那個時候，刑部員外郎錢肅樂等率眾集會於府城隍廟，張煌言毅然參加，倡議勤王，集師舉義。並奉表到天台請魯王朱以海北上監國。
他之後授翰林修撰。然後清軍破杭州，張煌言不得不隨魯王逃至浙閩沿海，入據舟山。
順治三年五月，大清征南大將軍貝勒博洛乘虛突破錢塘江，紹興、杭州、義烏、金華等城相繼失守，南明宗室的那些郡王，比如樂安郡王、楚親王、晉平郡王等都在金華殉國。筆趣庫
魯王則在石浦守將張名振護衛下自台州出海到達舟山，張煌言隨即趕回鄞縣故裡，與老父、繼母、妻兒子女訣彆，追隨魯王一行至舟山。
張煌言為了大明，舍了小家，已經世間少有了。
但舟山總兵、隆武帝所封肅虜侯黃斌卿卻拒絕接納，魯王隻得逃往福建長垣。不久，魯王去廈門，張名振留舟山待機。
張煌言與張名振待局勢稍定後，重返浙東與舟山地區，組織招募義軍。而張煌言被魯王加授右僉都禦史之官職。
然而命運對於張煌言而言，並不是從此一番風順。
順治四年，即永曆元年、也是1647年，清朝一個提督叫吳勝兆的，欲在蘇州反正。起事前聯絡定西侯張名振支
持。張煌言勸張名振援吳勝兆，張名振遂命張煌言為監軍，徐孚遠副之。
在四月六日張煌言自岑江出發。不料四月十三日在崇明島外遇風暴而大敗。總督浙直水師戶部左侍郎沈廷揚、總兵蔡聰等將領十餘人上岸後被清軍俘獲，於七月三日就義。
而張煌言也因颶風吹翻船舶，陷入清軍之手七天，但張煌言找到機會逃出來了，並到了海上。
在途經黃岩時，又被追趕的清軍包圍並以箭射之，張煌言率領數騎突出包圍，自此他更加努力練習騎射。
並且在浙東，張煌言招募集結義軍於上虞縣平岡寨屯田據守。
在那個時候，當地的多個山寨經常劫掠民眾，唯獨張煌言與王翊讓他們的部下不要擾民，深得民眾擁護。
那麼從這件事看，張煌言帶兵還是能深入民心的。
而在順治八年七月，清將張天祿出崇安分水關，馬進寶出台州海門，閩浙總督陳錦全軍出定海，分路進攻舟山。張名振、張煌言等奉魯王入海出兵吳淞，牽製清軍主力。
大學士張肯堂、安洋將軍劉世勳、蕩北伯阮進、左都督張名揚等在舟山留守。此役舟山軍民死難者達18000人，合葬定海城北龍峰山下。事後，有清將後麵自己承認“我軍南下，江陰、涇縣、舟山三城，最不易攻。”
到了順治十年八月，張名振和監軍兵部侍郎張煌言帶領五六百艘戰船向北進發，來到長江口的崇明一帶沙洲。
崇明城中的清軍兵力有限，不敢出戰，被圍長達八個月。明軍以崇明和附近沙洲為基地。筆趣庫
在清方一份檔案中介紹張煌言部築圩耕種，近城十裡之外，充斥著很多張煌言部的賊人。城內百姓菜色相望，饑饉難支。為我清軍用者懨懨待斃，為張煌言等反賊用者則是欣欣向榮的樣子。
另外，崇明產米之鄉皆在平洋山前東、西阜沙，都被張煌言賊部占據。
從清軍這份檔案可看出，張煌言確實知兵，還能切斷清軍糧草供應，變成自己這一方的。
而在順治十一年，張軍三次進入長江作戰，便有了曆史上有名的三入長江之役。
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