謝玄命何謙率軍救援困守三阿的田洛，仍是解圍彭城時的老套路，三阿為水路環繞，陸路進出僅有西北方向，且地形狹窄，進入夏季後，周邊多濕地，遇雨泥濘，秦軍雖然占據兵力優勢，卻因為戰場條件不利，大部隊無法展開。
再加上秦軍補給線要從彭城到淮陰走水路中轉，此時因為季節導致邗溝水文變化，後方軍糧供應也出了問題，秦軍占據彭城後，彭超所命留守兗州治中徐褒，已經為此事傳信來報。
謝玄此前撤回廣陵時，將沿途本就人煙稀少的聚落儘數征召、遷徙，而秦軍因苻堅嚴令禁止屠城、劫掠，近十萬大軍征伐敵國，由於進軍過快，事先準備的船隻和民夫數量都不足，後勤運力已經跟不上了，哪怕稍有些許挫敗，都可能在數萬人的大營中引發連鎖反應。
三阿城下，彭超再次選擇了保守，就如之前在彭城圍攻戴逯時那般，下令圍城的秦軍後撤。
而何謙則是趁著秦軍沒反應過來，利用信息差，成功將搭載援軍、器械、糧秣的船隊送入水門，值得一提的是，進入三阿的援軍將領就是有過被圍經驗的戴逯。
隨後，何謙率本部人馬借著夏季的急流，由水路迅速撤向白馬，與謝玄的主力會合。
幾個月前在彭城為戴逯解圍，謝玄就通過彭超的反應，敏銳的察覺到對方心理，以及臨陣時的用兵特點，這次仍派何謙護送戴逯進入三阿，既是救援田洛，也是挑動彭超的心態，充當誘餌。除非彭超在受激後還能忍耐，就此退兵，否則無論猛攻三阿，還是調兵追擊何謙，都是落入謝玄算計。
由於三阿晉軍得到增援，秦軍此前的圍攻算是白費了力氣，士氣隨之低落，再繼續圍攻也是難度大增。
於是，金俱難再次勸彭超就此退兵，話語中也不怎麼講究禮儀了，以襄陽戰事已經結束為由，而秦軍在東線飲馬江北，已經超額達成任務，毫不讓步。
而此時的彭超，指揮心理為謝玄窺破，又被刻意激怒，已經是強行忍耐著，告誡自己不要因怒興兵了。
金俱難規勸時，所提及的理由，彭超也認同，可其措辭卻十分強硬，還總是以苻堅的上命來壓人，每次議事時更當著下級將領評議他這個主帥的過失，一點麵子都不給，經常讓他下不來台。
雙方早就有過節，彭超這下再難抑製怒火，加上滅國之功的誘惑，於是他拒絕退兵，與金俱難針鋒相對，不管對方說什麼他都反對，完全聽不進去。
其他高級將領中，毛當、毛盛、王顯都是矮一輩的後起之秀，毛當、毛盛在三人中年紀稍長，又是同族，一起領兵去了堂邑。邵保文武兼備，為人持重，資曆也夠，倒是能從中說和，卻又留守在淮陰，戍衛屯糧之地，這是入夏後秦軍為應對水文變化而構建的前沿樞紐。
至於王顯，因為太過年輕，介入主帥與高級將領的衝突，幫誰都為難。王顯出身京兆王氏，其妻是呂德世長女，在王、呂兩家資源加成下，入仕也高，此時不過二十二歲，已經執掌中兵強弩營，以他的官職、家世，履曆也不需要再“鍍金”，雖未表明態度，可心中卻是傾向自淮南撤兵。
王顯學識不俗，曾為苻堅侍從，輪值禁中顧問左右，統軍練兵也有家傳，頗受信重，絕非草包。隻是限於年紀，缺少實戰經驗，此番領軍外征參與攻打襄陽，隨後支援東線戰場，都是在家族親故提攜下，按部就班的經受曆練。
六月底，金俱難勸阻無效，又逢謝玄進據白馬，順風順水運用火船，截斷秦軍來自淮陰的漕運補給，彭超一麵派信使聯絡留守淮陰的邵保，將軍糧改運至盱眙，再往三阿中轉，一麵卻因為兩軍人數對比陷入猶豫。
秦軍在三阿自彭超、金俱難等將領以下約六萬人，但實際上來自中兵、鎮兵的精銳十分有限，如來自長安中兵的王顯，雖然麾下七、八千人，但核心戰力隻有強弩營二千餘人，其餘都是征召的軍戶兵，以及隨軍的營戶兵。出征時，軍中隻需為這些人供給糧、鹽，偶爾發放衣裝，兵器、甲胄、馬匹都需自備，由於大多數都是貧戶，不少人都是扛根杉篙一類的長杆來應役，隻能打打順風仗，一旦陷入困境往往引發營嘯，堂邑驚潰的四萬晉軍亦是如此。
白馬的謝玄所部晉軍有三萬餘，其中北府軍骨乾的流民帥軍隊約兩萬人，這些人平時屯戍的地方就在江北，可以說是切身利益所在，不得不拚命，加上謝安掌權後，不吝高官厚祿，錢糧、甲械也大開方便之門，優先給予補充，除了缺少戰馬以外，士卒的平均戰力略高於秦軍，剩下萬餘人則是挑選自各部潰軍的精壯，接受北府軍整編後，皆有雪恥之誌。另外還有兩萬左右羸兵，留守在廣陵及北上途中的各處堰壩，進行休整的同時也預防萬一，要是北府軍戰敗，就能在接應撤退後立即執行毀廢任務，令秦軍無法利用水路追擊。
由於秦軍之前分兵，集中兩萬騎卒急襲堂邑，此時在三阿的主力沒有足夠的騎兵，無法進行有效的遮蔽和壓製，迫使晉軍進入己方預設的戰場，三阿秦軍雖然人數占優，反而陷入被動。
金俱難部將，騎督、後軍司馬都顏，所部千餘臨時湊集的騎卒，最先與晉軍接觸。前往白馬觀晉軍兵勢並企圖襲擾、遲滯，途中與北上會合謝玄的何謙遭遇，在白馬塘以西被水陸兩麵截擊，當場陣亡。
騎督為魏晉時統率騎兵的中級軍官，中、外兵各軍之中大多都設有此職，相當於品秩中下的雜號將軍。東漢末年，孫堅討伐董卓，董卓以胡軫為大督護、呂布為騎督，統兵攻打。三國時，成濟與兄長成倅受司馬昭心腹賈充指使，刺死魏帝曹髦，成倅當時的職位就是騎督。
晉軍小勝，士氣提振，謝玄又通過俘虜，確認秦軍沒有大部騎兵配合，並得知秦軍乏糧，於是改變計劃，全軍攻向三阿，與守城的田洛、戴逯內外合擊，形成反包圍。
秦軍方麵，金俱難又一次提議退兵，可彭超仍是猶豫不決，他寄望於留守淮陰的邵保，成功向盱眙轉運軍糧，以及毛當、毛盛所率二萬騎兵能夠及時回援，從而扭轉戰局。
可謝玄的三萬人，配合田洛、戴逯的兩萬人，秦軍的兵力優勢已經不明顯，而彭超麵臨兩麵夾攻，至七月初，僅僅堅持了不到十日，就因斷糧導致全軍崩潰。
秦軍重新組織後，隨即退往盱眙就糧，謝玄會合田洛，緊跟著進抵石梁，東北方向是三阿，西北方向則是盱眙。
石梁城在商周時古名卑梁，春秋時為吳國邊邑，東晉時城池建於商代古城遺址之上，地處石梁溪南岸，下遊向東連接樊梁溪，彙入樊梁湖。
謝玄不給秦軍喘息之機，與田洛、戴逯合兵，率五萬晉軍進攻盱眙。彭超為了保護退路和漕運，被迫迎戰，秦、晉兩軍在城北君川交戰。
彭超跑路到盱眙時，已經不再存有僥幸，決意撤軍，於是以適應邗溝較淺航道的一種平底舫船，並列作為橋梁，迅速架設臨時浮橋，意圖退往淮北。
卻為謝玄察覺，以參軍劉牢之率軍自水麵突擊，一舉燒毀浮橋，直擊要害，秦軍士卒因後路再次被斷，兵無戰心，心中驚懼，爭相逃亡，而來自淮陰的運糧船隊，失去接應後也被謝玄督護諸葛侃、單父令李都領軍破襲。
彭超、金俱難隻得入破釜塘退往淮陰，秦軍大敗後，士卒爭相登船，溺死者不計其數，六萬大軍連敗之後已經折損近半。
晉軍取得兵力優勢後，謝玄反而沒有急於在水麵上以快船追擊，隻是下令緩緩尾隨，集結各部調整攻擊次序。
秦軍留守在淮陰的邵保，在派往三阿、盱眙的運糧部隊接連損失後，所部兵力不足五千，接應彭超、金俱難等部敗兵後，士氣如傳染一般，也變得人心惶惶。
這種情形下，秦軍由於船隻運力不足，彭超等人認為分批擺渡撤退，極易引發營嘯，於是在淮陰再次並船修築浮橋。
秦軍此時一心想著撤回淮北，毫不遮掩意圖，很快就被晉軍偵查得知，並派出小股水軍拖延建造進度。
短短幾天後，此時已經是七月中旬，趁著淮水夜間大潮，謝玄以何謙、諸葛侃為將，率晉軍水師船隊發起火攻，秦軍被迫接戰，天時、地利、人和一樣不占，浮橋被毀，逃生無路。
僅王顯因為家學淵源，精通天文，提前設防，率本部二千強弩營精銳潰圍後，護著幾乎隻身逃出的彭超、金俱難登船，退至淮北，秦軍餘眾約四萬人一夜儘沒，邵保也在亂軍中被何謙麾下士兵殺死。
敗訊傳出後，毛當、毛盛隨即率軍北歸，晉軍騎兵稀缺，無力攔截，隻得乘船望塵目送。
彭超、金俱難回到淮北後，分彆上表長安，作出陳述，因屢勸不聽金俱難自覺不忿，一並告發彭超指揮失當。苻堅獲悉經過後，罕見的在朝會上發了火，即刻下令以檻車押送彭超還都，下廷尉獄，同時削去金俱難官爵，貶為庶民。
彭超不欲受檻車入京之辱，於彭城待罪時，自儘於獄中。三年前，彭超任兗州刺史之初，曾在濮陽城南，為鄧艾廟立碑，立誌效仿其滅蜀一般滅晉，最後卻落得相似的下場，至死仍心中不甘。
前燕滅亡後，範陽涿縣人酈瑛作為降官仕秦，呂光在洛陽收捕據城兵諫的苻重後不久，奉命入蜀平李烏之亂，酈瑛也由苻洛麾下被調任為蜀郡太守，其子酈紹在淝水之戰後，跟從慕容垂，為後燕濮陽太守，酈紹的曾孫酈道元作《水經注》時，就記載了彭超於鄧艾廟立碑一事。