒：“我準備了一些應急工具，等會兒我們和警方彙合後，一起進入黃昏館。柯南，你和灰原跟在我後麵，注意保護好自己，不要輕易分開。”
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柯南點點頭，從口袋裡掏出麻醉針手表和足球腰帶：“我也準備好了，要是遇到組織的人，我能拖延一點時間。”
一切準備就緒後，眾人分成兩撥：阿笠博士帶著直樹和俊也留在家裡，負責遠程支援，通過電腦監控黃昏館周圍的情況；柯南、夜一、灰原則和目暮警官帶領的警力彙合，前往黃昏館。
車子行駛在通往市郊的山路上，夜色越來越濃，周圍的樹木在月光下投下詭異的影子，讓人心裡發毛。灰原靠在車窗上，看著外麵的夜色，小聲對夜一說：“我總覺得，這次去黃昏館，不會那麼順利。組織的人很狡猾，說不定早就設好了陷阱。”
夜一握住她的手，輕聲安慰：“彆擔心，我們有警方支援，還有柯南在，一定能應付。就算遇到陷阱，我們也會一起想辦法解決。”灰原看著夜一堅定的眼神，心裡的不安漸漸消散，她輕輕回握住夜一的手，點了點頭。
半小時後，車子到達黃昏館附近。目暮警官讓警員們在周圍布控，防止組織的人逃跑，然後帶著柯南、夜一、灰原，小心翼翼地靠近彆墅。黃昏館的外牆已經被大火燒得漆黑，窗戶破碎不堪，門口雜草叢生，看起來陰森恐怖。
柯南拿出手電筒，照亮門口的地麵：“大家小心，地上可能有陷阱。”夜一則仔細檢查門口的門鎖，發現門鎖已經生鏽，但上麵有新鮮的劃痕，說明最近有人來過。
“門鎖是被人撬開的，組織的人肯定已經在裡麵了。”夜一從口袋裡掏出一根鐵絲，輕輕插入鎖孔，很快就打開了門。四人走進彆墅，一股灰塵和黴味撲麵而來，客廳裡的家具早已腐爛，地上散落著破碎的玻璃和木頭。
“地下室的入口應該在書房裡。”灰原根據圖紙的提示，帶領眾人往書房走去。書房裡的書架已經倒塌，地上有一個被木板蓋住的洞口，木板上有明顯的挪動痕跡。
目暮警官示意警員們做好準備，然後和夜一一起掀開木板。洞口下麵是一段陡峭的樓梯，散發著一股陰冷的氣息。柯南用手電筒照了照樓梯，發現樓梯上沒有灰塵，說明經常有人上下。
“我們下去吧，注意保持安靜。”柯南帶頭走下樓梯，夜一和灰原跟在後麵，目暮警官和幾名警員殿後。樓梯下麵是一條長長的走廊，走廊兩側的牆壁上，每隔一段距離就有一盞應急燈，發出微弱的紅光，將周圍的影子拉得很長。
走了大概幾十米，走廊儘頭出現了一扇鐵門。鐵門上有一個密碼鎖，密碼鎖旁邊貼著一張紙條，上麵寫著：“解開夏目漱石的謎題，才能打開真相之門。”
“又是夏目漱石的謎題！”柯南皺起眉頭，開始思考。灰原則盯著密碼鎖，輕聲說：“密碼鎖是四位數，夏目漱石的作品裡，有沒有和數字相關的內容？”
夜一突然想起什麼：“《我是貓》裡，主人公曾經說過‘我出生在明治三十八年’，明治三十八年就是1905年；還有《少爺》的出版年份是1906年，《心》是1914年……”
“不對，”柯南搖搖頭，“之前教授的軟盤密碼是結合了誕辰和代號，這次的謎題可能和畫裡的暗號有關。畫裡的暗號是‘315，722，129’，如果把這些數字轉換成月份和日期，3月15日是夏目漱石的忌日，7月22日是《我是貓》的首發日，12月9日是他的結婚紀念日……”
“忌日、首發日、結婚紀念日……”灰原突然眼前一亮，“這些日子對應的數字，會不會就是密碼？315、722、1209，但密碼鎖是四位數，說不定是取每個日期的最後兩位？15、22、09，不對……”
就在這時，柯南注意到密碼鎖旁邊的牆壁上，刻著一行小字：“貓的眼睛，看到了數字的秘密。”他立刻想到《我是貓》裡，主人公經常透過窗戶看外麵的世界，“貓的眼睛……窗戶！書房裡的窗戶，是不是對應著什麼數字？”
眾人立刻回到書房，柯南仔細觀察書房的窗戶。窗戶是方形的，分成了九宮格，其中有幾格玻璃上有細微的劃痕，組成了數字“1”“9”“0”“5”——正是《我是貓》主人公出生的年份1905年！
“密碼是1905！”柯南立刻跑回地下室，在密碼鎖上輸入“1905”。隨著“哢噠”一聲，鐵門緩緩打開，裡麵是一個巨大的實驗室。實驗室裡擺滿了各種實驗設備，架子上放著很多裝著液體的試管，牆上的屏幕上顯示著aptx4869的實驗數據。
“這裡就是組織的核心實驗室！”灰原看著眼前的一切，身體微微發抖——這裡和她曾經在組織裡待過的實驗室一模一樣，充滿了冰冷的藥水味和死亡的氣息。
突然，實驗室的燈光瞬間亮起，琴酒的聲音從揚聲器裡傳來，帶著冰冷的嘲諷：“雪莉，我們就知道你會來這裡。你以為找到軟盤，找到黃昏館，就能摧毀組織嗎？太天真了。”
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柯南和夜一立刻警惕起來，環顧四周：“琴酒！你出來！彆躲在暗處裝神弄鬼！”
“彆急，”琴酒的聲音繼續傳來，“我給你們準備了一份禮物。實驗室的通風管道裡，裝滿了易燃氣體，隻要我按下開關，這裡就會變成一片火海。你們隻有十分鐘的時間，要麼交出軟盤和畫裡的線索，要麼和這裡一起毀滅。”
夜一立刻檢查通風管道，發現裡麵果然有氣體泄漏的聲音。目暮警官趕緊讓警員們尋找出口：“大家快找出口，我們不能被困在這裡！”
柯南則盯著牆上的屏幕，突然發現屏幕上的實驗數據裡，有一串奇怪的代碼：“e07，s12，03，n18”。“這是經緯度！”柯南立刻拿出手機，輸入代碼，發現對應的位置是市郊的一個廢棄工廠——和之前假鈔團夥的窩點很近！
“琴酒肯定把核心資料轉移到了那個工廠！”柯南大聲說，“我們必須儘快離開這裡，去那個工廠！”
灰原看著實驗室裡的設備，突然想到什麼：“通風管道裡的易燃氣體，是通過管道從外麵輸送進來的，隻要找到輸送管道的閥門，就能關閉氣體供應！”她帶領眾人往實驗室的角落跑去，那裡果然有一個紅色的閥門，上麵寫著“氣體控製閥”。
夜一立刻轉動閥門，氣體泄漏的聲音漸漸消失。琴酒的聲音再次傳來，帶著憤怒：“可惡！雪莉，你以為這樣就能逃掉嗎？我會讓你們付出代價的！”揚聲器裡傳來一陣電流聲，然後就沒了動靜。
眾人鬆了口氣，目暮警官立刻聯係外麵的警員，讓他們去柯南找到的經緯度位置埋伏。然後帶領眾人從實驗室的秘密出口離開，回到了地麵。
“雖然沒能抓住琴酒，但我們毀掉了組織的核心實驗室，還找到了他們的新據點，已經算是成功了。”柯南看著遠處的夜空，輕聲說，“而且我們還有軟盤裡的資料，隻要研發出解毒劑，就能徹底擺脫組織的威脅。”
夜一拍拍他的肩膀：“沒錯，接下來我們要做的，就是和博士、灰原一起，加快解毒劑的研發，同時配合警方，摧毀組織的新據點。總有一天，我們會把組織徹底消滅，讓所有被他們傷害的人，都能得到救贖。”
灰原看著兩人堅定的眼神，嘴角露出了一絲淡淡的笑容。她知道，未來的路還很長，還會有很多困難和危險，但隻要和柯南、夜一、阿笠博士，還有少年偵探團的大家在一起，她就有勇氣走下去，去迎接屬於自己的光明。
車子行駛在回家的路上，月光透過車窗，灑在眾人的臉上。柯南拿出手機，給阿笠博士打了個電話，告訴他們事情的經過。電話那頭，直樹和俊也的聲音傳來，帶著感激和安心。
夜一轉頭看向灰原，發現她已經靠在椅背上睡著了。她的呼吸很輕，長長的睫毛在月光下投下淺淺的陰影，原本緊蹙的眉頭也舒展開來，看起來少了平日的清冷，多了幾分柔和。夜一放慢了呼吸，悄悄調整了座椅角度，讓她靠得更舒服些，又把外套往上拉了拉，蓋住她露在外麵的手腕。
柯南從後視鏡裡看到這一幕，嘴角勾起一抹淺笑，悄悄把手機調成了靜音模式——他可不想打擾這份難得的安寧。目暮警官坐在副駕駛座上，看著窗外掠過的路燈，輕聲感歎：“沒想到真的有這樣的組織存在，還好有你們這些孩子，不然我們還被蒙在鼓裡。”
車子駛入市區時，天邊已經泛起了魚肚白。阿笠博士早已在門口等候，看到他們回來，立刻迎了上去：“怎麼樣？有沒有遇到危險？直樹和俊也一直在擔心你們。”
“放心吧博士，我們沒事。”柯南跳下車，伸了個懶腰，“雖然讓琴酒跑了，但我們毀掉了他的實驗室，還找到了新據點的線索，算是大獲全勝！”直樹和俊也也從屋裡跑出來，看到夜一和灰原平安歸來，臉上露出了開心的笑容。
灰原被門口的動靜吵醒，揉了揉眼睛，看到熟悉的環境，心裡瞬間安定下來。夜一伸手扶她下車，輕聲說：“累了吧？先去樓上休息一會兒，早餐我讓博士準備你愛吃的三明治。”灰原點點頭，跟著阿笠博士往門口走去，走了兩步，又回頭看了夜一一眼，眼底帶著一絲不易察覺的暖意。
接下來的幾天，少年偵探團暫時停下了委托任務，全力協助阿笠博士和灰原研發解毒劑。柯南把黃昏館的經緯度信息交給了警方，目暮警官帶領警力對廢棄工廠進行了秘密監控，隻等合適的時機一舉搗毀組織的新據點。
直樹和俊也的父母從外地趕回來後，特意帶著兄弟倆來到阿笠博士家道謝。直樹把夏目漱石的肖像畫送給了柯南，說：“這幅畫裡藏著爸爸的心願，現在交給你們，一定能幫爸爸完成摧毀組織的目標。”柯南鄭重地接過畫，說：“我們一定會的，絕不會讓你爸爸的努力白費。”
周末的清晨，帝丹小學的操場上，少年偵探團的五人圍坐在一起。元太啃著鰻魚飯團，含糊不清地說：“下次我們還要一起破案！最好是能抓住那些黑衣人，讓他們再也不能欺負人！”光彥推了推眼鏡，點頭附和：“沒錯！我們還要幫博士找到解毒劑！”
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步美看著柯南和灰原，笑著說：“柯南和灰原總是一起研究資料，就像小夫妻一樣呢！”灰原的臉瞬間紅了，連忙低下頭假裝看草地；柯南也有些尷尬，撓著頭說：“步美，彆亂說啦！我們隻是在研究解毒劑而已！”夜一坐在旁邊，看著兩人慌亂的樣子，忍不住笑了起來——他知道，這份悄悄萌發的情愫，會和他們對抗組織的決心一起，慢慢生根發芽。
夕陽西下時，夜一送灰原回家。走到阿笠博士家樓下，灰原突然停下腳步，從口袋裡掏出一個小小的玻璃瓶，遞給夜一：“這是我用軟盤裡的資料，調配出的初步解毒劑樣本，雖然還不能讓人完全變回原樣，但能暫時緩解藥物的副作用。”
夜一接過玻璃瓶，看著裡麵淡藍色的液體，心裡滿是感動：“謝謝你，灰原。”
“不用謝。”灰原的臉頰微微泛紅，“其實……要謝謝你一直保護我，在我害怕的時候給我勇氣。”她頓了頓，抬頭看向夜一的眼睛，認真地說：“以後不管遇到什麼危險，我們都要一起麵對，好不好？”
夜一用力點頭，握緊了手裡的玻璃瓶：“好！不管是組織的陰謀，還是解毒劑的研發，我們都會一起麵對，永遠不會分開。”
夕陽的餘暉灑在兩人身上，把他們的影子拉得很長。灰原轉身走進阿笠博士家，走到門口時，又回頭對夜一揮了揮手。夜一站在門外，看著她的身影完全進入阿笠博士家，嘴角一直保持著上揚的弧度——他知道，隻要身邊有灰原，有柯南，有少年偵探團的大家，就算未來還有無數的困難和危險，他們也一定能勇敢地走下去，直到把黑衣組織徹底摧毀，迎來真正的光明。
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