洪武十六年4080年）三月初一為甲辰日，皇帝認為雲南已經平定，命令長興侯耿炳文前去告知征南將軍、潁川侯傅友德、左副將軍、永昌侯藍玉、右副將軍、西平侯沐英說：‘你們長時間在外麵辛勞，如今蠻夷已經被平定，可以撤軍回朝了。’至於快慢的日期，應該自己審察估量。
又下旨給西平侯沐英說：“雲南雖然被平定了，但是各個蠻族的心中還懷有二心心存疑慮且懷有異心），大軍一旦撤回，恐怕他們互相煽動勾結煽動）造成禍患，你就留下來鎮守這裡，安撫平定當地），到時候再召你回來。”
蘄州發生火災，燒毀了官府和百姓的房屋以及倉庫。
乙巳日，馬湖府知府瑉德前來朝見，進獻了十八匹馬。皇帝下詔書賞賜一套衣服、二十石米、三十錠錢鈔。
庚戌日，皇上與侍臣談論曆代創立帝業以及國運長短的問題。侍臣們都說：“前代國運長久的，沒有超過西周的，其次沒有比得上漢朝的。”諫議大夫唐鐸進言說：‘三代以後，出身平民而擁有天下的，隻有漢高祖和陛下而已。’陛下祖宗積累德行與善事，到了陛下這裡，於是承受天命，以我來看，陛下）不是漢高祖所能比得上的。漢高祖廢除了秦朝的嚴刑峻法。夾雜著霸道而不純粹。陛下廢除胡人和元朝的弊政，完全恢複中國古代賢明君主時的舊製，這就是所說的治理亂世，使之回歸正道。漢高祖不學習詩書，陛下留心於聖人的學說，告誡天下，親自寫詔書，高超卓絕，與《尚書》中的典謨訓誥互為表裡。漢高祖最初想定都洛陽，聽了婁敬的話，才定都關中。陛下一旦渡過長江，就把金陵作為建立國都的地方，這千秋萬代的基業，本來就已經在此開始奠定了，所以說這一點）不是漢高祖所能比得上的。
皇上說：“周家從公劉、後稷開始，世代積累忠誠厚道的品德，到文王的時候已經擁有天下的三分之二，武王才得到整個天下。”如果讓周朝在那以後的君主不是成王、康王那樣的君主，大臣不是周公、召公那樣的大臣，進一步修養他們的品德，那麼文王、武王的帝業，怎麼能夠達到八百年之久呢？《尚書》說：‘上天對人沒有親疏之分，隻輔佐有德行的人。’假使我的後代子孫都像周成王、周康王一樣，輔佐的大臣都像周公、召公一樣，那麼就可以祈求上天賜予永久的國運，國家的福運就會更加昌盛。侍臣叩頭說：“陛下說的這番話，是宗廟社稷萬年的福氣啊。”
癸醜日夜晚，月亮侵犯了軒轅座右角星。
乙卯日，蘭州衛指揮僉事蕭起去世，朝廷派官員前去吊祭，撫恤他的家人。
任命承敕郎茹瑺擔任通政使司右參議，給事中陳潤擔任戶部右侍郎。
原元將校金鐵馬等人從遼東前來投降，皇帝下令賜給他們每人一套衣服。
追贈已故的龍虎衛指揮使胡斌為榮祿大夫、同知都督府事。詔書說：‘身披鎧甲，露宿霜天，頂風冒雨，驅逐蠻夷，安定中國，像這樣尊奉君主，不是英勇俠義之士，難道能做到嗎？’以前西南各少數民族不遵守朝廷的政令教化，我命令大將率領三十萬軍隊前去討伐他們，各位將領聽從命令，少數民族被平定。隻是你戰死在戰場上，現在特彆追封加贈為榮祿大夫、同知都督府事，在陰間報答你，讓活著的人享受俸祿，死去的人享受祭祀，還有什麼遺憾呢！胡斌，是都督胡海洋的兒子。胡斌）跟隨軍隊征討雲南，路過曲靖黑鬆林，突然遇到蠻寇，胡斌和他們作戰，被流矢射中身亡，皇帝特彆下令加升三等褒獎追贈。
西番打煎爐長河西土官、原元朝右丞剌瓦蒙再次派理問高惟善和他的侄子萬戶若剌來朝見，進獻馬匹和土特產，皇帝下令賜給他們不同數量的鈔錠、衣服。
己未這一天，青海的酋長失剌巴等七個人，西番的酋長朵裡隻約等三個人前來歸降，皇帝下詔書賞賜給他們數量不等的華麗絲織品和銀錠。
夜裡，有一顆紅色的星星，從建星升起，向東南方向運行了二丈多遠，有兩顆小星跟隨著它，最後）到了雲中消失了。
辛酉日，車裡土族首領刀砍派他的侄子禮祿進獻大象及當地特產，皇帝下詔賜給禮祿一套衣服，十錠鈔。不久又賜給刀砍及禮祿織有金色花紋的精美絲織品九匹，綢緞也是九匹，錢鈔八十錠，衣服五十件，因為他們當初帶著貢品來朝廷朝拜的緣故。
壬戌日，西番打煎爐長河西的僧人答兒八堅千前來朝拜，皇帝賞賜給他一套僧衣。
癸亥日，賜給雲南來投降的將校家屬八百六十一人夏天的衣服。
丙寅日，皇帝對戶部官員說：“鳳陽是朕的故鄉，那裡有皇陵。從前漢高帝出生在豐、沛，發跡於豐、沛，他建立了帝業以後，豐、沛的百姓，一直到漢朝結束都受到恩惠。我現在永遠免除鳳陽、臨淮二縣的稅糧和徭役，應該張貼告示曉諭百姓，讓他們知道我的心意。
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己巳日，召回回珀、珀到京城，賜給他們衣服、頭巾、靴子、襪子。馬依澤精通天文曆法，在寧波府鄞縣居住，有人把他的名字報告給皇帝，所以皇帝召見了他。
壬申日，皇帝命令四川布政使司：“從今以後，如果沒有朝廷的旨意，不得擅自向蠻夷官司發文，以免引發邊境事端。”
任命殿廷儀禮司序班楊盤擔任國子監助教。楊盤起初擔任江西參政，後來因事獲罪被降為序班，到這時改任助教。
朝廷廢除了天下府州縣的提刑司和按察分司。當初，很多人向皇帝報告說地方官員貪婪卑鄙、違法亂紀，所以在直隸府、州、縣設置了巡按監察禦史，在各個布政司所屬的地方設置了試僉事，都是由秀才擔任，每個人都有印章，分彆被派到郡縣。不久以後，實行的措施大多違背常理，因此全部廢除了。
命令刑部尚書開濟商議擬定有關欺詐作偽的律條。
夏四月甲戌初一，皇帝在太廟舉行祭祀。
乙亥日，皇上對身邊的侍臣說：‘君主不能沒有喜好崇尚的東西，關鍵應當謹慎對待自己的喜好崇尚）。’大概喜好功勞，那麼貪圖名聲的人就會被進用；喜好錢財，那麼講求財利的人就會被進用；喜好權術，那麼遊說空談的人就會被進用；喜好阿諛奉承，那麼花言巧語、奸佞的人就會被進用。那些偏愛自己所喜好的東西的人，很少有不使自己的內心受累的。所以喜好功業不如喜好德行，喜好錢財不如喜好廉潔，喜好權術不如喜好誠信，喜好阿諛奉承不如喜好正直。喜好符合正道，就沒有不治理好的；喜好偏離正道，就沒有不混亂的，所以不可以不慎重。
丙子日，任命承敕郎劉逢吉為吏部侍郎進行試用。
丁醜日。鬆州衛指揮僉事耿忠說：‘臣所管轄的鬆潘等處安撫司各簇長官司，應該根據戶口數量，衡量他們的民力，每年命令他們繳納馬匹設立驛站，將他們的百姓登記為驛夫，來承擔徭役。’皇帝聽從了他的話。