梁士詒以交通為基礎，而實際上則掌握財政大權。當時北京雖有財政總長，可是財政大權都集中在總統府內的財政會議。這個財政會議由袁世凱為召集人，而粱則為實際主持人。
熊希齡內閣垮台後，財政權更集中到總統府了，甚至連收支一切多由總統批定。
有一天，袁世凱對梁士詒說“財政窘迫若此，交通部總要幫個忙才好。”
梁答“請總統吩咐，要多少才夠？”
袁說“每月總須有四五十萬才夠。”
梁答??“那麼就是五十萬好了。”
從此交通部每月便按時如數繳出。
兩楊反梁的得意之舉是迎合袁的心理，捧徐世昌出來做國務卿。因為這樣一來，則總統府秘書長的地位便完全落空，這是打擊梁士詒最好的一個辦法，也是一著絕妙好棋！
高處不勝寒，梁士詒雖然權重，可是處境也很危險，這可於一段剪報和梁的父親一封家書中看出。
這份剪報是《字林西報》的一篇專稿，描寫梁的權力，全文如下
“中國今日所恃以存在者，是為袁總統，而將來所恃以存在者，實為梁秘書長。梁士詒者，在中國財政上最有勢力之第一人也。其人賦性堅定，才具極圓滑，不喜大言高論，但求著著踏實，步步為營，以至水到渠成，一舉而收其成，此等性格，極似袁總統之生平。
“總統府中，重大財政事項，袁總統恒倚如左右手，譬如行軍者，袁大總統為前路先鋒，梁士詒為其後路糧台。彼又得最好接濟之交通部，富源無窮。周學熙去後，彼已運其妙腕，至於財政部，近且大見成功。且更進而著眼於全國實業。
“現在實業開放政策實倡始於梁士詒。熊希齡等不過隨聲附和，而收其功者仍為梁士詒。故吾人論中國財政上之實權，除梁士詒外，殆尋不出第二人焉。且梁士詒財政上之勢力，非唯於國內占到實權，且於國際上更據有最高之信用，近來各種借款，雖名義上為某某簽押，而內幕皆有梁士詒其人在；且往往他人磋商不成，而梁士詒一經手即完全成功。
“蓋梁士詒今日，其本身已具有能代表袁大總統之資格，而對外又能迎合實業投資之趨勢，故任其所往，無不如意，在中國政界，或有議梁士詒事權過重，甚或有謂袁總統大權旁落者；語雖不無近似，然曾不思中國財政上若無梁士詒其人，不但行政方麵不得支撐，恐袁總統赫赫一世之兵威，亦未免小被其影響。外人之信用梁士詒者，此亦為一最大原因。
“總之今日世界各國政治上之勢力，財權幾占全部，兵力不過其殘影，此論若無謬論，則中國繼兵力而掌政柄者，必在財權，即繼袁總統而統治中國者，必梁士詒。此梁士詒所以為中國政治上最有望之材也。”
梁士詒的父親梁保三為了這則特稿，給兒子一封信
“頃閱《字林西報》論一則，似極頌揚，而實為世忌。在豁達大度之主或不猜疑，在深謀遠慮之人，不無動念，況有企望齊肩，攀龍附鳳，希望後任，種種人物，皆懷忌心。
“昔曹孟德之於楊修，以其才名過己而害之，可懼也。是則日報，慮有人蓄意為之者，必由京而滬，由滬而港，必有所聞。故凡事宜退一步以留己之餘地。
“前人有功高而震主，功成而身退，匪惟遠嫌，亦保身之義也。報內一則曰或有事權過重，一則曰或謂大權旁落。此皆煽動之言，足以惑閱報者之聽聞也。”
梁老先生並非過慮，實為事實。當袁世凱對南方用兵時，各省軍政長官及師旅長入京謁袁後，一定專程謁梁。
有一天袁對梁說“你的地位，將來更重要，現在入覲的師旅長，不可輕予顏色。”
當《約法》正在交議時，袁對梁表示欲擴張總統府以羅致人才。梁卻主張暫勿變更內閣製，倘欲擴充府製，不如將府秘書廳擴大，以容納人才。
袁欲改總理為國務卿，梁竭力反對，袁目不轉瞬瞪視梁，梁這時才警覺到自己為袁所疑忌了。
徐世昌出任國務卿後，梁士詒的政敵楊士琦得勢，梁乃離開了總統府，聲勢自然是減低了不少。
民國四年六月間，又發生了交通大參案，對梁更是嚴重打擊。
這個交通大參案，是當年袁政府一件聳人聽聞的政治案件，參案是自津浦鐵路開始的。由前任津浦路北段總辦、現任肅政史孟玉雙和津浦路總稽核金恭壽定參案草稿，由肅政史王瑚、蔡寶善至津浦路密查，列出十大罪狀，由都肅政史領參。