萬曆三十九年的朝堂，尚未從去年科考帶來的微妙變化中喘息，便迎來了更為猛烈的政治風暴——辛亥京察。這場由吏部尚書孫丕揚主持、旨在考核京官、決定升黜的常規行政程序，在明末黨爭的發酵下，徹底演變為一場你死我活的政治清洗。
孫丕揚素以“嚴明”著稱，其背後亦有東林勢力的推動與影響。在京察大計中，大量被標記為齊黨、楚黨、浙黨以及與東林黨不睦的官員遭到貶謫、罷黜，其中不乏一些具備實務能力但派係色彩鮮明的官員。朝野為之震動，被處分者及其支持者怨聲載道。儘管朝廷明令禁止被察官員上疏自辯，但一種新的鬥爭方式出現了——編書申辯。反對者們迅速編刻了《萬曆辛亥京察記事始末》等書籍，詳細記錄京察過程，指斥孫丕揚及東林黨“挾私報複”、“考察不公”，將這些書籍在官員和士紳間私下流傳，輿論嘩然。
這場京察極大地激化了東林黨與其他政治派係的矛盾，使得朝堂之上的合作氛圍蕩然無存，任何政策的推行都難免被打上黨爭的烙印。沈驚鴻和他所代表的“技術務實派”雖未直接卷入這場政治漩渦的中心，但也深切感受到了其帶來的寒意。一些原本在軍工、財政等領域與他有合作、但屬於被清洗派係的官員去職，導致項目推進阻力增大，協調溝通變得異常困難。沈驚鴻不得不更加小心謹慎，將精力集中於技術本身，避免在公開場合對京察發表任何看法，以免引火燒身。
幾乎與京察同時，另一場政治風波——李三才入閣爭議也達到了高潮。鳳陽巡撫李三才因其反對礦稅的強硬立場和卓著的政聲，被東林黨人力推入閣。然而，他的剛直也樹敵眾多，禦史徐兆魁等人彈劾他“陰持計典”、“結黨營私”，引發朝堂激烈爭論。儘管東林領袖顧憲成等人極力為其辯護，但最終李三才還是在巨大的輿論壓力下自請去職。此事再次暴露了萬曆皇帝怠政下，中樞權力的真空與失控，以及黨爭對人才擢用的致命影響。
北疆新策與建州困局
在紛亂的朝局之外，北疆的形勢卻因沈驚鴻帶來的改變而呈現出不同的麵貌。薊遼總督王象乾，在獲得了更多由“精密製造局”生產的新式火器和得到了初步職業化訓練的部分邊軍後，底氣大增，逐漸改變了以往過於依賴“撫賞”來羈縻蒙古各部的策略。他采取更為積極的防禦姿態，加強哨探，精研戰法，並利用火器射程優勢，對敢於犯邊的部落進行更具威懾力的打擊。同時，他也並未完全放棄“撫”的手段，但將賞賜與各部表現嚴格掛鉤，恩威並施，使得邊境局勢反而比以往更加穩定。
而曾經在遼東掀起巨浪的建州女真，在努爾哈赤死後，內部權力爭奪加劇，加之失去了早期掠奪明朝邊境以壯大自身的機遇，以及麵對明軍逐漸更新的裝備和戰法，其發展勢頭受到了嚴重遏製，陷入了相對衰弱和分裂的時期。雖然仍是潛在的威脅，但短期內已無力發動大規模攻勢。這為沈驚鴻推行內部改革，爭取了寶貴的時間。
天災頻仍與格物濟世
然而，帝國的根基卻在接連不斷的天災中繼續動搖。八月，河南大水之後，又遭蝗災，飛蝗蔽野，禾稼儘毀，災民流離失所。九月，山西平遙一帶發生六級地震，屋舍傾頹，傷亡慘重。
消息傳至京師，戶部束手，朝堂之上依舊充斥著黨爭的喧囂，對於具體救災事宜卻爭論不休，效率低下。沈驚鴻再也無法坐視，他聯合徐光啟，避開黨爭鋒芒，直接向太子朱常洛上《賑災弭禍急務疏》，提出一係列基於“格物”理念和實證經驗的救災方案：
1.應對蝗災：一方麵，建議地方政府組織民眾，利用夜間火光誘捕、開挖深溝掩埋等土法撲殺；另一方麵，他根據對生態的粗淺理解，建議在蝗蟲滋生的灘塗區域嘗試組織放養鴨群生物防治雛形），並焚燒蟲卵密集地區的植被。
2.地震救災與重建：強調迅速搭建簡易窩棚參考後世抗震棚結構）安置災民，防止次生災害；建議利用水泥他已在小規模試驗燒製）和本地材料，快速修複關鍵道路和水井；提出在重建房屋時，考慮加入簡易的木質框架結構以增強抗震性，並繪製了示意圖。
3.災後防疫與民生：再次強調其與蘇卿卿、吳有性總結的隔離、消毒、飲水清潔等防疫措施，防止大疫發生。同時，強力推行“以工代賑”，利用災民疏浚河道、修複驛道、參與重建，發放糧食或工錢，既恢複生產，又穩定秩序。
這些方案具體、可行，且部分思路新穎。朱常洛在權衡後，力排眾議，下令河南、山西兩地官府“酌情采行”。儘管在推行中依舊遇到各種阻礙，但凡是能有效落實的地區，災情確實得到了更好的控製，民眾怨氣得以稍緩。沈驚鴻的名字，在底層百姓和務實官員中，逐漸與“能辦事”、“真救人”聯係在一起。
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澳門風雲與強硬立場
南方亦不平靜。葡萄牙駐澳門當局，以抵達的護航艦隊為“王家兵船”為由，拒絕像以往一樣向明朝繳納船稅。消息傳到京城，主管市舶司的官員不敢擅專，上報廷議。
多數官員主張懷柔，認為澳門葡人曆年“恭順”，為免邊釁，可稍作讓步。沈驚鴻得知後，卻在私下向太子和兵部官員陳述利害時，態度異常強硬：“此風斷不可長！澳門乃天朝土地，泊船納稅，天經地義。若以其船堅炮利便可免稅，則國威何在？日後紅毛指荷蘭人）等其他西夷紛起效仿，海疆何以寧靖？當明確告知葡人，速按舊例繳稅，並補償滯納之款。讓他們想想，那西班牙總督如今還在天牢之中，等待贖金！”
他的強硬立場，得到了部分擔憂海防的將領和希望樹立朝廷權威的官員支持。最終，朝廷向澳門葡萄牙當局發出了措辭嚴厲的敕諭，並調動廣東水師在澳門附近海域巡弋示警。在明朝罕見的強硬態度和軍事威懾下，葡萄牙人權衡利弊，最終選擇了妥協，如數繳納了稅款。此事雖小，卻標誌著明朝在沈驚鴻等少數人的影響下，開始嘗試改變以往在涉外事務上過於被動的姿態。
丁未科的新血與隱憂
這一切紛擾，萬曆三十九年的丁未科會試也錄取了一批新科進士，其中便包括了曆史上後來權傾一時的周延儒、溫體仁等人。這些新晉官員，麵對的是京察後更加對立、僵化的朝堂格局。他們或選擇依附一方，或試圖獨善其身，其未來的走向，為已然複雜的政局增添了新的變數。
沈驚鴻冷眼旁觀著這一切。他深知，技術的進步可以強兵，醫學的革新可以活人，但若無法扭轉這日益腐朽的政治生態，所有的努力最終都可能付諸東流。京察風暴、天災人禍、涉外爭端……這一切都如同巨大的絞索，緊緊纏繞著這個古老的帝國。而他，必須在這令人窒息的困局中，繼續尋找那一線生機，為他深愛的妻子，也為這個文明可能擁有的、不同的未來。
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