光緒元年，隨著欽差大臣的任命正式下達，左宗棠並未急於揮師西進。他比誰都清楚，要橫跨萬裡荒漠，從強敵手中奪回西域，手中必須有一支兵精、餉實、械利、紀嚴的鐵軍。於是，蘭州與肅州——這兩座屹立於河西走廊的雄城，化作了他鍛造西征利刃的宏大熔爐。
蘭州城外，校場之上，朔風卷起漫天黃沙。左宗棠一身洗得發白的戎裝，端坐於帥台之上，目光如鷹隼般掃視著台下森嚴的隊列。這是麾下各路人馬首次大規模校閱：有自湖南時便追隨他南征北戰的湘軍舊部，有於陝甘招募整編的楚軍與蜀軍，還有新近歸附、眉宇間仍帶幾分桀驁的回軍——尤以董福祥部最為顯眼。
點卯開始！名冊唱過，應者卻稀落零落。左宗棠麵色一沉，聲音冷峻：“各營實到人數，與兵部冊籍相差多少？”負責點驗的營務處官員冷汗涔涔，顫聲回稟：“稟大帥…各營空額，多則三成，少亦有一成半……”所謂“空額”，便是各級軍官虛報兵數、中飽私囊的積年痼疾！
“好！好一個‘吃空餉’！”左宗棠怒極反笑，猛一拍案，“傳令！即日起，各營重造兵冊！所有兵丁，一一親到驗明正身！往後餉銀，皆按名冊實發，直達兵丁之手！有敢克扣、冒領者——”他聲調驟厲，如寒刃出鞘，“無論官職高低，立斬不赦！首級懸於轅門，以儆效尤！”
此令既出，全場死寂。幾個平日喝慣了兵血的軍官，頓時麵無人色。左宗棠隨即宣布：“凡年逾五十、體弱多病、技藝生疏者，一律裁汰！發給路費文憑，妥善遣返原籍！所省餉銀，悉數用於招募精壯、添購槍炮！”這一刀，毅然斬向軍隊的臃腫與沉屙。
肅州大營，氣氛更為肅殺。此地作為進疆前最後樞紐，左宗棠將整軍重心移至於此，事必躬親。
他深知湘軍、楚軍、蜀軍及回軍董福祥部，各有淵源，互不統屬實乃兵家大忌。遂斷然下令：“打破舊製，混編重組！”湘軍的堅韌、楚軍的驍勇、蜀軍的耐勞、回軍董福祥部的騎射之長，被有意識地熔鑄於新的營伍之中。
他大力提拔了一批敢戰能戰、不論出身的青年將弁，如湘軍出身的劉錦棠、蜀軍驍將徐占彪，以及那位被左宗棠看重其勇猛與熟悉西北情勢的回軍將領董福祥，命他們統領新編之軍，在共同操演中砥礪默契。
對於裁汰下來尚有潛力者及新募勇丁，左宗棠特設“訓勇營”。遣經驗豐富的老卒與嚴苛的教習督導，施行高強度操練：每日負重越野數十裡，跋涉於戈壁沙丘之間；火槍射擊、刀矛格鬥、騎術駕馭、掘壕築壘，無一不苛求精準；更堅持在酷暑嚴寒、風沙彌漫中演練，模擬西域極端環境。
左宗棠常親臨訓勇營，默觀士卒在風沙中揮汗如雨，乃至力竭暈厥，他麵色如鐵，心硬如石：“平日多流汗，戰時少流血！練不出這身鐵骨，如何跨得過星星峽，鬥得贏安集延悍匪？”
軍紀，是左宗棠整軍的鐵律。他頒布了極其嚴苛的《西征軍禁令》：
1.嚴禁擾民：“擅入民宅者斬！強買強賣者斬！奸淫婦女者淩遲！”他深知民心向背關乎成敗，“王者之師”聲名重於刀劍。
2.嚴禁冒功、怯戰：“臨陣退縮者斬！殺良冒功者斬！謊報軍情者斬！”
3.嚴禁貪墨、渙散：“侵蝕軍餉者斬！聚眾賭博者重責！吸食鴉片者立革！”
禁令絕非虛文。一日，肅州城內，一名湘軍老營出身的哨官強搶商販貨物，被人贓並獲扭送轅門。左宗棠不顧其戰功赫赫與同僚懇請，下令綁赴市曹，明正典刑！血淋淋的首級高懸城樓三日，全軍為之悚然，再無敢越雷池一步。
又一日，董福祥部下回軍騎兵因戰馬驚奔，踐踏百姓青苗。董福祥本想賠錢了事。左宗棠聞訊，親至董營，當眾斥責：“軍紀如山，一視同仁！踐踏青苗，亦是擾民！依律當杖！”遂命軍法官當場行刑。此舉既震懾了回軍，亦令董福祥心服，更贏得了漢回百姓的信任。
對董福祥部的整編，尤為關鍵，亦是其“剿撫兼施”戰略的體現。董福祥原為陝甘回軍首領，兵敗歸降。其人勇悍，在回部中頗有聲望，然其部下軍紀渙散，積習難改。
左宗棠親召董福祥，推心置腹：
“禹亭，爾本豪傑，昔日誤入歧途，情有可原。今朝廷不計前嫌，授爾職銜，統率舊部，乃曠世恩典！然欲為國家乾城，洗刷前辱，必先整飭軍紀，明辨大義！爾部勇則勇矣，紀律欠缺。若縱兵擾民，與昔日何異？何以麵對父老？何以報效朝廷？”
董福祥聞言，深受震動，跪地立誓：“大帥教誨，福祥刻骨銘心！必嚴束部眾，恪守軍紀，戴罪立功，以報效朝廷！”
左宗棠遂行特殊整編：保留董部核心戰力，將其精銳分散編入各營；同時調入湘軍、楚軍骨乾至董部任基層軍官與軍紀官，既加強掌控，亦促融合。
又遣熟悉回務之官員、學者入營，宣講朝廷德政，強調“保國即保教”，團結各族共禦外侮阿古柏、沙俄）。
董部餉械補給、訓練課目，皆與他軍同等。戰功必賞，違紀必懲，無一例外。
在左宗棠的鐵腕整肅與董福祥的傾力配合下，這支昔日的“回逆”武裝，終蛻變為一支紀律嚴明、驍勇善戰的西征勁旅，成為日後收複新疆，尤其是平定南疆的中堅力量。
蘭州、肅州兩大營盤，在左宗棠坐鎮下，日夜運轉不息。校場殺聲震天，匠鋪爐火通紅修造器械），糧台倉廩物資堆積如山。經汰弱留強，西征軍麵貌煥然：兵員精壯，器械嶄新，更關鍵的是，軍紀森嚴，令行禁止。昔日散漫擾民的兵痞不見蹤影，取而代之的是目光堅毅、訓練有素、深知使命的戰士。
左宗棠常巡行各營，看士卒於烈日風沙中操練，看轅門外高懸的軍令與那口靜默的黑漆棺木。他知道，手中利刃已然磨就。肅州秋風蕭瑟，卻吹不滅他胸中烈焰。整軍既畢，糧秣漸足，萬事俱備。他昂首西望，目光似已越過玉門關，鎖定了天山南北那片淪喪的國土。
“傳令各營，”左宗棠的聲音於肅州城頭響起，清晰而決絕，“加緊備戰，整裝待發！不日，兵出陽關，收複新疆！”
戈壁長風，卷著這錚錚號令，傳遍軍營每個角落。
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