冬天來臨時，他又赴潮州，汕頭等地。一直到轉年的春天，才起程北返。
按說，身為庶吉士，到各地考察風土人情，是必修之課。
但這些等待重用的“翰林”，前途不可限量，誰知道以後能當多大的官？所以，各地官員都爭先打點。因為等這些人高居廟堂時，再想親近就不容易了。反正都是公費，人情可是個人的，何樂而不為。
久而久之，這些新貴人們，也都趁此機會，公費旅遊還能賺些外快，被人們稱作“鬻文賣錢”。不管蔡元培此行是不是有此意，所謂瓜田李下，人們有這樣的看法也不足為怪。
但是，不管怎麼說，近一年的遊曆，蔡元培幾乎走遍了自1842年以來最早與海外通商的口岸和地區。這對於一位中國傳統教育塑造出來的青年士大夫來說，其意義恐怕不僅僅是在補足“讀萬卷書”的缺憾，而行萬裡路。
西方近代文明和洋務新政的清新氣息，足以使他擴展視野，更新觀念。蔡元培遊離廣州期間。康有為正在長興裡萬木草堂招徒講學。士林風氣的更化和改革潛流的湧動，蔡元培不可能毫無覺察而無動於衷。
儘管上述感受可能尚屬朦朧意識，但隨著世事的變遷，會逐漸清晰起來的。
1894年春，蔡元培從廣東返回紹興。隨即赴京參加散館考試。這是對翰林院庶吉士進行甄彆，以決定任用的一種例行考試。應散館後，蔡元培被授為翰林院編修。
至此，不滿28歲的蔡元培，已經達到了當時讀書人羨慕不已的科舉道路之極。
接下來，蔡元培便開始了供職翰林院的京官生活。
應同鄉先輩李慈銘的邀請，他兼任了李慈銘之子李承候的家庭教師，為其講述《春秋左氏傳》；同時，他還為李慈銘代閱天津問津書院的課卷。此時的蔡元培一個人在京，平素就寓居李家。
蔡元培和李家上下相處得極佳，是個特彆受歡迎的人。吃住在李家，也給蔡元培單身漢的生活帶來極大的方便。
李府常有官員來拜訪，李慈銘總是把蔡元培介紹給大家，這樣就擴大了蔡的交往圈子，豐富了其人脈資源。這對於像蔡元培這樣的初登政壇的官員，無疑是十分重要的。
廣交朋友，是蔡元培的平生極好，我們不止一次地說過，這時候的人們，鄉土觀念極強。此期間，蔡元培與在京的浙江籍人士王式通、胡道南等人交往尤其密切，經常在一起作詩遣懷。
如果蔡元培一心仕途，如果當時中國的政治沒有發生翻天覆地的大變故，那麼蔡元培沿著這條路繼續走下去，則就可能青雲直上、躋身達官顯宦之列。
然而上麵的兩個都沒有成真，蔡元培體製外的另類人生書卷，恰恰就從此時開始書寫了。
1894年是農曆甲午年，是中國近代史上極不平凡的一年。這年，爆發了撼動中外的中日“甲午戰爭”。
寓居李家，接觸人多，消息也很靈通。蔡元培在中日雙方，在朝鮮的軍事對峙已呈一觸即發之勢時，就以焦灼的心情關注著事態的發展。
甲午戰爭以1894年清光緒二十年7月25日豐島海戰的爆發為開端，至1895年4月17日《馬關條約》簽字結束。這場戰爭以北洋水師全軍覆沒告終。
古老的東方泱泱大國，一戰而敗在東鄰小邦日本手下。接踵而來的《馬關條約》，割地賠款、喪權辱國，舉國為之震驚。近代以來，內亂外憂不斷，中國屢受列強侵略，但這是最讓國人震動的一次。
東方的小島國居然不知不覺地陡然崛起，而且很快將爪牙伸到泱泱中國，成了耀武揚威的獲勝者。
實際上，接下來的50年間，直到抗戰勝利，日本這個近鄰都是中國最具威脅的敵人，中國的國防策略也基本上是針對日本這個東亞故鄰。
同許許多多關心天下事的中國人一樣，聞知甲午黃海海戰戰敗的消息，年輕的翰林蔡元培簡直不敢相信自己的耳朵。他悲憤交加，與其他朝中的憂國之士一起，在海戰發生半個多月後聯名向皇帝上奏
“日講起居注官翰林院侍讀學士臣文廷式等跪奏，為敵情叵測、宜出奇計、以弭兵釁、恭折密陳、仰祈聖鑒事
“……然倭人乘勝之時，震驚陪都，窺伺近甸，我雖布置嚴密，尤慮瑕隙未周，比聞倭將以傾國之兵，道出黃海。此時李鴻章既有暮氣，而所調諸將，或多新募，或未成軍……
“戰國之時，秦攻齊，則韓、魏救之，攻韓魏，則趙救之。唐之藉兵，遠及大食。宋之謀金，兼約西遼。
“此時倭人得誌，勢將不利於英；法人與其兵謀，德國亦所深忌。故聞英人頗有藉端與倭開釁之誌，兵船五十餘號，已儘集南洋。德人亦特厚於我，凡將弁之效力於中國者，其主皆特賞寶星；又任中國購買軍火，借資馭敵，此非偏有所厚也，衛我即所以自衛也。……資其兵費，使伐倭人。……伏乞皇上聖鑒，謹奏。
“翰林院侍講學士臣文海……臣徐世昌……臣蔡元培，修撰臣張騫，編修臣尹銘綬。”
這便是帝黨中堅人物，翰林院侍講學士文廷式領銜的，蔡元培、徐世昌、張騫、丁立鈞、黃紹箕、沈曾桐等37人一八九四年十月七日，聯名上奏光緒皇帝的《與文廷式等奏請密連英德以禦倭人折》