經過考察，王進賢提出自己的重組尋山義學的方案。王進賢領尋山義學山長，夏廷美任名譽山長，聘鄧玉函、王征為顧問，為所有院所及小組技術支持。王元鼎任尋山義學副山長、登州分校校長，成立尋山義學國學院，王元鼎任院長。薛風祚任尋山義學副山長、尋山分校校長，成立尋山義學科學院，薛風祚任院長。科學院下設火器所，焦勖任所長，國友丹波大椽任常務副所長；設化學所，遲躍龍任所長；設玻璃所，孫元昌1任所長；設醫學所，遲躍龍任所長，粟齊道喜任常務副所長；設材料所，薛風祚任所長，焦勖任常務副所長。設立機械化領導小組，王進賢任組長，焦勖任副組長；設化工生產及環境綜合治理領導小組，王進賢任組長，薛風祚任常務副組長，高汝見任副組長。
王進賢語重心長的告訴薛風祚“我這個化工生產及環境綜合治理領導小組組長就是掛個名，你全權領導小組工作。我之所以掛個名，主要是怕高百戶他不服。你知道設立這個小組的目的和宗旨嗎？”
薛風祚“請老師明示。”
王進賢“化工品生產非常複雜，特彆是物質的提純，在現有的環境下有一定難度。但是一定不能怕難，要知難而進、迎難而上。但這還不是我設立這個小組的目的，否則設個研究所就夠了。化工品生產還涉及環境綜合整治的問題。一方麵，有很多化工品是我們目前迫切亟需的；另一方麵化工品的生產產生了大量廢物廢液，嚴重影響到了我們的生存安全。高百戶的意見是有道理的。我們的山訓是‘明天理，謀發展，致良知’。我們知道了天理，利用它發展我們的能力，使我們能過上更好的生活，但是想要過上好的生活，光有能力不行，還給有相應的上層建築相配合——比如道德、法律、習俗等等。這才是‘致良知’的真諦所在，沒有良知的發展，將是自掘墳墓。天在上，人在下。不能因人而敗天。但是有些物品我們一時又不得不產生一些廢物廢液，其中就有一個度的問題，你一定要把握好這個度，既不能耽誤科研生產，又不能隨意的破壞環境。要把破壞限製在一定度以內，這既是一個科學技術問題，也是一個社會問題。”
薛風祚“學生明白。”
王進賢“這裡還有一個問題。這些廢物廢液其實還含有有用的物質，問題在於如何用科學技術將之提煉出來，如果有可能不要隨便丟棄。這樣吧，趁著我在，化工生產及環境綜合治理領導小組召開第一次工作會議，討論有關問題。”
1孫元昌，字大山，益都人。剛直果毅，與人洞達無隱回。至其意之所是，則斷辭一跡，雖賁育不能奪也。讀書好深湛之思，刻文切理，不喜滑澤枝葉。久於庠序，屢進不偶，終不易其所學，論難衍衍確如也。壯年論事，慷慨激發，無所施試。年未五十，婚嫁粗畢，遂閉門卻掃，漸疏外事。門前種柳，堂後刈葵，署其門曰”辟俗理肱枕，隱心問藥籠。”有貧賤交。一日，豪富車馬過存，將入門，一聞其聲，即飄然逾垣引去，終不複接對。其憤時迕俗，皆此類也。性好綜詳。臨事必先立短度，即斷竹敗瓦，處之必安其據，用之必當其才。晚營孝水之濱，俯仰靜觀，窮年兀對。倦則策杖獨尋，從容信步山邊林下，邂逅忘機，輒為盤桓移日。兒輩念其勞，間以仆馬追隨，卻不禦，悵然獨返，亦其素懷微尚然也。孤情自照而隱不違親，矯時礪俗而動不驚眾。年七十有三，生平未嘗一衣帛乘馬。臨病篤，尚自點檢餘糧，代諸弟償負，亦未嘗掛人一錢。有四子
五、
又是幾個不眠之夜。連著幾天，化工生產及環境綜合治理領導小組都在召開會議。王進賢、高汝見、薛風祚、鄧玉函、王征、遲躍龍等人日夜不停，終於拿出一套可行的綜合治理方案，主要做法有二
一、將可能產生汙染的產業集中到桑溝灣地區，控製汙染的範圍。
二、加強對衍生物的生產。比如，經過幾個日夜，他們拿出了鹵水深加工工作方案將從鹵水中提煉生產的產品，從氯化鈉、，擴展到硼酸、碳酸鎂、碳酸鈣。王進賢憑借記憶，並和大家探討，一一寫出了化學方程式。但是這其中，還有很多過程根本不是單純的化學過程，不是理想的實驗室實驗狀態，需要進一步分析研究，才能得到較好的效果。比如冷卻結晶，各種物質都在什麼溫度，有最佳結晶效果；比如漂洗的過程，怎麼樣才能提高純度。這都需要化學研究所進一步實驗研究，不是王進賢能夠通過列舉化學方程式做到的了。
高汝見看到大家連覺都不睡，心中倒也不安。而他除了推出問題，介紹情況，對於化學、工業完全是門外漢，所以他睡覺的時間最多。因此，雖然還有不滿。但是也不太好意思糾纏了。
六、
臨走之前，王進賢給出了目前急需解決的科研問題。
針對氯酸鉀純度不高的問題，究其原因，王進賢認為是尋山所目前仍然無法有效大量生產化工品之母——硫酸和鹽酸。王進賢指示化學所，必須將這個問題放到重要的位置。
材料所，首先解決煉鐵煉鋼的問題。
還有玻璃的生產，王進賢要求玻璃所，儘快拿出生產大量優質玻璃的工作方案。玻璃所的所長孫元昌，是王進賢專門從博山請來的。博山從元末明初起，逐漸成為中國玻璃製造業的一個中心。萬曆四十六年，孫延壽、房宗義、徐應元等人在博山結成“爐行醮會”，是中國早期的工業行會之一，足見博山玻璃製造業的發達。當王進賢的人向這個中國最早的行會提出想聘請有關人員出任尋山玻璃所所長時，行會進行了婉拒，他們不想讓尋山成為另一個玻璃製造的中心，搶他們的生意，充分體現了行會的封閉性。但是，當王進賢的使者拿出尋山所製造的一塊玻璃樣品時，爐行醮會的高層大吃一驚，這塊玻璃的純淨度和透明度是他們前所未見的。他們略一商議，立即決定派出孫延壽的孫子孫元昌赴尋山——必須將尋山製作玻璃的機構掌握在自己人手中，還要通過這個渠道，搞清尋山玻璃生產的現狀，特彆是製造高品質玻璃的工藝。
至於火器，火槍的發展需要綜合探討，王進賢現在沒這個時間。卡口刺刀難度不大，他畫了張草圖，讓焦勖去研究，以期儘快裝到火繩鳥槍上。除此之外，他拿出那隻珍藏的打火機，用手輕輕一劃，火苗就神奇的從小方盒子上冒了出來，鬆開手火苗就滅了。打火機在各人手中傳遞，王進賢囑咐“仔細看看，摩擦生火。可不可以把這個道理運用到火槍上呢？”
早期的燧發槍實際上是燧石撞擊生火，而打火機是摩擦生火，王進賢為了啟發他們，也顧不得這麼許多了。王進賢雅好此道，對於燧發槍的擊發裝置依稀記得其結構，便給他們畫了一張圖紙，具體的生產試製就有賴於他們自己去努力了。燧發槍是比較遠的事情，王進賢需要先發明一些立竿見影的事情，幫助自己取得優勢。王進賢問“子母鳥銑你見過嗎？”
焦勖“見過。王大人是想——”
王進賢“不錯，我想大規模生產子母鳥銑。子母鳥銑裝彈快，射速高，形成的火力強。”
焦勖“大人，子母鳥銑的確裝彈快，射速高，火力強不假。但是——”
王進賢“但是什麼？”
焦勖“大人，子母鳥銑容易漏氣，射程不遠。”
焦勖這一點撥，王進賢立馬明白了。明朝的工藝水平不高，子銑和母銑之間縫隙較大，因此氣閉性不好，導致射程不遠。雖然射程不遠，卻勝在發射快，形成火力迅速。王進賢在心中仔細對比了後裝子母鳥銑和前裝鳥銑推杆壓實的發射過程——後裝子母鳥銑的優勢在於預先定裝了火藥和鉛子，省去了裝藥裝彈的過程，對於加速火繩槍的發射過程本身——如固定火繩等步驟並沒有太大幫助。如果加強訓練，用推杆壓實這一步驟的時間可以極大的壓縮，字母鳥銑的優勢相比較而言就沒有那麼突出了。
王進賢“如果用油浸過的紙包好定量的火藥和鉛子，從前膛裝入，用推杆壓實，你覺得如何？既有子母銑的優勢，又不存在氣閉性的問題。”
焦勖想了一下“我覺得可以。”
王進賢“那就去研究一下吧。還有，那個手雷你也給好好搞一搞。不全是氯酸鉀的問題。比如瞎火，我試了3個，兩個都不響。響的那個破片也少，才5片。另外，手雷還剌手。當然這不都是你們的問題，也有鑄造的問題。還有一點，手雷的延時——炸響的那顆手雷剛脫手就炸了——這應該是早炸了。你們都給好好研究改進。乾火器危險性大，我給你們再加銀子，每人每月3兩，給你5兩。你要多培養好的人才，今後還有很多事情要乾呢。”
焦勖“現在，就是人少，尋山所本來人就少。隻要還有地，都不肯出來做工。做工也優先去做燒酒、繅絲、水泥、機械，因為死過人，沒人願意來搞這個。”
王進賢“死了多少人？”
焦勖“算上李神仙那一次，火藥、火器這一塊已經死了7、8個人了。”
王進賢“以後要注意安全研究生產，我會叫薛風祚組織人不定期對火工品和火器這一塊的安全生產進行檢查。至於死去的人，會優加撫恤。記住他們的名字，以後給他們樹碑。至於人，沒關係，大批的人馬上就會來了。”
焦勖“還有一件事——”
王進賢“什麼事？”
焦勖“這個材料所——煉鐵——我隻是看過，從來沒乾過，這個——其他還有很多事情——這個事情我——要不找一個技術好的鐵匠來乾。”
王進賢歎了口氣人才——一到關鍵的時候就不夠用。
王進賢“見過總比沒見過好。你看看招來的那些鐵匠，就隻會在自家的小爐子裡鍛打些農具，雖說有技術，卻不適應大規模生產，對於機械化和工業化一竅不通。所以，你且暫時把這個所的擔子挑起來，我會去尋覓這方麵的人才。你就照著遵化的煉鐵工廠的鍋爐的樣子，先蓋一個小一點的試一試。”