初元元年公元前48年）
春天正月辛醜日，漢宣帝被安葬在杜陵，朝廷大赦天下。
到了三月丙午日，王氏被立為皇後，她的父親王禁被封為陽平侯。朝廷拿出三輔、太常、郡國公有的田地以及可以精簡的皇家園林，用來安置和幫助貧苦百姓。對於那些資產不足一千錢的窮人，朝廷還提供種子和糧食的貸款。同時，漢宣帝外祖父平恩戴侯的表弟、擔任中常侍的許嘉被封為平恩侯。
夏天六月，因為百姓中流行疫病，皇帝下令太官減少膳食供應，削減樂府的人員編製，減少皇家園林中馬匹的數量，用節省下來的資源賑濟生活困難的百姓。
秋天九月，關東十一個郡和國發生了嚴重的水災，饑荒肆虐，甚至出現了人吃人的悲慘景象。朝廷緊急從周邊郡縣調撥錢糧進行救災。
皇帝早就聽說琅邪的王吉和貢禹精通儒家經典，品行高潔，就派使者去征召他們。可惜王吉在途中因病去世，貢禹到達後被任命為諫大夫。皇帝多次虛心地向貢禹請教治國理政的方法，貢禹上奏說：“古時候君主生活節儉，隻征收十分之一的賦稅，沒有其他雜稅和徭役，所以家家戶戶都能自給自足。高祖、文帝、景帝的時候，宮裡的宮女不過十幾人，馬廄裡的馬匹也隻有一百多匹。但後來的人爭相追求奢侈，而且越來越嚴重，大臣們也跟著效仿。我覺得完全回到遠古時代的做法很難，但也應該稍微借鑒古代的做法來約束自己。現在宮殿已經建好了，沒辦法改變，但其他方麵都可以減少浪費。以前，齊國負責製作王室禮服的機構，每年進貢的衣物不過十箱；現在，齊國這三個製作禮服的機構，每個都有幾千名工人，一年花費的錢財數以萬計，皇家馬廄裡吃糧食的馬將近一萬匹。漢武帝的時候，又選了很多美女，後宮人數達到幾千人。等到他去世，陪葬了大量的金銀財寶、鳥獸魚鱉等一百九十種東西，還把很多宮女安置在陵園裡守陵。到了孝宣皇帝的時候，陛下不好說什麼，大臣們也照著舊例辦，這實在讓人痛心！上行下效，導致天下人娶媳婦都追求數量多，諸侯的妻妾有的多達幾百人，有錢有勢的官吏和百姓養的歌女也有幾十人，這就使得宮裡有很多怨恨難平的女子，宮外有很多單身漢。普通百姓埋葬親人時，也在地上大建墳墓，浪費錢財。這些過錯的根源在於上麵，大臣們因循守舊也有很大責任。希望陛下深入了解古代的治國之道，選擇節儉的做法。大量減少皇帝使用的車馬服飾等器物，削減三分之二；從後宮裡挑選賢良的女子，留下二十人，其餘的都送回家，各個陵園裡沒有子女的宮女，也都應該遣散；馬廄裡的馬匹保留幾十匹就夠了，隻留下長安城南的皇家園林作為打獵的地方。現在天下鬨饑荒，難道不應該大力削減開支來拯救百姓，順應天意嗎？上天降生聖人，是為了萬民，不隻是讓他自己享受的！”皇帝覺得他說得很有道理，就下詔書，命令那些很少有皇帝臨幸的宮館不用修繕；太仆減少喂馬的糧食；水衡減少喂養食肉動物的肉類。
司馬光評論說：忠臣侍奉君主，應該先指出那些困難但重要的問題，這樣相對容易的問題不用費力就能解決；彌補君主的短處，那麼君主的長處自然會得到發揚。漢元帝剛即位的時候，虛心向貢禹請教，貢禹應該先講當下最緊急的事情，再講不太著急的。當時，皇帝做事猶豫不決，奸臣當道弄權，這才是最大的禍患，貢禹卻沒有提到；而恭謹節儉，本來就是漢元帝一直想做的，貢禹卻反複強調，這是為什麼呢？如果貢禹的智慧不足以認識到這些問題，那他怎麼能算賢能之人呢？要是他明明知道卻不說，那罪過就更大了！
匈奴的呼韓邪單於又上書，說百姓生活困苦。皇帝下詔讓雲中、五原郡調撥兩萬斛糧食給匈奴。
這一年，漢朝首次設置戊己校尉，派他們在車師舊地屯田。
初元二年甲戌，公元前47年）
春天正月，皇帝到甘泉宮，在泰畤舉行祭天儀式。樂陵侯史高憑借外戚的身份主管尚書事務，前將軍蕭望之、光祿大夫周堪擔任他的副手。蕭望之是有名的儒者，他和周堪都因為曾經是皇帝的老師，受到皇帝的信任，皇帝多次召見他們，一起談論國家的治亂興衰，謀劃治國大事。蕭望之推薦宗室中精通經術、品行端正的散騎、諫大夫劉更生擔任給事中，讓他和侍中金敞一起在皇帝身邊，隨時糾正皇帝的過失。這四個人齊心協力，用古代的製度來勸導皇帝，提出了很多改革建議，皇帝大多都采納了。史高在這個位置上隻是掛個名，沒什麼實際作為，因此和蕭望之產生了矛盾。
中書令弘恭、仆射石顯，從漢宣帝時期就長期掌管朝廷機要事務，熟悉法令條文。漢元帝即位後身體不好，因為石顯長期處理政務，又是宦官沒有外麵的黨羽，看起來專注可靠，就把政事委托給他。不管事情大小，都通過石顯向皇帝彙報並做出決定，石顯因此權傾朝野，大臣們都對他恭敬有加。石顯這人聰明機靈，善於辦事，能摸透皇帝的心思。但他內心陰險狠毒，擅長詭辯，經常用不正當的手段中傷彆人，誰要是得罪了他，哪怕是一點小矛盾，他都會用嚴酷的法律來報複。他還和車騎將軍史高相互勾結，在討論事情的時候，總是堅持舊例，不聽從蕭望之等人的意見。
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蕭望之等人對許氏、史氏外戚的驕縱行為很不滿，也痛恨弘恭、石顯專權，就向皇帝建議說：“中書是政務的根本，國家的關鍵部門，應該讓賢明公正的人來掌管。漢武帝因為經常在後宮遊樂飲宴，才任用宦官掌管中書，這不符合古代的製度。應該廢除由宦官擔任中書的做法，這才符合古代不親近受過刑罰之人的道理。”這一下就得罪了史高、弘恭和石顯。皇帝剛即位，為人比較謙遜，也不輕易改變舊製，這件事討論了很久都沒有結果，最後還把劉更生調出京城，擔任宗正。
蕭望之、周堪多次推薦有名的儒者和傑出人才擔任諫官。會稽的鄭朋暗地裡想攀附蕭望之，就上書揭發車騎將軍史高派人在各地謀取私利，還說了許氏、史氏子弟的種種過錯。奏章交給周堪後，周堪請示皇帝，讓鄭朋在金馬門等待詔令。鄭朋還寫信給蕭望之，說：“現在將軍您的打算，是像管仲、晏嬰那樣就滿足了，還是要繼續努力，達到周公、召公那樣的成就呢？要是隻想達到管仲、晏嬰的水平，那我就回老家隱居，一輩子不再出來。要是將軍您想複興周公、召公的事業，廣泛聽取意見，那我願意竭儘全力為您效勞！”蕭望之剛開始見到鄭朋時，還熱情接待，但後來發現他品行不正，就不再和他來往。鄭朋是楚地人，心裡怨恨，就轉而投靠許氏、史氏，把之前說許氏、史氏的那些話都推到周堪、劉更生身上，說：“這些都是周堪、劉更生教我說的，我一個關東人，怎麼會知道這些事！”於是侍中許章向皇帝稟告，讓皇帝召見鄭朋。鄭朋出來後，到處宣揚說：“我跟皇帝說了前將軍蕭望之五個小過錯，一個大罪過。”還有個叫華龍的待詔，品行不端，想加入周堪等人的陣營，周堪他們沒接納他，他就和鄭朋勾結在一起。
弘恭、石顯讓鄭朋、華龍上書告發蕭望之等人謀劃罷免車騎將軍史高，排擠許氏、史氏外戚的情況。等蕭望之休假外出的時候，讓鄭朋、華龍把奏章遞了上去。皇帝把這件事交給弘恭去調查。蕭望之回答說：“外戚在位的人大多奢侈淫亂，我這麼做是想匡正國家，不是為了私利。”弘恭、石顯卻上奏說：“蕭望之、周堪、劉更生結黨營私，互相吹捧推薦，多次誣陷大臣，離間皇室親戚關係，想要獨攬大權。作為臣子不忠，欺騙陛下，犯了大逆不道之罪，請陛下下令讓謁者把他們召到廷尉那裡受審。”當時皇帝剛即位，不明白“召致廷尉”就是關進監獄的意思，就批準了這個奏章。後來皇帝要召見周堪、劉更生，才知道他們已經被關進監獄了。皇帝大吃一驚，說：“我以為隻是讓廷尉問問話而已！”就責備弘恭、石顯，兩人都磕頭謝罪。皇帝說：“那就放他們出來繼續辦事吧。”弘恭、石顯卻讓史高對皇帝說：“陛下剛即位，還沒來得及向天下展示您的德政，就先懲治自己的老師。既然已經把九卿、大夫下了獄，就應該趁機免去他們的官職。”於是皇帝下詔書給丞相、禦史說：“前將軍蕭望之，做了我八年的老師，沒有其他罪過。現在這件事時間隔得久了，有些情況也記不清了，難以查明真相。赦免蕭望之的罪過，收回他前將軍、光祿勳的印綬；周堪、劉更生都免為平民。”
二月丁巳日，皇帝立弟弟劉竟為清河王。
戊午日，隴西發生地震，城牆、房屋都被毀壞，很多人被壓死。
三月，朝廷封廣陵厲王的兒子劉霸為王。皇帝下詔書，下令停止飼養供皇室玩樂的狗馬，把水衡掌管的禁囿、宜春下苑，少府佽飛外池、嚴篽池的土地，都租借給貧苦百姓耕種。還大赦天下，公開征召才能出眾、敢於直言進諫的人才。
夏天四月丁巳日，皇帝立兒子劉驁為皇太子。待詔鄭朋向皇帝推薦太原太守張敞，說他是漢宣帝時期的名臣，適合做皇太子的老師。皇帝就此事詢問蕭望之，蕭望之認為張敞確實是個有能力的官員，處理繁雜混亂的事務很有一套，但他性格輕佻，不是當太子老師的合適人選。皇帝還是派使者去征召張敞，想讓他擔任左馮翊，可惜張敞在途中因病去世了。
之後，皇帝下詔賜蕭望之關內侯的爵位，讓他擔任給事中，每月初一和十五上朝。這時候，關東地區發生饑荒，齊地甚至出現了人吃人的慘狀。
秋天七月己酉日，又發生了地震。皇帝再次征召周堪、劉更生，想讓他們擔任諫大夫。但弘恭、石顯進讒言，結果兩人隻被任命為中郎。
皇帝一直非常器重蕭望之，還想讓他當丞相。這可惹惱了弘恭、石顯，還有許氏、史氏的子弟，以及其他侍中、諸曹官員，他們都對蕭望之等人恨得牙癢癢。劉更生就叫自己的親戚向皇帝上書，說：“這次地震恐怕是因為弘恭這些人作惡，而不是因為三個孤苦無依的人。我覺得應該罷免弘恭、石顯，懲罰他們埋沒賢才的罪行，重用蕭望之等人，為賢能之人開辟道路。這樣，太平盛世的大門就打開了，災異也會消失。”奏章呈上後，弘恭、石顯懷疑是劉更生搞的鬼，就請求皇帝徹查。一番審訊後，劉更生果然承認了。於是劉更生被捕入獄，被免去官職成為平民。
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恰巧蕭望之的兒子、散騎中郎蕭汲也上書為父親之前的事鳴冤。皇帝把這件事交給有關部門處理，相關官員上奏說：“蕭望之之前犯的錯清清楚楚，也沒有人誣陷他。現在他卻教唆兒子上書，引用不當的詩句，有失大臣的體統，犯了大不敬之罪，應該逮捕。”弘恭、石顯知道蕭望之向來氣節高尚，不願受辱，就對皇帝說：“蕭望之之前僥幸沒被治罪，還被賜了爵位和封邑，卻不知悔改服罪，心裡滿是怨恨，還教唆兒子上書，把過錯推給陛下。他仗著自己是您的老師，就覺得肯定不會被治罪。如果不把他關到牢裡，挫挫他的傲氣，朝廷的恩威就沒辦法彰顯。”皇帝擔心地說：“蕭太傅向來剛正，怎麼會願意去坐牢呢！”弘恭、石顯卻說：“人命關天，蕭望之犯的不過是言語上的小罪，肯定不會有什麼事的。”皇帝就批準了這個奏章。
到了冬天十二月，石顯等人把詔書封好交給謁者，命令他親手把詔書交給蕭望之。同時，讓太常趕緊派執金吾的車馬去包圍蕭望之的家。使者到了之後，宣召蕭望之。蕭望之就問自己的學生、魯國人朱雲該怎麼辦。朱雲是個看重氣節的人，勸蕭望之自殺保全名節。蕭望之仰天長歎說：“我曾經擔任過將相，如今六十多歲了，老了還要進監獄，苟且偷生，多丟人啊！”接著對朱雲說：“朱遊朱雲字遊），快去拿毒藥來，彆讓我多受折磨！”最後喝毒藥自殺了。皇帝聽說後十分震驚，拍著手說：“我本來就懷疑他不會去坐牢，果然把我的好老師害死了！”當時，太官正送上午餐，皇帝卻沒了胃口，為蕭望之的死痛哭流涕，身邊的人都被感動了。皇帝把石顯等人叫來，責備他們考慮不周全，石顯等人隻好脫帽謝罪，過了好久皇帝才消氣。此後，皇帝一直思念蕭望之，每年都會派使者去蕭望之的墳前祭祀，直到皇帝去世。
司馬光評論說：漢元帝這個皇帝當得可真不怎麼樣，太容易被人欺騙，還很難醒悟！弘恭、石顯誣陷蕭望之，那些歪理邪說、陰謀詭計或許不太好分辨。但皇帝一開始就懷疑蕭望之不會去坐牢，弘恭、石顯卻保證肯定沒事，結果蕭望之真的自殺了，這就明擺著弘恭、石顯在騙人啊！哪怕是個中等才智的君主，看到這種情況，都會憤怒不已，嚴懲奸臣。可漢元帝卻不這麼做，雖然為蕭望之的死痛哭流涕、茶飯不思，但始終沒有懲處弘恭、石顯，最後隻換來他們脫帽謝罪而已。這樣下去，奸臣怎麼會得到教訓呢？這隻會讓弘恭、石顯更加肆無忌憚地乾壞事！
這一年，弘恭病死，石顯當上了中書令。
當初，漢武帝平定南越後，在那裡設置了珠厓、儋耳郡。這兩個郡在海島上，官吏士卒都是中原人，很多人欺壓當地百姓。當地百姓脾氣也暴，覺得自己遠離中原，經常違反官府禁令，幾乎每隔幾年就造反一次，殺死官吏，漢朝就派兵去鎮壓。二十多年間，一共發生了六次叛亂。到漢宣帝的時候，又發生了兩次叛亂。漢元帝即位後的第二年，珠厓山南縣造反，朝廷派兵去攻打，結果其他縣也跟著反叛，一直平定不下來。皇帝就召集大臣們商量，想大規模發兵平叛。待詔賈捐之說：“我聽說堯、舜、禹那樣的聖君，統治的地域不過幾千裡，西邊到沙漠，東邊到大海，天下各地都受到他們的德政教化。願意接受教化的就好好治理，不願意的也不強迫。所以君臣上下都歌頌功德，世間萬物都能各得其所。武丁、成王，是殷、周時期的大仁之君，他們統治的地域，東邊不超過江、黃，西邊不超過氐、羌，南邊不超過蠻荊，北邊不超過朔方。正因如此，歌頌之聲四起，百姓都安居樂業，越裳氏經過多重翻譯來朝貢，這些可不是靠武力能實現的。到了秦朝，四處興兵攻打遠方，貪圖對外擴張，國內卻空虛不堪，最後天下大亂。漢文帝停止戰爭，推行文教，那時候，一年的刑事案件不過幾百起，賦稅徭役也很輕。漢武帝整頓兵馬，抵禦四方蠻夷，結果一年的刑事案件多達上萬起，賦稅徭役繁重，盜賊四起，戰爭不斷。父親在前線戰死，兒子在後麵受傷，女子也要去守衛邊疆堡壘，孤兒在路邊哭泣，老母親、寡婦在巷子裡痛哭，這都是因為領土擴張太大、征戰不休啊！現在關東百姓長期生活困苦，流離失所。人誰不親近父母，誰不渴望夫妻和睦？可現在竟然出現了賣妻賣子的情況，法律禁止不了，道義也阻止不了，這才是國家最大的憂患啊！如今陛下因為一時的憤怒，就想派軍隊去大海中的海島，在偏遠之地爭一時之快，這可不是救助饑荒、保全百姓的辦法。《詩經》說：‘愚蠢的蠻荊，竟敢與大國為敵。’說明這些偏遠地區的部族，聖明君主在位時就最後歸服，中原王朝衰落時就最先反叛，自古以來就是大麻煩，更何況是南方萬裡之外的蠻夷呢！駱越地區的人，父子在同一條河裡洗澡，習慣用鼻子吸水，和禽獸沒什麼區彆，本來就不值得設置郡縣。他們孤孤單單地住在海島上，霧氣潮濕，有毒草、蟲蛇，還有水土不服的危害，軍隊還沒見到敵人，很多士兵就因為這些原因死了。而且，也不是隻有珠厓出產珍珠、犀角、玳瑁。放棄珠厓沒什麼可惜的，不攻打也不會損害朝廷威嚴。那裡的百姓就像魚鱉一樣，沒什麼好貪圖的！我就拿之前征討羌人的事來說，軍隊在外還不到一年，行軍路程不超過一千裡，就花費了四十多億錢，大司農的錢用光了，隻能用少府的禁錢接著花。一個地方出亂子，花費都這麼大，更何況是勞師遠征，白白損失士兵又沒有成效呢！這種做法，往古不符合聖賢之道，現在實行又沒好處，我覺得隻要不是華夏禮儀之邦，不在《禹貢》記載範圍、《春秋》所涉治理區域內的地方，都可以先不管。希望陛下放棄珠厓，專心撫恤關東百姓吧。”皇帝又詢問丞相、禦史的意見。禦史大夫陳萬年認為應該攻打，丞相於定國卻說：“之前連續幾年發兵攻打珠厓，護軍都尉、校尉及丞等官員一共十一人，隻回來了兩人，士兵和負責運輸的民夫死了一萬多人，花費了三億多錢，還沒能讓他們全部投降。現在關東地區貧困不堪，百姓人心不穩，賈捐之的建議是對的。”皇帝最終采納了賈捐之的建議。賈捐之，是賈誼的曾孫。
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初元三年公元前46年）
春天，皇帝下詔書說：“珠厓的反叛者殺害官吏百姓，背叛朝廷。現在朝廷討論這件事，有人說該攻打，有人說該堅守，有人建議放棄，大家意見不一。我日夜思考這些建議，要是覺得不殺殺他們的威風不甘心，那就去討伐；要是害怕麻煩想躲避，那就留守屯田；要是通曉時勢變化，就該為百姓擔憂。可百姓挨餓受困和不討伐遠方蠻夷，哪個危害更大呢？而且遇到災年，宗廟祭祀的祭品都無法備齊，更何況是為了避免那點屈辱就大動乾戈呢？現在關東地區非常貧困，倉庫空虛，百姓相互之間都沒辦法接濟，這時候再發動戰爭，不僅勞民傷財，災荒之年也會隨之而來。所以，撤銷珠厓郡。當地百姓有願意歸附內地、向往中原教化的，就妥善安置他們；不願意的，也不要強迫。”
夏天四月乙未日，是月末的最後一天，茂陵的白鶴館發生火災，皇帝大赦天下。
這一年夏天，還發生了旱災。
朝廷封長沙煬王的弟弟劉宗為王。長信少府貢禹向皇帝建議：“各個離宮以及長樂宮的護衛人員，可以裁減掉一大半，這樣就能減輕百姓的徭役負擔。”六月，皇帝下詔書說：“我想到百姓們饑寒交迫，還要遠離父母妻兒，去做那些並非必要的工作，守衛那些無人居住的宮殿，這恐怕不符合陰陽調和的道理。那就撤銷甘泉宮、建章宮的護衛，讓他們回家務農。各個官府都要節省開支，大家詳細上奏，不要有所隱瞞。”
這一年，皇帝再次提拔周堪擔任光祿勳，周堪的學生張猛擔任光祿大夫、給事中，兩人都深受皇帝信任。
初元四年丙子，公元前45年）
春天正月，皇帝前往甘泉宮，祭祀天神泰畤。三月，又到河東，祭祀土地神後土，並赦免了汾陰正在服刑的犯人。
初元五年丁醜，公元前44年）
春天正月，皇帝封周王室的後裔周子南君為周承休侯。三月，皇帝前往雍地，祭祀五帝。
夏天四月，參宿旁出現了彗星。皇帝采納貢禹等儒生的建議，下詔讓太官不要每天宰殺牲畜，準備的食物都減少一半；皇家飼養的馬匹，隻要保證日常使用就行。同時，取消角抵表演，關閉很少使用的上林宮館，裁撤齊地負責製作王室禮服的機構、北假地區的田官、鹽鐵官以及常平倉。還取消了博士弟子的人數限製，以便讓更多人能求學。百姓中隻要有能精通一部儒家經典的，就免除他們的賦稅徭役。此外，還刪減了七十多項刑罰條例。