登陸儀式結束後，在鄭芝龍派出的軍隊護衛以及西海省歸化官員的協助下，北孔“紹聖”一脈和龐大的僧團迅速行動起來，開始在這片陌生的土地上紮根。
僧團以長崎為最初的基地和指揮中心，在慧明大師的統籌下，迅速向九州島乃至本州島西部輻射。
僧人們或修複當地因戰亂而荒廢的原有寺院如臨濟宗、曹洞宗的某些寺廟），或擇風水吉地，破土動工，新建具有大明風格的寺廟。他們帶來的不僅是精深佛法，還有實實在在的醫術隨行僧侶中不乏精通岐黃之術者）、更先進的農業技術指導選種、施肥、水利）以及一些實用的手工藝。講經說法、施醫贈藥、幫助墾荒生產，這些切實的善舉，很快贏得了大量底層百姓的好感與擁護。
一座座新建或修複的寺廟，如“長崎大明護國寺”、“博多東渡禪院”、“福岡慈光寺”等，開始成為當地嶄新的精神地標和物質援助中心，香火日漸鼎盛。
北孔“紹聖”一脈則在孔聞啟和孔聞哲的帶領下，於長崎城內選擇了一處寬敞僻靜的院落，暫設為“紹聖公府行轅”，並立即開始籌劃建立正式的府邸以及第一所“大明東瀛儒學學堂”。
孔聞啟雖內心仍有抵觸，但礙於使命和家族期望，倒也兢兢業業，處理各項事務一絲不苟。而孔聞哲則熱情高漲，親自參與學堂的規劃設計，草擬招生章程，主動與當地歸順的貴族、富商接觸，招收其子弟入學，並從《三字經》、《百家姓》、《千字文》等蒙學讀物教起，逐步過渡到四書五經，大力推廣漢語漢文。孔氏帶來的那套嚴謹的禮儀規範、尊卑秩序，也開始對當地的上層社會產生潛移默化的影響。
然而，文化的紮根過程，注定不會一帆風順。舊勢力的反撲，很快便以血腥的方式展現。
一日深夜，位於長崎城外一處山坳、正在日夜趕工的“東渡禪院”建築工地。大部分僧人和工匠已經歇息，隻有寥寥數名值夜僧人巡視，以及夜風吹拂木材發出的輕微嗚咽聲。
突然，數條黑影如同真正的鬼魅，利用陰影和風聲的掩護，悄無聲息地翻過簡陋的圍欄，潛入工地內部。他們動作迅捷，訓練有素，正是風魔小太郎派出的精銳忍者！
他們的目標明確——焚燒堆放在工地西側，那些剛剛從大明運來的、用於雕刻佛像和製作梁柱的珍貴檀木和楠木！一旦得手，不僅損失巨大，更將嚴重打擊僧團的士氣和大明的威望。一名忍者頭目打了個手勢，幾名手下立刻掏出火折子和裝有火油的小皮囊，迅速靠近木料堆……
“阿彌陀佛！”
就在火折子即將點燃浸滿火油的引信那一刻，一聲沉渾厚重、仿佛能穿透耳膜直抵心靈的佛號，驟然在寂靜的工地中央響起！隻見本應在禪房休息的慧明大師，不知何時已如鬆柏般屹立在月光之下，他手持錫杖，白須無風自動，平日裡慈和的目光此刻如冷電般掃向忍者潛藏的方向。
與此同時，周圍看似空無一物的陰影中，猛地閃出十幾名手持齊眉棍、身形矯健的武僧！他們目光銳利，步伐沉穩，瞬間結成棍陣，將幾名試圖縱火的忍者包圍起來！原來，慧明大師閱曆豐富，深知弘法大業必遇魔障，早已暗中安排了白馬寺的棍僧，日夜輪流，暗中警戒。
“爾等宵小，心術不正，安敢毀我佛門清淨道場，阻撓普度眾生之善業！”慧明大師聲若洪鐘，在夜空中回蕩。
忍者們大驚失色，他們自詡潛行術高明，竟被如此輕易識破。但這些人畢竟是訓練有素的死士，反應極快，立刻分散開來，同時發射淬毒的手裡劍和煙霧彈，試圖擾亂視線，趁亂撤離。
“結陣！休放走一人！”為首的白馬寺棍僧教頭惠能大師大喝一聲。
頓時，棍影翻飛，呼嘯生風！武僧們配合默契，棍法剛猛淩厲，又隱含佛法慈悲隻傷不殺），瞬間便將幾名動作稍慢的忍者打翻在地，捆縛起來。然而，那風魔小太郎和兩名身手最好的上忍，確實詭異非常，竟在煙霧和棍影的縫隙中，以不可思議的角度和身法，如同壁虎遊牆般脫出包圍圈，雖各自帶傷，卻成功遁入後方漆黑的密林，消失不見。
這次未遂的縱火破壞，雖然被成功挫敗，擒獲數名俘虜，卻也給原本沉浸在初步成功喜悅中的大明隊伍敲響了警鐘。鄭芝龍聞報後，親至現場查看，臉色陰沉得能滴出水來。
“好膽！竟敢在本侯眼皮底下行此齷齪之事！”他冷哼一聲，隨即下令，“傳令！各駐地、工地、學堂，警戒級彆提升至最高！加派雙倍明暗哨，巡邏隊增加頻次！給本侯嚴加審訊那幾個俘虜，務必撬開他們的嘴，查出幕後主使及巢穴所在！”
就在鄭芝龍全力追查忍者襲擊事件之際，新任的西海省巡撫陸夢龍，在一隊精銳騎兵的護衛下，風塵仆仆地抵達了長崎。
陸夢龍年約五旬，麵容清臒，三縷長須，目光中透著精明與乾練。他出身翰林，曾在地方任知府、按察使，以善於理政、明察秋毫著稱，是天啟皇帝和內閣精心挑選出來，治理這新辟海疆、協調各方關係的能臣。
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鄭芝龍、慧明大師、孔聞啟等主要人物齊聚臨時巡撫行轅，為陸夢龍接風，並彙報近期情況。
“陸撫台一路辛苦。”鄭芝龍抱拳道，“眼下情形，想必撫台已有耳聞。宵小之輩，暗中作亂，雖未成大患，卻如蚊蠅擾人，煩不勝煩。”
陸夢龍撫須沉吟，緩緩道：“本官在路上已聽聞此事。侯爺雷厲風行，加強戒備，自是應當。然，敵暗我明，被動防守，終非長久之計。這些逆黨隱匿民間，或藏身山林，若不能將其主力誘出，一舉殲滅，則防不勝防，我等推行教化、建設地方之舉，必將處處掣肘。”
慧明大師雙掌合十，口誦佛號：“阿彌陀佛。陸施主所言甚是。魔障不除，佛法難行。隻是妄動無明，徒增殺孽，亦非我佛門所願。”
孔聞啟也開口道：“陸撫台，如今學堂初立，士子心緒未穩，若治安不靖，恐生退意。”
陸夢龍目光掃過眾人，眼中閃過一絲智珠在握的光芒：“諸位，本官有一計，或可奏效。此計名曰——欲擒故縱，引蛇出洞。”
他詳細解釋道：“我等可故意放出消息，假稱欲在九州內陸，一處地勢險要、名為‘幽穀’之地，修建一座規模宏大的‘鎮國寺’，以鎮壓東瀛戾氣，護佑大明國運。並稱，將有來自金陵大報恩寺的佛骨舍利，以及陛下特賜的大量金銀、珍寶、經卷，於某月某日，由一支看似護衛力量不算太強的隊伍運抵該處。”
鄭芝龍眼睛一亮：“撫台的意思是……以此為誘餌，引那些逆賊前來劫掠，我等則預設埋伏，聚而殲之？”
“正是！”陸夢龍點頭，“此計關鍵在於，消息要放得逼真，路線要選得巧妙，埋伏要設得隱蔽。要讓對方覺得，這是一個千載難逢，既能重創我等聲望，又能獲取巨額資財的良機。”
鄭芝龍撫掌大笑：“妙！此事交由本侯來辦！定叫那些賊子有來無回！”
慧明大師沉吟片刻，道：“老衲可派座下武僧，混入護送隊伍，以備近戰之需。”
孔聞啟也道：“我孔氏雖不諳兵事，但可協助穩定後方，安撫民眾，以免消息泄露。”
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