唐開元年間，汴州有書生姓柳名子衿，字子清，乃前朝柳宗元旁支後裔。年方弱冠，容貌俊朗，通曉經史，尤工詩詞。然家道中落，唯餘城西老宅一棟，薄田數畝，與老仆福伯相依為命。
是年秋闈，子衿辭彆福伯，攜書篋赴長安應試。行至潼關，忽遇暴雨，見山麓有古刹，急趨避之。簷下先有一老者倚柱而立，青衫微濕，鶴發童顏，手持藥鋤，旁置竹簍，滿盛草藥。
子衿揖禮道：“晚生柳子衿，偶經此地，敢問長者尊號？”
老者還禮笑道：“老朽姓孫，山中采藥人耳。觀公子氣象，可是赴京應試？”
二人敘談間，雨愈急。忽聞寺內哭聲哀切，循聲見一婦人跪於佛前，懷中幼子麵如金紙，氣若遊絲。
孫翁上前探看，蹙眉道：“此子中毒已深，非尋常藥石可醫。”
婦人泣道：“先夫獲罪流放，妾攜幼子返京，路遇歹人，強灌毒酒，欲奪錢財...”
孫翁自囊中取金針七枚，刺患兒要穴，又出青瓷瓶傾藥末灌之。俄頃，患兒嘔黑血升餘，漸蘇。
子衿暗驚其術。雨歇辭彆時，孫翁忽道：“公子眉間隱有青氣，三日內當有奇疾發作。若信老朽，可隨我入山暫避。”
子衿雖疑，然感其醫術，遂同行入華山。
至一幽穀，茅屋三楹，藥圃環繞。夜半果覺渾身灼痛，視之肌膚現紅斑如蛛網。孫翁施針用藥，三日方愈。告曰：“此乃潼關客棧中的蜈蚣蠱，必是有人暗算。”
子衿驀然憶起，考前曾拒汴州太守請托，為其紈絝子代筆。太守羞惱，竟下此毒手！
養屙期間，子衿助孫翁整理藥草，見其室中醫典浩瀚，多有孤本。翁笑言：“老朽孫思邈族裔，避世在此五十載矣。”
某日曝書，忽從《千金要方》夾頁落殘卷半幅，墨跡古奧，繪人體奇經八脈，題《青囊秘要》。孫翁歎道：“此乃華佗失傳之術，可惜僅存半卷。”
子衿天資聰穎，月餘竟識得百草性情。翁奇之，儘授岐黃之妙。
忽一日，京中驛使至，帶來福伯血書。原來子衿離汴後，太守誣其科場舞弊，抄沒家產，老仆下獄，宅院改作太守彆業。
子衿悲憤欲絕，即欲下山複仇。孫翁阻曰：“彼官居四品，豈是布衣可撼？老夫有三策授君。”
翁取錦囊三枚，囑道：“青囊醫病，赤囊醫心，玄囊醫世。依次拆之，不可妄為。”
又贈青布藥囊：“此中自有奇緣，慎之重之。”
子衿夜宿潼關驛，忽聞鄰室呻吟不止。窺之見一官員腹大如鼓，冷汗涔涔。從人言乃工部侍郎張說，奉旨巡察河工。
子衿憶孫翁所授，斷為水蠱之症。施針放血，又取車前子、牽牛子等藥急煎。至曉，侍郎疾愈，感其恩德，邀與同行。
至洛陽，適逢皇妹永樂公主患怪疾，肌膚皴裂如樹皮，太醫束手。張說舉薦子衿，帝召入宮。
子衿觀公主脈象，斷曰：“此非病也，乃中南詔瘴癘之毒。”取藥囊中七葉蓮搗汁敷之，三日肌膚光潔如初。
帝大悅，問所欲賞。子衿伏地泣訴汴州太守構陷之事。帝怒，遣禦史查辦，果得實情。太守奪職下獄，家產儘歸子衿。
時值疫病流行，子衿設義診於相國寺，活人無算。百姓感戴，稱“柳菩薩”。忽有黑衣女子日暮來訪，呈玉牌曰：“家主有請。”
隨行至城外廢觀，但見蛛網密布，唯神像後暗門潔淨。入地道裡許，豁然開朗，竟藏精舍數間。
病榻上臥一老嫗，麵覆黑紗，氣促聲嘶：“老身琅琊王氏，中毒十年矣。聞公子妙手，特來相求。”
子衿診脈大驚：“此非中原之毒，似苗疆蠱術？”
老嫗歎道：“公子果然神技。老身乃天後朝女官，當年親見王皇後...”言未竟忽噴黑血。