直到順治帝親自執政後，才準許耿仲明的兒子耿繼茂繼承靖南王的爵位。
耿繼茂出生於遼東地區，屬於漢軍正黃旗。
作為靖南王耿仲明的長子，他成為了清初三藩之一。
順治六年，耿繼茂跟隨父親耿仲明出征廣東。
在戰鬥中，耿仲明不幸去世，但耿繼茂接過了父親的軍隊指揮權。
隨後，他與平南王尚可喜一同征戰，成功攻克了南雄、韶州、廣州等地，並派遣軍隊平定了肇慶、羅定、高州、雷州等地區。
順治八年四月，順治帝下達命令，要求耿繼茂繼承父親的靖南王爵位。
這個決定顯示出順治帝對耿繼茂的認可和信任，同時也表明了耿氏家族在清朝政治中的重要地位。
耿繼茂繼續肩負著維護清朝統治和穩定南方局勢的責任，為國家的統一和安寧做出了貢獻。
順治十年，潮州總兵郝尚久占據城池反叛，耿繼茂同靖南將軍喀喀木、豐順總兵吳六奇進軍圍剿。
圍困城市超過一個月，招安投降的賊將王立功使其成為內應，於是樹立雲梯登上城牆，殲滅賊人無數。
郝尚久投井而死，潮州以及饒平、揭陽、澄海、普寧等縣全部平定。
順治十一年，李定國侵擾高、雷、廉三府，進而圍攻新會。
耿繼茂和尚可喜以及靖南將軍珠瑪喇攻擊並趕走了他，李定國逃到南寧據守，又侵犯橫州。
耿繼茂統領軍隊從梧州到橫州，擊退賊人，進而征討南寧，李定國遠遠地逃竄了。
順治十三年，起初耿繼茂和尚可喜攻下廣州。
順治十七年七月，命令轉移鎮守福建。
當時鄭成功占據金門島，劫掠閩浙地區，耿繼茂既然已經轉移鎮守，和總督李率泰共同謀劃征伐剿滅，屢次上奏勝利的消息。
康熙元年，耿繼茂偵知鄭成功以狂疾死，其子鄭錦自襲偽延平王，賊黨嫌隙漸生，遵旨相機剿撫。
尋招降鄭成功族兄、偽總管鄭泰，鄭泰遣偽中軍楊來嘉赴漳州獻其偽敕印。
鄭成功弟鄭世襲、偽都督鄭賡、楊富、陳宗率偽官數百、兵眾數千降。
康熙二年十月，耿繼茂同李率泰督兵渡海，攻克廈門，賊眾驚潰。
水師提督施琅以所募荷蘭國夾板船邀擊之，斬級千餘，乘勝取浯嶼、金門二島。
鄭錦與偽侯周全斌等遁走銅山，複糾賊眾突犯雲霄、陸鼇諸衛，總兵王進功率兵與戰，斬殺過半，破賊巢於下蔡，逸賊悉墮水死。偽將張傑、吳盛率兵民來歸。
康熙三年三月，耿繼茂複與李率泰、王進功及海澄公黃梧統兵至八尺門，由海道拔銅山賊巢，鄭錦集艦數十遁台灣，餘賊或斬或降，獲戰艦軍器無算。
捷聞得旨嘉獎，複加歲俸千兩。
康熙十年正月，他如那風中殘燭般，疏陳自己的病情已至危重，懇請以長子耿精忠代理藩務，此請猶如那久旱甘霖，得旨俞允。
可以說耿仲明和耿繼茂二人，為大清統一中華，立下了汗馬功勞。
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