中日甲午戰爭中，駐防登州，任水師長官，曾擊沉日艦二隻。
在袁世凱帳下任武衛右軍先鋒左翼長。
天津失陷後，他帶兵參加了京城保衛戰。
京城失陷後，他帶殘兵返回了山東，這是後話。
天津失陷十多天後，京城告急，清急命袁世凱接濟軍火，加派部隊，保衛首都。
按著和列強商定的互保協議，出兵勤王是違背協議的。夏辛酉部可以解釋，是在訂立協議前派出去的。現在再派兵，等於是自行撕毀協議。
袁世凱隻送去一些軍火，沒有加派軍隊。
他沒有李鴻章和張之洞的資曆，更不如劉坤一那樣的羽翼豐滿。
不敢和朝廷頂牛，隻能出言搪塞“自津郡不守，遊匪潰勇勾結土匪，多持洋槍，時來竄擾，幾於防不勝防……半有以來，已覺疲於奔命，左右支拙……京師天下根本，現值軍情緊急，奉詔征兵……中心焚灼，莫知所措……可否仰懇天恩俯準，俟將鄭家口及平陰縣兩股土匪辦理稍有就緒，再抽撥隊隊伍，飭令迅即北上之處，出自鴻慈逾格。”
幾乎是用乞求口氣請求寛限。態度極其誠懇，就是不辦真事。
不過，這個時候他的兵力確實吃緊。都派到與直隸接壤地帶，防止那邊被打散的義和團流竄到山東境內。
八月十五日，聯軍攻占北京，慈禧帶著光緒皇帝等倉皇出逃。
清諭令袁世凱馳援，他仍然找種種借口推脫。
為了執行“東南互保”，也確實難為袁世凱了。因為他所受的壓力不僅來自上麵，還有下邊。
京畿被敵攻入，皇帝和太後逃命，他手下的熱血男兒受不了了。
比如，在魯直邊界帶兵圍剿義和團的張勳，就幾次請纓“前往京、津助剿洋夷”。
見京城失守，心急如焚“籲請大帥率隊勤王”，並說，袁世凱如無法分身，他可以會同各營前往。實在不行，他願“獨樹一旗，作馬革裹屍之想”，已報“君父大仇”。
對於張勳的滿腔熱血，袁世凱不能挫傷，於是批道“覽稟，忠勇可嘉，但曾奉旨責成守土未敢輕動，姑俟商定，再行飭知。現在武屬匪窠尚多仍望努力肅清為要。切切！”
庚子國難，以戰敗方主動乞和，訂立了那個給中國人民帶來深重災難的辛醜條約而告終。辛醜條約的簽訂也是個劃時代的事件，表示中國已經徹底淪落為半殖民地的國家。辛醜條約除了那麼多的懲戒和限製條款之外，僅給列強的賠償竟高達四億五千萬兩，當時合每人白銀一兩多。對於一個早已民生凋敝的社會，無疑更是雪上加霜。
清廷所以接受這樣苛刻的條約，一個重要的因素是為了保住慈禧的命。在談判期間，列強動輒要打到西安揪出禍首。而軍機首輔榮祿交代給負責談判的奕匡和李鴻章的話是不惜一切代價保住太後。
在聯軍提出不懲治罪魁不言和的威脅下，慈禧太後為保住自己這條老命，曾先後四次下詔嚴懲所謂的戰爭罪犯。像切西瓜一樣砍了一百二十多個朝臣和各級官員的頭。
這其中卻實有罪該萬死之徒，比如山西巡撫毓賢。他開始的處罰是免職回鄉，後來在列強那裡通不過，返鄉時走在半路被賜死。
而多數人是因為遵從了朝廷的旨意，而當了無辜的替罪羊。
最該死的，應是一直在做太上皇夢的載漪。因為判的是候斬而不是斬立決，反而保住了一條命，最終被流放到大漠。
他的那個當了大阿哥的兒子溥儁，也因為受他的牽連而被廢。這場乙亥建儲的鬨劇，也可笑收場。
聽話的，遵旨行事的成了罪人，而自行其事，各自為政，另搞一套的人卻獲得了嘉獎。
劉坤一、張之洞、袁世凱等人因東南互保和剿滅義和團有功，加太子少保銜。
跟著這樣的朝廷，和誰講理去？再有政令，是聽還是不聽？
用劉坤一的話說，慈禧這個老寡婦，為了她的一己之私，什麼事都乾得出來。
簽訂辛醜條約，李鴻章又一次擔了賣國的罵名。
被重新任命為直隸總督的李鴻章，到任不久就病死。
這個時候的清，已經沒有了任命直隸總督的完全權力，在內外的一致呼聲中，袁世凱升任直隸總督。