萬曆四十五年的春夏，沈驚鴻在“帝師”這個非正式但卻至關重要的角色上，投入了越來越多的心血。前往端本宮授課，已成了他繁忙公務中雷打不動的安排。他深知，對皇太孫朱由校的啟蒙，絕非簡單的知識傳授，更是一場關於思維方式與世界觀的塑造。
沈驚鴻的教學內容開始逐漸深化，並巧妙地與治國理政的基本原理相結合。他不再僅僅展示奇巧的模型，而是引導朱由校思考其背後的“理”與“用”。
例如，他帶來一幅精心繪製的《大明漕運水利概要圖》，上麵清晰地標注了主要河流、運河、水閘以及曆年決口、淤塞的重點區段。
“殿下請看，”沈驚鴻指著地圖，“漕運乃京師命脈，如同人體之血脈。若此處河道淤塞指向山東段某處），則南糧無法北運，京師便會‘饑餓’；若此處堤壩潰決指向淮揚某處），則良田化為澤國，百姓流離失所。格物之學，可助我們更清晰地了解山河形勢，設計更堅固的堤壩，製造更高效的疏浚工具，從而確保漕運暢通，百姓安居。此非小技，實乃安邦定國之基。”
他又以“驚鴻一式”步槍為例，拆解其結構，講解膛線、底火、定裝彈藥如何共同作用，使得射程和精度遠超舊式火銃。“殿下，軍械之利，關乎將士生死，社稷存亡。昔日我朝火器亦曾領先寰宇，若固步自封，遂被後來者居上。格物之學，貴在精益求精，不斷創新。治國亦然，需知彼知己，與時俱進，方能立於不敗之地。”
他甚至開始引入最簡單的經濟學概念。用不同顏色的豆子代表糧食、布匹、銀錢，模擬簡單的交易，解釋為何“穀賤傷農，米貴傷民”，為何需要平衡賦稅，為何通暢的商路能帶來財富。他力求讓朱由校明白，國家的強盛，建立在紮實的農業、先進的工技和活躍的商貿之上，而非僅僅依賴於道德文章。
朱由校對這些內容展現出了混合的興趣。他對具體的機械、水利模型依舊最為熱衷，能一動不動地研究半天。對於軍事和地理，也表現出相當的好奇。而對於那些相對抽象的經世道理，雖然理解起來還有些困難，但在沈驚鴻深入淺出的講解和生動比喻下，也能默默記在心裡。沈驚鴻並不急於求成，他像一位耐心的園丁，隻是不斷地播種、澆水，期待這些思想的種子能在未來合適的時機生根發芽。
沈驚鴻對皇太孫的影響日益加深，自然引來了更多忌憚的目光。攻擊他的奏疏開始變換角度，不再僅僅指責“格物”本身，而是上升到“窺探神器”、“影響儲君”的高度。
“沈驚鴻借教導皇孫之機，妄議朝政，指摘山河，其心叵測！”
“皇孫年幼，正宜涵養德性，沈某卻以奇器淫巧蠱惑之，長此以往，恐失人君之體！”
更有甚者，將朱由校偶爾在公開場合對某些器物表現出的濃厚興趣，歪曲為“沈驚鴻誘導皇孫沉溺玩物，荒廢學業”。
這些攻擊陰險而致命，直指宮廷最敏感的神經。太子朱常洛承受的壓力巨大。他一方麵要維護沈驚鴻，肯定其教學的正麵效果，另一方麵又不得不更加謹慎，甚至偶爾需要沈驚鴻暫時減少去端本宮的頻率，以避風頭。
沈驚鴻對此心知肚明，他更加注意自己的言行，在端本宮內絕不議論具體朝臣和政策，隻講原理和事實。同時，他也通過徐光啟等人，在士林中傳播“皇孫聰穎，於實學頗有進益”的正麵消息，以抵消負麵輿論的影響。這是一場無聲的較量，關乎未來皇權傾向的較量。
就在沈驚鴻忙於應對朝堂暗箭之時，來自東南海疆的緊急軍報，再次以八百裡加急的速度馳入京師——荷蘭東印度公司的艦隊，突襲並占領了澎湖！
軍報詳細描述了荷蘭戰艦的強大：其船體高大，側炮數量眾多，射程遠，威力猛。駐守澎湖的明軍水師舊式戰船根本不是對手，一戰即潰。荷蘭人並在澎湖修築工事，顯然意圖將此作為長期據點，控製東西洋貿易航線。
消息傳來，朝野震驚。雖然東南海疆一直不靖，但被“紅毛夷”如此公然占領戰略要地，還是首次。澎湖位於台灣海峽要衝，失去澎湖，不僅貿易受阻，福建沿海也直接暴露在威脅之下。
朝堂之上，再次陷入爭吵。主戰者要求立即調集水師，驅逐荷夷；主撫者則認為荷蘭船堅炮利，不宜硬碰，可嘗試交涉；更有甚者，認為“海外孤島，得失無關痛癢”，主張置之不理。
沈驚鴻得知消息後，心中猛地一沉。曆史的慣性再次顯現，荷蘭人果然將觸角伸向了台海。他立刻意識到，這是危機，也是契機——一個推動海軍建設，驗證“鯤鵬計劃”成果的絕佳機會！
他連夜求見太子朱常洛，力陳利害：“殿下！澎湖乃我大明門戶，豈容外夷盤踞？荷蘭人此舉，誌不在區區一島，而在控我海疆，斷我商路！若讓其得逞，則東南永無寧日，國庫歲入亦將大損！此時絕非退縮之時，當果斷以武力驅逐之！”
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朱常洛麵色凝重：“孤亦知澎湖之重。然我水師舊船，恐非荷夷對手，如之奈何？”
沈驚鴻深吸一口氣，沉聲道：“殿下，常規水師或力有未逮。然福建‘潛龍號’已初步成型，其動力、火力雖未必全麵超越荷艦，但勝在出其不意，機動靈活！臣請命，秘密調派‘潛龍號’及配套艦船，彙合福建水師精銳，尋機與荷蘭人一戰！此戰，不僅為收複澎湖，更為揚我國威，震懾西夷，讓我大明新式海軍，初試鋒芒！”
他將一份早已準備好的、關於荷蘭戰艦火力配置、戰術特點以及應對策略的分析報告呈上。這是他根據鄭海遠等海商提供的情報，結合自己對海軍發展的理解精心準備的。
朱常洛看著報告中詳實的數據和清晰的分析，又看了看沈驚鴻堅定而自信的眼神，沉吟良久。他知道，這將是一場賭博，賭上大明海軍的未來，也賭上沈驚鴻和他自己的政治命運。
最終，他重重一拍案幾，眼中閃過一絲決絕：“準！孤即刻密令兵部、福建巡撫及鄭海遠等人，一切依卿之策行事！此戰，許勝不許敗！”
走出東宮，沈驚鴻望著東南方向的天空，心潮澎湃。陸上，後金已然立國，磨刀霍霍；海上，西方殖民者強勢叩關，咄咄逼人。內憂外患，已到了不容回避的時刻。而他教導皇太孫的格物之理，與他竭力推動的海軍革新，即將在這澎湖的風雲中，迎來第一次嚴峻的考驗。帝國的命運，似乎正係於東南海疆那尚未可知的一戰。
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