馮國璋亦連連搖頭說“芝泉，莫說你發怒，我亦忍耐不住，今後我跟著你走，我們不能再當一輩子狗了！”
馮、段的不滿，後來有人傳給袁克定，埋怨他不該擺架子激怒了北洋的兩大將。
怎知袁克定卻淡淡地說“這正是我要的，這兩個人都是老頭子養大的，現在他們都有點尾大不掉。我若不折折他們的驕氣，將來他們更不得了，難免不爬到我的頭上呢！”
北洋軍人那一年都向袁行跪拜禮，袁在接受他們大禮時，總是喊著自己兒子的名字說“你們快來還禮呀！”
袁克定從不答應，儼然以未來儲君自任。
這是小過節，雖使北洋係的將領對袁世凱寒心，還不是致命傷。最致命的，是他們逐漸感覺到袁世凱不肯和他們說真話，並千方百計地解除他們的兵柄。
他們覺得“鳥還未儘而弓已藏，狡兔未死而走狗將烹！既然老頭子已不把我們當作人了，我們又何必對他忠心呢！”
在“北洋三傑”中，王士珍比較最隨和，沒有個性，因此袁世凱對其最為放心。
民國成立後，王士珍就回到正定原籍，不問民國政治。由於袁世凱越發容不得段祺瑞，便打起了借重王士珍排擠段祺瑞的主意。
民國三年春天，袁派長子袁克定乘專車到正定去迎王士珍進京。
王士珍表示無意於再參加政治活動，袁克定說“參不參加政治是一件事，父親邀請你去京談談又是一件事，如果你一天不啟程，我也隻好留在正定促駕，無顏麵回北京了。”
王士珍被大公子這麼一逼，終於情不可卻地隨同袁克定來到了北京。
袁世凱立刻頒授王士珍為陸軍上將，並且派為陸海軍大元帥統率辦事處坐辦。
統率辦事處是民國三年五月九日成立的，由陸軍總長、海軍總長、參謀總長及大元帥特派的高級將領組成。陸、海、參三部總長是當然辦事員，第一批所派的辦事員，隻有蔭昌、王士珍、薩鎮冰三人，其後加了蔡鍔等。
這是袁世凱把全國兵權從陸軍部抓回自己手裡的一項具體措施。
自從統率辦事處成立以來，總統府的軍事處也就取消了，段祺瑞退為辦事員之一。而陸軍部的重要職權都移轉到辦事處，陸軍部就成為一個名存實亡的機關了。
袁世凱在宣統初奉“旨”養屙時，曾把價值三十萬元的府學胡同私宅慷慨地贈給段祺瑞。段祺瑞從那時起便住在這所房子內，在該宅辟一個側門以與陸軍部軍需司的走廊相通，經常由這門出入。
自統率辦事處成立後，段祺瑞就不大到部議公，一切部務都交由他所寵愛的門生——陸軍次長徐樹錚代拆代行。徐樹錚是段祺瑞最親信的人，卻是袁世凱最討厭的人。
一次袁世凱表示要把徐樹錚調職，段祺瑞覺得這簡直是成心在找他的麻煩，因此沉不住氣大聲地說“很好，請總統先免我的職，總統要怎麼辦，便怎麼辦！”
民國四年五月，正當日本提出廿一條的時候，陸軍部上了一道請求增加職員薪金的呈文，袁親筆批下“稍有人心，當不出此！”八個大字。
由於段祺瑞不到部辦公，自然對陸軍部公事也不看，有次袁問段祺瑞某件公事，段祺瑞說不知道。
袁世凱馬上正顏厲色地質問段祺瑞??“怎麼，剛剛我看到陸軍部送來的公文，你是總長卻不知道？”
廿一條簽署後，袁克定公開向人表示所以要向日屈服，隻是因為中國不能抗日；為何不能抗日？因為陸軍不能作戰，陸軍部務無人負責，因此政府不能孤注一擲，冒險去抗日。
段祺瑞是個何等聰明之人，當然更知道進退，於是向袁世凱呈請辭職，並且不俟批準便赴西山養屙。
袁世凱當時有意拉擾蔡鍔，準備讓入京不久的蔡鍔接任陸軍總長；後來覺得這樣重要的位置不能旁落，最後還是決定留給自己的北洋的嫡係，於是陸軍總長一職便落在王士珍身上。
段祺瑞的請辭，當然是被迫的，但是他有病也是真的，所以他請辭後即赴西山養屙。而袁世凱則一再假意挽留，隻準段祺瑞請假，一再給予延期，同時派王士珍代理。
北洋“三傑”中，王士珍與段祺瑞感情尤深，因為不肯賣友，他一再堅持不肯正式就任陸軍總長。